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LARVAMAZ

Biodiversité et écologie amazoniennes : apport du métabarcoding appliqué aux larves de poissons

Equipe 7 : Biodiversité et Macroécologie
2016 - 2017
Type de programme: 
International

Le bassin amazonien héberge la plus grande diversité de poissons d’eau douce au monde. Leur gestion raisonnée se heurte très souvent à la méconnaissance de leur biologie, en particulier de leurs cycles de reproduction complexes, et des capacités de recrutement selon les espèces selon les sous-bassins qu’elles fréquentent. L’étude des larves de ces poissons permet de mieux comprendre le renouvellement de ces ressources, leurs cycles de reproduction, de les comparer spatialement et temporellement, mais aussi d’estimer la contribution de ces espèces au recrutement des générations suivantes selon les bassins versant considérés. Mais elle est pour le moment limitée par des absences d’outils rapides, efficaces et peu couteux. L’approche morphométrique pour une identification taxonomique des larves est fastidieuse et trop imprécise. L’approche barcoding classique (Sanger), larve par larve, coûteuse et chronophage, n’est pas envisageable pour l’identification de plusieurs milliers de larves, échelle indispensable pour répondre aux questions que nous nous posons (diversité spécifique, reproduction, recrutement).  Une méthode novatrice basée sur un séquençage massif est donc indispensable. Nous avons initié, en collaboration avec les UMRs DIADE et ISEM, une approche métabarcoding couplant séquençage haut débit (NGS) et une préparation de librairies enrichies en COI, focalisée sur les poissons chats (Siluriformes) migrateurs.

Le projet LARVAMAZ a pour double objectif :

1) d’approfondir le développement méthodologique à d’autres groupes taxonomiques (comme les Characiformes) et à la quantification des larves de chaque espèce dans les essaims de plancton, afin de pouvoir accéder au recrutement des espèces.

2) d’appliquer à 48 échantillons collectés, entre 2015 et 2016, sur deux sous bassins de l’Amazonie péruvienne, le Marañon et l’Ucayali. Nous pourrons alors estimer et comparer la biodiversité des espèces à larves pélagiques entre ces deux bassins hydrologiques et déterminer les saisons de reproduction, dans ces bassins, de plus de 95% des espèces commerciales migratrices de l’Amazonie péruvienne. L’exploitation de données quantitatives permettrait en outre d’estimer la contribution relative des différents sous bassins au recrutement des espèces commerciales avec de très fortes implications en terme de gestion des pêches et de conservation.

Financement :
Département ECOBIO, IRD

Coordinateur du projet :
Fabrice Duponchelle, IRD, UMR-BOREA.

Partenaires :
- Instituto de Investigaciones de la Amazonia Peruana (IIAP), Pérou
- UMR DIADE
- UMR ISEM
- LMI-EDIA