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Equipe 6 : SOurce et transfert de la Matière organique en milieu AQUAtique - SOMAQUA

 Ostréiculture
Biofilm

Thème général

Les thématiques pour lesquelles nous avons développé une très large expertise portent sur l’étude du fonctionnement des écosystèmes aquatiques à travers l’utilisation combinée de marqueurs isotopiques, biochimiques et sclérochronologiques. Notre expertise est mise au service de questionnements clés : ceux de l’origine, du devenir et de la qualité de la matière organique pour une caractérisation optimale de l’état fonctionnel d’un écosystème aquatique.

Exemple de marqueur biochimique utilisé au laboratoire :

Axes de recherche

Les grandes thématiques du laboratoire sont abordées à travers deux approches principales :

1) les réponses des réseaux trophiques aux pressions anthropiques

2) les changements qualitatifs affectant les  transferts à différentes échelles de la matière organique.

 

BOREA soutient les projets incitatifs collaboratifs "Coordination & Transversalité" suivants :

- "Scénariser l’impact des CHAngements climatiques sur les habitats de l’archipel de CHAusey (CHACHA)" - Resp. : Eric Goberville, Eq. SOMAQUA Paris ; autre participant BOREA : Frédéric Olivier, Eq. SOMAQUA Concarneau

- "Etude des poissons cavernicoles dans les Andes : taxonomie, caractérisation moléculaire de l'albinisme et barcoding (TRICHO)" - Resp. : Sébastien Baratte, Eq. EMERGE ; autres participants BOREA : Marc Pouilly et Najet Thiney, Eq. SOMAQUA Paris ; Clara Lord et Sophie Berland, Eq. BIOCAP

BOREA soutient les projets incitatifs collaboratifs "Sud" suivants :

- "Vulnérabilité des écosystèmes littoraux tropicaux face à l'eutrophisation (VELITROP)" - Resp. : Gwenaël Abril, Eq. SOMAQUA Paris ; autre participant BOREA : Cédric Hubas, Eq. SOMAQUA Concarneau

- "Marqueurs biogéochimiques du fonctionnement des systèmes aquatiques amazoniens (BIOGEO-TAG)" - Resp. : Marc Pouilly, Eq. SOMAQUA Paris ; autre participant BOREA : Claire Lazareth, Eq. SOMAQUA Paris

Programmes de recherche

Type de programme Intitulé complet Période
LONGFONG National/Régional Méta-barcoding des symbiotes fongiques : séquençage de reads longs (Nanopore) pour assembler les reads courts (Illumina) en OTUs réels 2019
MaMBo National/Régional Interactions entre Matière organique dissoute et particulaire et Microorganismes lors d’un Bloom de cyanobactéries 2019
VuBleu International Vulnérabilité du carbone bleu des mangroves face à l'eutrophisation 2019 - 2020
MICROBE Européen Microphytobenthos Biofilm structure and function under Environmental challenge 2018
IMPAIC National/Régional IMPacts Acoustiques sur les Invertébrés de la baie de Saint-BrieuC 2018 - 2021
BiEau-Amaz International BiEau-Amaz - Vers une approche biologique de la caractérisation géochimique des eaux amazoniennes à l’échelle infra-annuelle national (au niveau financier) et international 2017 - 2018
BIO-Tide Européen The role of microbial biodiversity in the functioning of marine tidal flat sediments 2017 - 2020
SaMbA National/Régional Synergie entre matière organique d’origine phytoplanctonique et communautés Microbiennes libres et Attachées 2017 - 2020
PRIVARC International PRIVARC Plasticité du recrutement des bivalves Arctiques 2016 - 2017
SCUBA National/Régional Structuration des CommUnautés Bactériennes de biofilms de récifs Artificiels 2016 - 2017
ENDOKELP National/Régional Mise en place d’un système expérimental in situ endophyte-kelp pour l’étude des interactions moléculaires impliquées dans la relation entre macroalgues et endomicrobiome 2016 - 2018
HULK Européen Les chloroplastes fonctionnels dans les cellules animales: élucider le puzzle 2016 - 2019
TRECH National/Régional Ecologie Trophique de l'espèce invasive et ingénieur Crepidula fornicata 2016 - 2019
Valorisation des données de l’expédition Madibenthos pour la gestion et la conservation National/Régional Valorisation des données de l’expédition Madibenthos pour la gestion et la conservation 2016 - 2020
LMI EDIA International Laboratoire Mixte International "Evolution et Domestication de l'Ichtyofaune Amazonienne" 2016 - 2020
MicroBE National/Régional Microfluidique des Biofilms Epilithiques : Impact de la chlordécone 2015
OBLT International Observatoire Binational du Lac Titicaca (OBLT) 2015 - 2019
Bioindication mangroves National/Régional Développement de l’indicateur DCE « Mangroves » 2015 - 2021
ISLAY National/Régional Caractérisation et rôle du métabolome fongique dans les InteractionS entre LAminaires et leurs champignons endophytes 2014 - 2016
PROCARDYA National/Régional Rôle et diversité des PROCARyotes planctoniques dans la DYnamique de dégradation de macro-Algues 2013 - 2015
PARAPETI International Bilan hydrologique, qualité biologique et gestion de l'eau dans la région du Chaco subandin 2013 - 2016
BBPolar_SCLERARCTIC International Bivalves pan-arctiques comme bioarchives polaires. 2013 - 2016
ANR CHLORINDIC National/Régional Contamination par la chlordecone du biofilm epilithique en rivière : recherche de bioindicateurs 2012 - 2016
DRIVER International Déterminisme du Recrutement de bIValves sous contraintes Environnementales et anthRopiques 2012 - 2016
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Articles scientifiques

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Moteur de recherche Bibliographie

2015
Faure D, Bonin P, Duran R, The EC2CO consortium (2015) Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research 22:13577-13598. doi: 10.1007/s11356-015-5164-5
PDF icon 2015-EPSR Faure.pdf (657 Ko)
PDF icon Gaillard et al-2015.pdf (370.8 Ko)
PDF icon Goberville_et_al-2015-Ecology_and_Evolution.pdf (2.5 Mo)
Mortillaro J-M, Pouilly M, Wach M, et al. (2015) Trophic opportunism of central Amazon floodplain fish. Freshwater Biology DOI: 10.1111/fwb.12598:
PDF icon Mortillaro_et_al_2015_Freshwater_Biology.pdf (761.89 Ko)
PDF icon Nerot et al. 2015.pdf (1.58 Mo)
Passarelli C, Meziane T, Thiney N, et al. (2015) Seasonal variations of the composition of microbial biofilms in sandy tidal flats: Focus of fatty acids, pigments and exopolymers. Estuarine, Coastal and Shelf Science 153:29 - 37. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2014.11.013
PDF icon 1-s2.0-S0272771414003412-main.pdf (627.45 Ko)
PDF icon Rolet et al, 2015 BC.pdf (1.73 Mo)
2014
PDF icon Abril_et_al_2014_Nature_With_Supp_Info.pdf (4.17 Mo)

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