Offre de thèse en biologie | Caractérisation de Francisella halioticida présente chez Mytilus spp., UMR BOREA - Université de Caen Normandie

Offre de Thèse en Biologie – 2024/2026 – Université de Caen Normandie – Caractérisation de Francisella halioticida présente chez Mytilus spp. 

Date limite de candidature : vendredi 30 novembre 2023 repoussée au 8 décembre 2023

Poste à pourvoir à partir du 2 janvier 2024 pour une durée de 3 ans.

Financement : Région, CRC Normandie et CRC Bretagne Nord

Laboratoire d’accueil : BOREA (Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Associés), Université de Caen Normandie (https://borea.mnhn.fr/)

Encadrement : Dr Maryline Houssin (maryline.houssin@laboratoire-labeo.fr)

Contexte

Depuis une dizaine d’année des mortalités inexpliquées se produisent sur les parcs mytilicoles de France aussi bien sur le naissain que sur les animaux commercialisables (Béchemin et al., 2015 ; Pépin et al., 2019). Ces mortalités sont très hétérogènes aussi bien dans l’espace que dans le temps. Elles ont commencé en Charente puis elles sont apparues plus au Nord d’abord en Bretagne puis en Normandie (Béchemin et al., 2015 ; Travers et al., 2016 ; Allain and Bernard, 2016 ; Bernard and Allain, 2017 ; Charles et al., 2020a ; Normand et al., 2021). L’Europe du Nord n’est pas épargnée, des mortalités ont été observées en Grande Bretagne (Cano et al. 2022) et aux Pays bas (Capelle et al. 2021). Plusieurs facteurs de risque ont été examinés : problèmes environnementaux, contamination Vibrionacaea (Béchemin et al., 2015 ; Travers et al. 2016), anomalies génétiques (Benabdelmouna and Ledu, 2016 ; Benabdelmouna et al., 2018) mais ils ont tous été réfutés (Béchemin et al., 2015 ; Charles et al., 2019 ; Charles et al., 2020b). Fin 2019, une nouvelle hypothèse est proposée suite à la découverte de l’ADN d’une bactérie dénommée Francisella halioticida dans des tissus de moules moribondes (Charles, 2019 ; Charles et al., 2020c ; Charles et al., 2021). En effet, cette bactérie a été démontrée comme étant responsable de mortalités sur des ormeaux au Japon (Brevik et al., 2011 ; Kamaishi et al., 2010) et sur des pétoncles au Japon et en Colombie britannique au Canada (Kawahara et al., 2019). Les travaux initiés dans la thèse d’Hélène Bouras ont dévoilé que certaines souches de Francisella halioticida présentes sur le territoire français sont bien des pathogènes des moules (travaux en soumission).

Objectifs du projet

Si la virulence de cette bactérie vis-à-vis des moules est prouvée, il reste de nombreuses interrogations sur le mécanisme d’infectiosité de cette bactérie vis-à-vis de cet hôte. L’objectif principal de ce programme sera d’étudier les facteurs influençant l’infectiosité c’est-à-dire le système environnement-hôte-pathogène-microbiote. La physiologie de l’hôte (influence du cycle de reproduction), la saisonnalité (température, milieu trophique…), l’environnement (salinité, exondation, polluants…) ainsi que l’origine du naissain seront étudiés. Pour répondre à cet objectif, des infections expérimentales en circuit ouvert seront réalisées afin d’étudier les mécanismes de virulence via l’étude du transcriptome du pathogène et de l’étude du microbiote de l’hôte. L’exploration du microbiote pourra aider à la compréhension du système immunitaire de la moule. En effet des études ont montré que certains micro-organismes pouvaient limiter l’installation de pathogène et donc jouer sur la prévention d’une dysbiose (Schmitt et al., 2012 ; Paillard et al., 2022). Ce projet est donc une poursuite et un renforcement des connaissances de la découverte de la pathogénicité de Francisella halioticida chez les moules, travaux reconnus internationalement et initiés en Normandie (Charles 2019 ; Charles et al., 2020c, 2021 ; Bouras et al., 2023) et en Bretagne (Charles 2019 ; Charles et al., 2020c , 2021). 

Profil du candidat

Le candidat devra avoir de solides connaissances en biologie moléculaire et en microbiologie. Un dossier académique de bon niveau est impératif pour candidater au concours oral de l’école doctorale EDnBiSE. Des connaissances dans le domaine de la zootechnie seront appréciées. Par ailleurs, le candidat devra être rigoureux et motivé. Enfin, le candidat doit savoir travailler en équipe car il sera amené à interagir avec des collègues, des plateformes techniques et des partenaires régionaux ou nationaux. Si vous êtes intéressé, merci de transmettre par mail un CV, une lettre de motivation, une ou des lettres de recommandation ainsi que vos relevés de notes de L3, M1 et 1er semestre de M2 à l’encadrante de thèse.

Contact : maryline.houssin@laboratoire-labeo.fr; 

Autres informations

L’étudiant(e) sera basé(e) à LABÉO (Site de St Contest), Pôle d’analyse et de recherche en Normandie. Ce projet de recherche sera réalisé en partenariat étroit avec le SMEL (expérimentations infectieuses). Des déplacements seront à prévoir entre les deux structures. De même, la personne retenue sera amenée à accompagner les responsables du projet pour la réalisation de prélèvements sur le terrain.