Offre de stage M2 | Diversité génétique au sein des Trichomycteridae (Actinopterygii, Siluriformes) dans les rivières superficielles et souterraines des Andes Péruviennes au MNHN Paris

Proposition de stage M2
Diversité génétique au sein des Trichomycteridae (Actinopterygii, Siluriformes) dans les rivières superficielles et souterraines des Andes Péruviennes

Structure d'accueil : Laboratoire  BOREA – Muséum national d'histoire naturelle  Paris

Les expéditions pluridisciplinaires Cerro Blanco 2017, 2018 et 2019 organisées par l’IRD et ses partenaires (Muséum d’Histoire Naturelle de Lima, Université de Chachapoyas) furent l’occasion d’explorer la biodiversité méconnue des poissons des rivières et des karsts de l’Alto Mayo dans le Nord du Pérou (bassin Amazonien).
Dans les Andes, les formations karstiques tropicales forment des isolats de plus ou moins grande taille, caractérisés par une dynamique tectonique complexe créant une grande diversité de milieux très originaux. Un des objectifs des expéditions vise à tester l’idée que les karsts tropicaux andino-amazoniens jouent un rôle positif sur la biodiversité en favorisant l’endémisme et la spéciation. La colonisation des réseaux souterrains par des espèces de poissons plus ou moins adaptés à la vie cavernicole est l’un des exemples du développement d’une forte diversité.
Les explorations réalisées dans plusieurs cavités de 4 massifs karstiques distants, tous situés dans le bassin de la rivière Marañon, ont permis de découvrir une densité de colonisation des systèmes souterrains rarement décrite dans la littérature scientifique. Des populations de poissons ont été observées dans la plupart des systèmes karstiques visités. Nous avons pu collecter des populations du genre Trichomycterus adaptées à la vie cavernicoles (absence et/ou réduction de la pigmentation et du système oculaire) et dans les rivières superficielles environnantes. Dans certaines cavités nous avons pu observer des assemblages composés a priori d’au moins deux espèces différentes et d’individus présentant différents degrés d’adaptation à la vie souterraine. Ces observations laissent entrevoir une situation exceptionnelle pour l’étude de l’évolution et de l’adaptation des espèces au monde cavernicole.

L’objectif du stage est de réaliser une caractérisation génétique des populations de poissons (environ 120 individus répartis dans 10 populations superficielles et 10 souterraines) à partir de l’analyse de séquences issues de 3 marqueurs mitochondriaux (16S rRNA, Cytochrome C Oxidase subunit I et Cytochrome B) et deux marqueurs nucléaires (myosin heavy chain 6, cardiac muscle, alpha gene et recombination activating gene 2 – rag2) classiquement utilisés pour décrire la phylogénie de ce groupe. L’interprétation attendue est la caractérisation de la variabilité génétique intra et inter populationnelle et l’élaboration d’hypothèse d’ancienneté des connectivités ou isolements de ces populations. De plus les résultats serviront à compléter des études taxonomiques classiques pour l’identification de nouvelles espèces potentielles.

Co-encadrants BOREA : Marc Pouilly / Sébastien Baratte / Clara Lord / Gaël Denys
pouilly@ird.fr ; sebastien.baratte@mnhn.fr ; clara.lord@mnhn.fr ; gael.denys@mnhn.fr