Stage Master 2 | « Analyse et optimisation des diagnostics concernant les stocks de céphalopodes exploités par la flottille française en Atlantique », Caen

Proposition de stage Master 2 à BOREA (Caen) « Analyse et optimisation des diagnostics concernant les stocks de céphalopodes exploités par la flottille française en Atlantique » 

Structure d'accueil : UMR BOREA, équipe ECOFUNC, Université de Caen Normandie, Caen

Encadrants : Jean-Paul Robin 

Contexte

Le laboratoire BOREA de l'Université de Caen Normandie est pionnier en Europe dans l'application de modèles de dynamique de populations exploitées aux stocks de Céphalopodes (seiches et calmars) et dans l'étude de l'écologie de ces pêcheries. Les résultats de cinq thèses soutenues ont apporté, entre autres, les premières évaluations de stocks européens (Royer et al., 2002, 2006) et les premières analyses de relations stock-recrutement (Challier et al., 2005 ; Gras et al., 2014). Les derniers diagnostics concernant les seiches et les calmars de Manche et du golfe de Gascogne ont été obtenus dans le cadre du projet Interreg Ceph&Chefs à travers un exercice étendu à 11 stocks et coordonné par Caen d'ajustements de modèles de surplus de production au moyen du package de R SPiCT (Surplus Production in Continuous Time) (Pedersen et al., 2017 ; ICES, 2020). Ces évaluations sont mises à jour dans le cadre d'une convention avec la DGAMPA (Direction Générale des Affaires Maritimes de la Pêche et de l'Aquaculture) qui prévoit également une analyse des procédures afin qu'elles puissent petit à petit être utilisées "en routine".  La seiche (Sepia officinalis) et les calmars Loliginidés sont des ressources partagées (en Manche avec les flottilles de Belgique, Hollande et Royaume-Uni ; dans le golfe de Gascogne avec l'Espagne). Ces stocks ne sont pas gérés au niveau communautaire par des TAC et Quotas. Ce sont néanmoins des ressources de valeur qui génèrent par exemple en Manche chacune un revenu annuel de l'ordre de 20 millions d'euros (pour l'ensemble des pays) et qui se situent pour les pêcheries normandes au 6^e  et 7^e rangs en valeur (Ifremer, 2020). Les céphalopodes ont des caractéristiques biologiques particulières : durée de vie courte, croissance très rapide, migrations et mort après une reproduction (semelparité) qui les distinguent des poissons et justifient le recours à des approches "DLS" (pour Stocks à Données Limitées). Ce sont aussi des ressources sensibles aux variations de l'environnement (Rodhouse et al., 2014) qui présentent des variations interannuelles de d'abondance ou de biomasse de forte amplitude ce qui interroge sur la pertinence de points de référence "moyens à long terme" (Roa-Ureta et al., 2021).  Les ajustements de modèles de dynamique de la biomasse réalisés avec SPiCT sont souvent accompagnés d'une grande incertitude qui oblige à la prudence dans leur application et dans les conclusions que l'on peut en tirer. Il est souhaitable de distinguer la part de variabilité liée aux données de celle qui dépend de la méthode d'ajustement. Les comparaisons entre méthodes passent par le test d'autres packages ou programmes dédiés aux modèles de surplus de production alors que pour les données ce sont principalement les indices de biomasse et leur standardisation qui peuvent être comparés.

Voies d'étude et objectifs généraux

Les données françaises utilisées pour ces modèles sont extraites du Système d'Information Halieutique (SIH) national et elles sont complétées pour les autres pays par les réponses à l'appel à données du groupe de travail "Céphalopodes" du Conseil International pour l'Exploration de la mer (ICESWGCEPH). L'analyse de la variabilité des résultats et des jeux de données les plus pertinents pour des diagnostics rapides est une première étape qui sera réalisée avec des séries de données allant jusqu'en 2022. Elle préparera la mise à jour des évaluations en 2024 qui ne sera possible qu'à réception des données de l'année 2023.  

B/BMSY et F/FMSY.

Objectifs du stage

1. Comparer les résultats des ajustements de modèles de dynamique de la biomasse obtenus avec SPiCT et avec ceux issus d'un autre package (comme JABBA).

2. Analyser la sensibilité des diagnostics aux séries temporelles d'indices de biomasse déduits des débarquements par unité d'efforts (DPUE) de segments de la flottille commerciale avec ou sans standardisation.

3. Préparer la mise à jour des évaluations en 2024 (intégrant les données de 2023).

4. Si c'est disponible, comparer les résultats obtenus pour les seiches de Manche avec l'approche "par métier" développée par Michael Spence au CEFAS (Royaume Uni).

5. Préparer la communication de ces évaluations auprès de la DGAMPA ainsi qu'auprès des représentants des professionnels. 

Déroulement du stage

Le sujet est prévu pour un stage de 6 mois démarrant en janvier 2024 et se déroulant au sein du site caennais du laboratoire BOREA, dans l'équipe ECOFUNC (sur le campus 1 de l'université de Caen Normandie). Un démarrage du stage un peu plus tard peut aussi être organisé. Parmi les contacts avec l'équipe "ressources halieutiques" de la station Ifremer de Port-en-Bessin, Eric Foucher participe au projet SPADYN (thèse de Anna Marcout sur la dynamique spatio-temporelle des Céphalopodes en Manche). D'autres contacts sont recherchés avec l'expérience de comparaisons d'outils d'ajustement (comme SPiCT / JABBA). 

Profil recherché

• Deuxième année de master, ou fin de cycle ingénieur en sciences de la mer, halieutique, écologie marine, océanologie biologique, modélisation.

• Intérêt particulier pour la modélisation des populations exploitées par la pêche.

• Maitrise du langage de programmation R, de Rmarkdown, de Github

• Capacités de communication à des niveaux divers (scientifiques, gestionnaires, pêcheurs) 

Candidatures à adresser à : Jean-Paul Robin <jean-paul.robin@unicaen.fr>