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Taxonomie intégrative des poissons d’eau douce de France métropolitaine

Equipe 4 : Dispersion Larvaire et Organisation en Milieu Austral et Insulaire Tropical

DENYS Gaël

Année de soutenance: 
2015
Résumé: 

La publication du catalogue des poissons d’eau douce européens par Kottelat et Freyhof en 2007, dans lequel les auteurs listent 16 espèces natives supplémentaires en France, a montré l’intérêt d’une révision taxonomique de l’ichtyofaune française et européenne.

L’objectif de la thèse était de réviser 5 genres de poissons d’eau douce de France selon une approche de taxonomie intégrative en utilisant des données morphologies, moléculaires et écologiques : Squalius(chevesne), Phoxinus (vairon), Gobio (goujon), Esox (brochet) et Gasterosteus (épinoche). Plus de 600 lots d’individus ont été collectés dans 283 stations en France, observés morphologiquement, et enregistrés dans les collections du MNHN. Plus de 900 spécimens ont fait l’objet d’analyses génétiques, dont pour certains le séquençage du mitogénome. Nous avons également réalisé une comparaison des robes nuptiales de vairons entre les bassins, ainsi qu’une analyse des niches occupées par les différentes espèces supposées de goujons.

Les résultats confirment la présence de 2 espèces de chevesnes en France S. cephalus et S. laietanus. L’utilisation des données moléculaire invalide G. gymnurus et il n’y aurait ainsi qu’une seule espèce d’épinoche G. aculeatus. L’utilisation des collections a indiqué la présence de 3 espèces de brochet : E. luciusE. cisalpinus et une nouvelle pour la science E. aquitanicus. La comparaison des robes nuptiales corroborée par la génétique discrimine 6 espèces de vairons dont P. phoxinusP. bigerriP. septimaniae, et P. marsilii qui serait valide, ainsi que deux espèces nouvelles. Enfin l’utilisation des données morphologiques, moléculaires, et écologiques corrobore 3 des 4 espèces de goujons (G. gobioG. lozanoi et G. occitaniae ; G. alverniae serait synonyme junior de ce dernier).

Ces nouvelles données en taxonomie confirment les lacunes dans les connaissances sur notre ichtyofaune dulçaquicole et ouvrent de nouvelles perspectives de recherche dans beaucoup de disciplines en biologie. Cette étude devrait être étendue à l’ensemble des taxons français. 

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