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LONGFONG

Méta-barcoding des symbiotes fongiques : séquençage de reads longs (Nanopore) pour assembler les reads courts (Illumina) en OTUs réels

Equipe 6 : Source et Transfert de la Matière Organique en Milieu Aquatique
Partenaire(s): 
Florent Martos (ISYEB)
2019
Type de programme: 
National/Régional

 

L’identification moléculaire des taxons eucaryotes dans un microbiote se heurte à la difficulté d’établir avec certitude les unités taxonomiques opérationnelles (OTUs). Par exemple, l’identification des champignons symbiotiques se fait principalement sur les régions ITS (1 et 2) entre petite et grande sous-unités ribosomiales (SSU et LSU). Les reads courts issus du séquençage Illumina des régions ITS d’un microbiote fongique montrent souvent une forte diversité. Pour savoir si cette diversité est réelle, autrement dit s’il existe autant d’OTUs que de séquences différentes, il faut pouvoir assembler des reads courts couvrant l’intégralité des ITS-5.8S, plus une partie de la SSU et de la LSU de chaque OTU, ce qui est techniquement impossible avec des reads courts issus d’OTUs inconnus, mais désormais possible grâce aux plateformes PacBio et Nanopore qui permettent de lire de bout en bout des amplicons beaucoup plus longs.

L’objectif de ce projet est : (1) de produire des séquences Nanopore d'amplicons longs et d’y aligner les séquences courtes Illumina (0.2-0.5 kb) à partir des mêmes produits PCR ; (2) d’étudier la structure des réseaux de symbiotes et les facteurs structurant les cortèges symbiotiques, dans des lichens et dans des mycorhizes.

Financement : Action Transversale Muséum National d'Histoire Naturelle (ATM)