@article {6632, title = {Final report of the Madibenthos expedition 2016}, year = {2019}, abstract = {La grande exp{\'e}dition Madibenthos, men{\'e}e par le Mus{\'e}um national d{\textquoteright}Histoire naturelle, fait partie du programme d{\textquoteright}acquisition de connaissances sur le milieu marin de la Martinique (ACQUIMART), pilot{\'e} par l{\textquoteright}Agence des aires marines prot{\'e}g{\'e}es, la Direction de l{\textquoteright}Environnement de l{\textquoteright}Am{\'e}nagement et du Logement, l{\textquoteright}Office De l{\textquoteright}Eau, la Direction de la Mer et la Collectivit{\'e} Territoriale de Martinique. La connaissance du milieu naturel est le pr{\'e}alable {\`a} l{\textquoteright}identification des enjeux de gestion et de protection de celui-ci. L{\textquoteright}inventaire a pour but d{\textquoteright}enrichir les connaissances en mati{\`e}re de biodiversit{\'e} et de d{\'e}couvrir des esp{\`e}ces inconnues. Il illustre la convergence des savoirs et des savoir-faire du Mus{\'e}um national d{\textquoteright}Histoire naturelle et des besoins de protection et de valorisation du patrimoine naturel martiniquais. L{\textquoteright}ambition est de redonner leur place {\`a} toutes les composantes de la biodiversit{\'e} et permettre aux politiques de conservation de s{\textquoteright}asseoir sur des fondements plus solides et plus larges que les groupes taxonomiques traditionnellement {\'e}tudi{\'e}s (poissons, coraux{\textellipsis}). Les groupes taxonomiques principalement cibl{\'e}s sont les {\'e}ponges, les mollusques, les crustac{\'e}s, les {\'e}chinodermes, les ascidies et les algues, constituant le benthos. Sur le terrain, l{\textquoteright}exp{\'e}dition s{\textquoteright}est d{\'e}roul{\'e}e du 1er septembre au 13 octobre 2016. Les op{\'e}rations de collecte ont d{\'e}but{\'e} le 5 septembre et se sont termin{\'e}es le 10 octobre. Une soixantaine de personnes ont particip{\'e} {\`a} l{\textquoteright}exp{\'e}dition : chercheurs, {\'e}tudiants, amateurs de haut niveau ou soutien technique. Tous les types d{\textquoteright}habitats ont {\'e}t{\'e} {\'e}chantillonn{\'e}s (mangroves, fonds meubles, herbiers de phan{\'e}rogames, algueraies, communaut{\'e}s coralliennes bioconstructrices et non bioconstructrices {\textellipsis}), et ce sur les deux c{\^o}tes cara{\"\i}be et atlantique, tr{\`e}s diff{\'e}rentes. La c{\^o}te cara{\"\i}be est connue pour ses communaut{\'e}s coralliennes riches mais d{\'e}pourvues de constructions r{\'e}cifales {\`a} l{\textquoteright}exception de sa partie m{\'e}ridionale. Battue par la houle, la c{\^o}te atlantique, ou c{\^o}te {\guillemotleft} au vent {\guillemotright}, abrite quant {\`a} elle des r{\'e}cifs barri{\`e}res ou frangeants algo-coralliens, tr{\`e}s peu connus du fait de leur acc{\`e}s plus difficile. Les prospections se sont principalement concentr{\'e}es dans la tranche de 0 {\`a} 40 m{\`e}tres de profondeur. Diff{\'e}rentes m{\'e}thodes d{\textquoteright}exploration ont {\'e}t{\'e} d{\'e}ploy{\'e}es : la p{\^e}che {\`a} pied, des plong{\'e}es coupl{\'e}es {\`a} des m{\'e}thodes de pr{\'e}l{\`e}vement innovantes (paniers de brossage, aspirateur sous-marin), et le d{\'e}ploiement de petits engins de p{\^e}che (drague, nasses) pouvant aller jusqu{\textquoteright}{\`a} 100 m{\`e}tres. L{\textquoteright}objectif des ces op{\'e}rations {\'e}tait de r{\'e}colter puis de rapatrier les {\'e}chantillons au laboratoire, o{\`u} la cha{\^\i}ne de tri traite les sp{\'e}cimens vivants. Les organismes ont {\'e}t{\'e} tri{\'e}s par grands groupes zoologiques en fonction de leur taille puis photographi{\'e}s vivants, les couleurs {\'e}tant une aide essentielle {\`a} l{\textquoteright}identification. Suite {\`a} cette mission de terrain, le Mus{\'e}um a impliqu{\'e} son vaste r{\'e}seau international de sp{\'e}cialistes pour l{\textquoteright}identification des sp{\'e}cimens. L{\textquoteright}inventaire a permis de constituer des collections de r{\'e}f{\'e}rence de {\guillemotleft} nouvelle g{\'e}n{\'e}ration {\guillemotright}, incluant des collections de tissus et d{\textquoteright}ADN, banques de photos des animaux vivants et vouchers de tissus s{\'e}quenc{\'e}s. Les donn{\'e}es bancaris{\'e}es {\`a} mesure de l{\textquoteright}avancement des identifications sur les bases de donn{\'e}es nationales et internationales de biodiversit{\'e} (INPN, OBIS, GBIF). Les donn{\'e}es issues de l{\textquoteright}exp{\'e}dition ont permis et permettront ainsi d{\textquoteright}identifier les esp{\`e}ces marines pr{\'e}sentes en Martinique, de localiser les secteurs {\`a} forte diversit{\'e}, d{\textquoteright}identifier et de localiser les esp{\`e}ces rares ou encore de d{\'e}crire les communaut{\'e}s vivantes. L{\textquoteright}exp{\'e}dition Madibenthos a {\'e}galement {\'e}t{\'e} une tr{\`e}s belle occasion de communication et de sensibilisation autour de la biodiversit{\'e} marine de la Martinique. Pendant l{\textquoteright}exp{\'e}dition, pr{\`e}s d{\textquoteright}un millier d{\textquoteright}{\'e}l{\`e}ves ont {\'e}t{\'e} sensibilis{\'e}s directement au travers des actions p{\'e}dagogiques. L{\textquoteright}exp{\'e}dition a b{\'e}n{\'e}fici{\'e} 9 d{\textquoteright}une bonne couverture m{\'e}diatique. Un blog a {\'e}galement {\'e}t{\'e} tenu {\`a} jour, {\`a} la fois outils de communication et outil p{\'e}dagogique. Il reste accessible {\`a} l{\textquoteright}adresse : http://madibenthos.mnhn.fr/ A ce jour, tout le mat{\'e}riel collect{\'e} dans le cadre de Madibenthos n{\textquoteright}est pas encore pass{\'e} dans les mains de sp{\'e}cialistes. Ce rapport rend compte de l{\textquoteright}avancement du traitement des diff{\'e}rents groupes taxonmiques. Sur la base des groupes pour lesquels le travail d{\textquoteright}identification est termin{\'e}e, des premi{\`e}res analyses exploiratoires ont pu {\^e}tre men{\'e}es et sont pr{\'e}sent{\'e}es dans ce rapport. Ce travail de valorisation des donn{\'e}es de Madibenthos {\`a} destination des gestionnaires va se poursuivre {\`a} mesure que le travail des taxonomistes enrichit la base de donn{\'e}es, et {\^e}tre approfondi. Un projet en ce sens est en cours de conventionnement.}, url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02473023/document}, author = {Bouchet, Philippe and Guillaume Dirberg and Laure Corbari and Leblond, Alice} } @article {6817, title = {Gill chamber and gut microbial communities of the hydrothermal shrimp Rimicaris chacei Williams and Rona 1986: A possible symbiosis}, journal = {PLOS ONE}, volume = {13}, year = {2018}, month = {Feb-11-2018}, pages = {e0206084}, abstract = {
During the past decade, a large number of multi-gene analyses aimed at resolving the phylogenetic relationships within Decapoda. However relationships among families, and even among sub-families, remain poorly defined. Most analyses used an incomplete and opportunistic sampling of species, but also an incomplete and opportunistic gene selection among those available for Decapoda. Here we test in the Caridea if improving the taxonomic coverage following the hierarchical scheme of the classification, as it is currently accepted, provides a better phylogenetic resolution for the inter-families relationships. The rich collections of the Mus{\'e}um National d{\textquoteright}Histoire Naturelle de Paris are used for sampling as far as possible at least two species of two different genera for each family or subfamily. All potential markers are tested over this sampling. For some coding genes the amplification success varies greatly among taxa and the phylogenetic signal is highly saturated. This result probably explains the taxon-heterogeneity among previously published studies. The analysis is thus restricted to the genes homogeneously amplified over the whole sampling. Thanks to the taxonomic sampling scheme the monophyly of most families is confirmed. However the genes commonly used in Decapoda appear non-adapted for clarifying inter-families relationships, which remain poorly resolved. Genome-wide analyses, like transcriptome-based exon capture facilitated by the new generation sequencing methods might provide a sounder approach to resolve deep and rapid radiations like the Caridea.
}, issn = {1573-6857}, doi = {10.1007/s10709-014-9807-0}, author = {Aznar-Cormano, L and Brisset, J and Chan, T-Y and Laure Corbari and Puillandre, N and Utge, J and Magali Zbinden and Zuccon, D and Samadi, S} }