@article {9222, title = {Nanopore long-reads reveal fine structure of prokaryotic communities in mangrove sediments, like Illumina short-reads but with twice more taxa}, journal = {bioRxiv}, volume = {10.1101/2023.06.06.541006}, year = {2023}, doi = {10.1101/2023.06.06.541006}, author = {Alice Lemoinne and Guillaume Dirberg and Myriam Georges and Tony Robinet} } @article {8923, title = {Mangrove microbiota along the urban-to-rural gradient of the Cayenne estuary (French Guiana, South America): Drivers and potential bioindicators}, journal = {Science of The Total Environment}, volume = {807}, year = {2022}, month = {Jan-02-2022}, pages = {150667}, issn = {00489697}, doi = {10.1016/j.scitotenv.2021.150667}, url = {https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0048969721057454}, author = {Fiard, Maud and Cuny, Philippe and Sylvi, L{\'e}a and C{\'e}dric Hubas and J{\'e}z{\'e}quel, Ronan and Lamy, Dominique and Walcker, Romain and El Houssainy, Amonda and Heimb{\"u}rger-Boavida, Lars-Eric and Robinet, Tony and Bihannic, Isabelle and Gilbert, Franck and Michaud, Emma and Guillaume Dirberg and Militon, C{\'e}cile} } @article {7965, title = {First Assessment of the Benthic Meiofauna Sensitivity to Low Human-Impacted Mangroves in French Guiana}, journal = {Forests}, volume = {12}, year = {2021}, month = {Jan-03-2021}, pages = {338}, doi = {10.3390/f12030338}, url = {https://www.mdpi.com/1999-4907/12/3/338}, author = {Michelet, Claire and Zeppilli, Daniela and C{\'e}dric Hubas and Baldrighi, Elisa and Cuny, Philippe and Guillaume Dirberg and Militon, C{\'e}cile and Walcker, Romain and Lamy, Dominique and J{\'e}z{\'e}quel, Ronan and Receveur, Justine and Gilbert, Franck and Houssainy, Amonda El and Dufour, Aur{\'e}lie and Heimb{\"u}rger-Boavida, Lars-Eric and Bihannic, Isabelle and Sylvi, L{\'e}a and Vivier, Baptiste and Michaud, Emma} } @article {6632, title = {Final report of the Madibenthos expedition 2016}, year = {2019}, abstract = {La grande exp{\'e}dition Madibenthos, men{\'e}e par le Mus{\'e}um national d{\textquoteright}Histoire naturelle, fait partie du programme d{\textquoteright}acquisition de connaissances sur le milieu marin de la Martinique (ACQUIMART), pilot{\'e} par l{\textquoteright}Agence des aires marines prot{\'e}g{\'e}es, la Direction de l{\textquoteright}Environnement de l{\textquoteright}Am{\'e}nagement et du Logement, l{\textquoteright}Office De l{\textquoteright}Eau, la Direction de la Mer et la Collectivit{\'e} Territoriale de Martinique. La connaissance du milieu naturel est le pr{\'e}alable {\`a} l{\textquoteright}identification des enjeux de gestion et de protection de celui-ci. L{\textquoteright}inventaire a pour but d{\textquoteright}enrichir les connaissances en mati{\`e}re de biodiversit{\'e} et de d{\'e}couvrir des esp{\`e}ces inconnues. Il illustre la convergence des savoirs et des savoir-faire du Mus{\'e}um national d{\textquoteright}Histoire naturelle et des besoins de protection et de valorisation du patrimoine naturel martiniquais. L{\textquoteright}ambition est de redonner leur place {\`a} toutes les composantes de la biodiversit{\'e} et permettre aux politiques de conservation de s{\textquoteright}asseoir sur des fondements plus solides et plus larges que les groupes taxonomiques traditionnellement {\'e}tudi{\'e}s (poissons, coraux{\textellipsis}). Les groupes taxonomiques principalement cibl{\'e}s sont les {\'e}ponges, les mollusques, les crustac{\'e}s, les {\'e}chinodermes, les ascidies et les algues, constituant le benthos. Sur le terrain, l{\textquoteright}exp{\'e}dition s{\textquoteright}est d{\'e}roul{\'e}e du 1er septembre au 13 octobre 2016. Les op{\'e}rations de collecte ont d{\'e}but{\'e} le 5 septembre et se sont termin{\'e}es le 10 octobre. Une soixantaine de personnes ont particip{\'e} {\`a} l{\textquoteright}exp{\'e}dition : chercheurs, {\'e}tudiants, amateurs de haut niveau ou soutien technique. Tous les types d{\textquoteright}habitats ont {\'e}t{\'e} {\'e}chantillonn{\'e}s (mangroves, fonds meubles, herbiers de phan{\'e}rogames, algueraies, communaut{\'e}s coralliennes bioconstructrices et non bioconstructrices {\textellipsis}), et ce sur les deux c{\^o}tes cara{\"\i}be et atlantique, tr{\`e}s diff{\'e}rentes. La c{\^o}te cara{\"\i}be est connue pour ses communaut{\'e}s coralliennes riches mais d{\'e}pourvues de constructions r{\'e}cifales {\`a} l{\textquoteright}exception de sa partie m{\'e}ridionale. Battue par la houle, la c{\^o}te atlantique, ou c{\^o}te {\guillemotleft} au vent {\guillemotright}, abrite quant {\`a} elle des r{\'e}cifs barri{\`e}res ou frangeants algo-coralliens, tr{\`e}s peu connus du fait de leur acc{\`e}s plus difficile. Les prospections se sont principalement concentr{\'e}es dans la tranche de 0 {\`a} 40 m{\`e}tres de profondeur. Diff{\'e}rentes m{\'e}thodes d{\textquoteright}exploration ont {\'e}t{\'e} d{\'e}ploy{\'e}es : la p{\^e}che {\`a} pied, des plong{\'e}es coupl{\'e}es {\`a} des m{\'e}thodes de pr{\'e}l{\`e}vement innovantes (paniers de brossage, aspirateur sous-marin), et le d{\'e}ploiement de petits engins de p{\^e}che (drague, nasses) pouvant aller jusqu{\textquoteright}{\`a} 100 m{\`e}tres. L{\textquoteright}objectif des ces op{\'e}rations {\'e}tait de r{\'e}colter puis de rapatrier les {\'e}chantillons au laboratoire, o{\`u} la cha{\^\i}ne de tri traite les sp{\'e}cimens vivants. Les organismes ont {\'e}t{\'e} tri{\'e}s par grands groupes zoologiques en fonction de leur taille puis photographi{\'e}s vivants, les couleurs {\'e}tant une aide essentielle {\`a} l{\textquoteright}identification. Suite {\`a} cette mission de terrain, le Mus{\'e}um a impliqu{\'e} son vaste r{\'e}seau international de sp{\'e}cialistes pour l{\textquoteright}identification des sp{\'e}cimens. L{\textquoteright}inventaire a permis de constituer des collections de r{\'e}f{\'e}rence de {\guillemotleft} nouvelle g{\'e}n{\'e}ration {\guillemotright}, incluant des collections de tissus et d{\textquoteright}ADN, banques de photos des animaux vivants et vouchers de tissus s{\'e}quenc{\'e}s. Les donn{\'e}es bancaris{\'e}es {\`a} mesure de l{\textquoteright}avancement des identifications sur les bases de donn{\'e}es nationales et internationales de biodiversit{\'e} (INPN, OBIS, GBIF). Les donn{\'e}es issues de l{\textquoteright}exp{\'e}dition ont permis et permettront ainsi d{\textquoteright}identifier les esp{\`e}ces marines pr{\'e}sentes en Martinique, de localiser les secteurs {\`a} forte diversit{\'e}, d{\textquoteright}identifier et de localiser les esp{\`e}ces rares ou encore de d{\'e}crire les communaut{\'e}s vivantes. L{\textquoteright}exp{\'e}dition Madibenthos a {\'e}galement {\'e}t{\'e} une tr{\`e}s belle occasion de communication et de sensibilisation autour de la biodiversit{\'e} marine de la Martinique. Pendant l{\textquoteright}exp{\'e}dition, pr{\`e}s d{\textquoteright}un millier d{\textquoteright}{\'e}l{\`e}ves ont {\'e}t{\'e} sensibilis{\'e}s directement au travers des actions p{\'e}dagogiques. L{\textquoteright}exp{\'e}dition a b{\'e}n{\'e}fici{\'e} 9 d{\textquoteright}une bonne couverture m{\'e}diatique. Un blog a {\'e}galement {\'e}t{\'e} tenu {\`a} jour, {\`a} la fois outils de communication et outil p{\'e}dagogique. Il reste accessible {\`a} l{\textquoteright}adresse : http://madibenthos.mnhn.fr/ A ce jour, tout le mat{\'e}riel collect{\'e} dans le cadre de Madibenthos n{\textquoteright}est pas encore pass{\'e} dans les mains de sp{\'e}cialistes. Ce rapport rend compte de l{\textquoteright}avancement du traitement des diff{\'e}rents groupes taxonmiques. Sur la base des groupes pour lesquels le travail d{\textquoteright}identification est termin{\'e}e, des premi{\`e}res analyses exploiratoires ont pu {\^e}tre men{\'e}es et sont pr{\'e}sent{\'e}es dans ce rapport. Ce travail de valorisation des donn{\'e}es de Madibenthos {\`a} destination des gestionnaires va se poursuivre {\`a} mesure que le travail des taxonomistes enrichit la base de donn{\'e}es, et {\^e}tre approfondi. Un projet en ce sens est en cours de conventionnement.}, url = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02473023/document}, author = {Bouchet, Philippe and Guillaume Dirberg and Laure Corbari and Leblond, Alice} } @article {5067, title = {Strat{\'e}gie de d{\'e}veloppement des outils de bio-indication en mangroves pour la DCE}, year = {2017}, month = {2017}, pages = {25 pp}, institution = {ONEMA - MNHN}, abstract = {

Le deuxi{\`e}me s{\'e}minaire du GT DCE {\guillemotleft} mangroves {\guillemotright} a permis d{\textquoteright}{\'e}tablir une premi{\`e}re liste des descripteurs du bon {\'e}tat {\'e}cologique des mangroves du point de vue de la DCE, de finaliser le choix des param{\`e}tres pertinents pour la construction d{\textquoteright}outils de bioindication, et de poser les bases de la phase test d{\textquoteright}acquisition de donn{\'e}es qui permettra de construire les outils de bioindication. Le groupe de travail se donne pour objectif de disposer des premiers outils op{\'e}rationnels pour le prochain cycle de gestion de la DCE d{\'e}butant en 2022.\ 

}, author = {Guillaume Dirberg} } @article {4240, title = {Compte rendu du s{\'e}minaire du groupe de travail {\guillemotleft} mangroves {\guillemotright}. Paris, MNHN, 28-30 septembre 2015. Convention ONEMA/MNHN 2015. 12 pages.}, year = {2015}, keywords = {Bioindication, DCE, DOM, Mangrove}, author = {Guillaume Dirberg} } @article {4239, title = {Rapport bibliographique pour la mise en place d{\textquoteright}un indicateur mangrove dans le cadre de la DCE Eaux Littorales dans les DOM. Convention ONEMA/MNHN 2015. 35 pages}, year = {2015}, keywords = {Bioindication, DCE, Mangrove}, author = {Guillaume Dirberg} }