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Sorbonne Universites Emergence MICROFISH

Le microbiote des téléostéens : interactions avec l’environnement - MICROFISH

Equipe 3 : Adaptation aux Milieux Extrêmes
Equipe 4 : Dispersion Larvaire et Organisation des communautés en Milieu Austral et Insulaire Tropical
2017 - 2018
Type de programme: 
National/Régional

Financement Sorbonne Universités Emergence MICROFISH (comprenant un post-doc) exploration de la diversité des microbiotes associés aux poissons de l’Océan Austral, collaboration Y. Desdevises et P. Koubbi

Le lien entre microbiote et hôte animal est une thématique émergente en écologie, mais encore peu abordée chez les Téléostéens, alors même que les premiers inventaires de diversité montrent l’existence d’une large diversité microbienne commensale de la peau de ces organismes. Le projet MICROFISH, financé par Sorbonne-Universités, propose de caractériser le microbiote associé aux poissons téléostéens afin de comprendre comment il est lié à l’écologie des espèces et à leurs interactions avec l’environnement biotique et abiotique.

Ce projet est conduit par 2 partenaires : l’Observatoire Océanologique de Banyuls (OOB, BIOM et LBBM) et l’UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA, UPMC-CNRS-IRD-MNHN).

Nous utiliserons les techniques de séquençage à haut débit, afin d’en interpréter composition et la diversité du microbiote en regard des interactions qu’ont ces téléostéens avec leur environnement. Ce projet repose sur le séquençage à haut débit (Illumina) d’une zone hypervariable d’un marqueur bactérien classique (l’ARNr 16S) sur des échantillons de tube digestif, de peau et de branchies. Ces séquences permettront d’identifier la diversité des lignées bactériennes présentes et les communautés associées aux différents individus seront comparées à l’aide d’analyses multivariables en les couplant aux variables environnementales (pour les deux sites) et à la composition en ectoparasites (en Méditerranée).