Les thèses de BOREA... Gaël Denys : " Taxonomie intégrative des poissons d’eau douce de France métropolitaine"

16 déc 2015
Esox aquitanicus © MNHN – Gaël Denys

Soutenance de thèse de :

Gaël Denys : " Taxonomie intégrative des poissons d’eau douce de France métropolitaine"

Mercredi 16 décembre 2015 à 14h

Amphithéâtre Astier (Bâtiment Esclangon, Campus de Jussieu)

Le jury sera composé de :

Paulo Brito, Professeur, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rapporteur

Pascal Laffaille, Professeur des Universités, Institut National Polytechnique de Toulouse, Rapporteur

Eric Feunteun, Professeur, Muséum national d’Histoire naturelle, Dinard, Examinateur

Henri Persat, Chargé de recherche CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1, Examinateur

Nicolas Poulet, Chargé de mission, ONEMA, Toulouse, Examinateur

Philippe Keith, Professeur, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, Directeur de thèse

Agnès Dettai, Maître de conférence, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, Directrice de thèse

Résumé de la thèse :

Taxonomie intégrative des poissons d’eau douce de France métropolitaine

La publication du catalogue des poissons d’eau douce européens par Kottelat et Freyhof en 2007, dans lequel les auteurs listent 16 espèces natives supplémentaires en France, a montré l’intérêt d’une révision taxonomique de l’ichtyofaune française et européenne. L’objectif de la thèse était de réviser 5 genres de poissons d’eau douce de France selon une approche de taxonomie intégrative en utilisant des données morphologies, moléculaires et écologiques : Squalius (chevesne), Phoxinus (vairon), Gobio (goujon), Esox (brochet) et Gasterosteus (épinoche). Plus de 600 lots d’individus ont été collectés dans 283 stations en France, observés morphologiquement, et enregistrés dans les collections du MNHN. Plus de 900 spécimens ont fait l’objet d’analyses génétiques, dont pour certains le séquençage du mitogénome. Nous avons également réalisé une comparaison des robes nuptiales de vairons entre les bassins, ainsi qu’une analyse des niches occupées par les différentes espèces supposées de goujons. Les résultats confirment la présence de 2 espèces de chevesnes en France S. cephalus et S. laietanus. L’utilisation des données moléculaire invalide G. gymnurus et il n’y aurait ainsi qu’une seule espèce d’épinoche G. aculeatus. L’utilisation des collections a indiqué la présence de 3 espèces de brochet : E. lucius, E. cisalpinus et une nouvelle pour la science E. aquitanicus. La comparaison des robes nuptiales corroborée par la génétique discrimine 6 espèces de vairons dont P. phoxinus, P. bigerri, P. septimaniae, et P. marsilii qui serait valide, ainsi que deux espèces nouvelles. Enfin l’utilisation des données morphologiques, moléculaires, et écologiques corrobore 3 des 4 espèces de goujons (G. gobio, G. lozanoi et G. occitaniae ; G. alverniae serait synonyme junior de ce dernier). Ces nouvelles données en taxonomie confirment les lacunes dans les connaissances sur notre ichtyofaune dulçaquicole et ouvrent de nouvelles perspectives de recherche dans beaucoup de disciplines en biologie. Cette étude devrait être étendue à l’ensemble des taxons français. 

The publication of the handbook of European freshwater fishes by Kottelat and Freyhof in 2007, in which the authors list 16 additional native species in France, set off a taxonomical revision of French and European ichthyofauna. The objective of the present thesis is to revise 5 genera of freshwater fishes of France in an integrative taxonomy framework using morphological, molecular and ecological data: Squalius (chub), Phoxinus (minnow), Gobio (gudgeon), Esox (pike) and Gasterosteus (three-spined stickleback). More than 600 lots were collected in 283 locations in France and studied morphologically, before integration in the MNHN collections. More than 900 specimens were studied genetically, including complete mitogenome sequencing for a subset. Also we compared secondary sexual ornamentation of minnows among basins, as well as an analysis of the niches occupied by the different gudgeon species. The results confirm the presence of two chub species in France S. cephalus and S. laietanus. The use of molecular data invalidates G. gymnurus, so there is a single species of three-spined stickleback G. aculeatus. The study of collection material shows the presence of three pike species: E. lucius, E. cisalpinus and a previously undetected new species E. aquitanicus. Secondary sexual ornamentation corroborated by sequence data discriminates 6 minnow species, including P. phoxinus, P. bigerri, P. septimaniae, P. marsilii which would be valid, as well as two new species. The use of morphological, molecular and ecological data support 3 out of the 4 gudgeon species (G. gobio, G. lozanoi and G. occitaniae; G. alverniae would be a junior synonym of G. occitaniae). The new taxonomical data highlight the gaps in our knowledge of the French freshwater fauna. It opens new perspectives and opportunities of research in numerous fields of biology. However this kind of in-depth study should be applied to all French taxonomic groups.