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Julie ORJUELA

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Position

Engineer

Affiliation

Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

Email

julie.orjuela@ird.fr

Phone

0467416380

Localisation

IRD Montpellier | UMR BOREA
DIADE
IPME | Bureau 1024 | 911
avenue Agropolis | BP 64501 | 34394 MONTPELLIER CEDEX 5

Team

Team 7: Biodiversity & Macroecology

Research topics

Ingénieur d'études en Bioinformatique avec des activités transversales au sein de trois unités : DIADE, IPME et BOREA.

Membre du plateau de bioinformatique plante-santé iTrop sur le centre IRD de Montpellier composé de 7 Ingénieurs appartenant à 5 unités (DIADE, IPME, MiVEGEC, TransVIHMI et maintenant BOREA). Membre de la plateforme South Green au sein de laquelle je participe notamment dans un groupe de développeurs (CIRAD, INRA-IRD), au développement de l’outil TOGGLe. TOGGLe (toolbox for generic NGS analyses) permet aux utilisateurs non bioinformaticiens de construire leur propre pipeline d’analyse de données NGS à la volée et d’analyser simultanément une grande quantité d’échantillons sous l'environnement Linux. La plateforme South Green est une des plateformes labellisées IFB (Institut Français de Bioinformatique).

Au sein de mes activités transversales je suis impliquée dans des projets de recherche identifiés comme projets clés, communs aux plusieurs équipes des trois unités. Ces projets nécessitent l’expertise bioinformatique pour des méthodologies d’assemblage, annotation fonctionnelle de transcriptomes, analyse d’expression différentielle, métagénomique, et intégration de données. J’assure la formation du personnel qui a besoin de traiter des données des projets similaires aux projets dans lesquels je suis impliqué à travers l’animation de groupes de travail. Je m'intéresse à l’exploration des outils et des nouvelles méthodologies pour pouvoir répondre aux besoins en termes d’analyse de données de type NGS.