Sujet de thèse à concours ED 227 | Biodiversité et Ethnoécologie des microbiotes aquatiques aux Antilles

Sujet de  thèse en "Biodiversité et écosystèmes aquatiques" - Ecologie et/ou  Anthropologie - 2020-2023

Concours ED 227

Titre : Biodiversité et Ethnoécologie des microbiotes aquatiques aux Antilles

Date limite de candidature : 19 juin 2020 à 13h (délai de rigueur)

Dates des auditions si candidature retenue :  1, 2 et 3 juillet 2020

Poste à pourvoir pour la rentrée universitaire pour une durée de 3 ans

Dates des auditions si candidature retenue :  1, 2 et 3 juillet 2020

Financement : Allocation ministérielle (concours de l'ED 227 – MNHN-SU)

Laboratoire d'accueil : BOREA (Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Associés)

Encadrement : Pascal Jean Lopez, directeur de thèse HDR, microbiologiste, équipe RECAP/BOREA, pascal-jean.lopez@mnhn.fr et  Elise Demeulenaere, MNHN département H&E - Centre A. Koyré, anthropologue, elise.demeulenaere@mnhn.fr

Descriptif du sujet de thèse et méthodes envisagées

En 1893 le Dr Capitan disait déjà « Bons ou mauvais, utiles ou nuisibles, tous ont un rôle qui est en somme indispensable à l'évolution régulière des sociétés. ». Cette dualité de pensée sur les microbes perdure dans les sociétés actuelles. Une grande partie des études anthropologiques sur les microbes questionnent encore cette relation entre l’homme et les microbes notamment au travers du lien avec la santé, qui lie épidémies et maladies. Ce construit social, autour des microbes peut être vu comme un frein à la mise en place d’études en écologie microbienne, qui interroge biodiversité et rôles « utiles » des micro-organismes relève aussi du registre des construits entre humains et non-humains invisibles.

Les progrès actuels issus des techniques de séquençage à haut-débit, ont permis d’établir de nouveaux concepts comme celui de l’holobionte ou de supra-organismes. En ce qui concerne l’homme, ce sont bien sûr les découvertes relatives aux microbiomes humains qui ouvrent des perspectives importantes sur la biologie évolutive, la physiologie humaine ou la thérapie qui en retour influences aussi les représentations de cet infiniment petit. Ces évolutions technologiques et sociales ouvrent aussi la voie à la mise en place d’études participatives impliquant les outils de la microbiologie moléculaire. Parmi ces dernières, qui soulèvent aussi un certain nombre de questions éthiques, on peut citer celles reliant l’homme et la santé dont les projets sur l’intestin.

Dans des domaines plus liés à l’environnement « extérieur » les études participatives sur les microbiotes ont elles aussi vu un essor important autour des lieux d’habitations et plus largement des environnements construits. Avec par exemple des recherches liants microbiomes, santé et hygiène, dont celles réalisées dans les cuisines et autour des pratiques de nettoyage (projet "Good germs Bad germs" de l'Université d'Oxford) ou les réflexions émergentes sur les microbiomes des eaux usées. Il n’en reste pas moins que les études d’écologie microbienne participatives restent très rares et qu’à notre connaissance, aucune n’a portée sur la biodiversité des microbiotes aquatiques et leurs représentations.

En lien avec les recherches développées au sein de l’Observatoire Hommes-Milieux (OHM) Littoral Caraïbe, nous souhaitons mettre en place un projet de thèse couplant des approches de science participative, d’anthropologie et d’écologie microbienne mais adapté au contexte écologique, social et culturel des Antilles Française.

Cette thèse a pour but d’explorer plus avant la biodiversité aquatique des DROM des Antilles au travers d’une approche participative basée sur l’approche dite de « crowd-sourcing » (aussi appelé « community based monitoring ») ; c’est-à-dire avec la participation de volontaires dans les choix des sites d’analyses et la réalisation des échantillonnages. Ce type d’approche en science participative est de plus en plus utilisé dans la mesure où elle implique une collaboration plus directe entre professionnels et amateurs, avec la mise en place d’acquisition de donnée au cours du temps et la réalisation de suivis individuels et collectifs au cours de l’études. Ces avantages qui sont importants pour ce projet serviront aussi le travail d’enquête auprès des participants.

Cette thèse présente différents aspects novateurs dont la réalisation de travaux sur l’importance des représentations, des filtres et héritages culturels mais aussi des usages dans l’appropriation des microorganismes environnementaux. En effet, les études des représentations des écosystèmes aquatiques aux Antilles sont rares et portent essentiellement sur des travaux relatifs aux rivières de Martinique. L’autre question originale et qu’il faudra aborder dès le début de la thèse est celle de l’existence d’usages et de représentations spécifiques des microbes en langue Créole (i.e., mikòb, mikwòb). Cet aspect impliquera des interactions avec des créolistes dont certains issus de la Martinique que nous avons déjà contactés

Stratégie de publication

La nature interdiscipliniare de ces travaux devrait permettre de (i) apporter des informations originales sur la biodiversité microbiennes en fonction des faciès, des milieux, des territoires et de leurs usages ; (ii) mettre en évidence l’existence de différentes formes de représentations des microbes aux Antilles ; (iii) créer des débats et controverses sur la recherche participative de type “crowd-sourcing” et de son applicabilité aux écosystèmes aquatiques de proximité ; (iv) poser les bases d’une anthropologie des microbiotes aux Antilles; et (v) définir des documents d’aide à l’éducation autour de la biodiversité des microbiotes environnementaux. Au regard des attendus mentionnés, nous sommes confiants que la thèse devrait permettre la réalisation d’au moins trois publications sur les représentations sociales, la biodiversité des micro-organismes et la méthodologie de science participative.

Faisabilité en trois ans avec échéancier

La première année de la thèse sera consacrée à la mise en place d’un protocole de science participative, en Guadeloupe et en Martinique, sous une forme dite de « crowdsourcing » avec la participation de volontaires dans les choix des sites d’analyses et la réalisation des échantillonnages. La deuxième année de la thèse sera plus dévolue à l’analyse des entretiens, la réalisation d’ateliers avec les participants, la collecte des résultats. Une deuxième campagne complétera des résultats issus d’écosystèmes aquatiques variés : sources, mares, lacs, rivières, flaques, écoulements urbains … La troisième année de thèse permettra d’approfondir les analyses approfondies de l’évolution des représentations par l’apprentissage et de finaliser les analyses moléculaires des deux campagnes d’inventaire des microorganismes procaryotes et eucaryotes. Ces résultats seront portés à la connaissance du grand public et des acteurs locaux.

Profil du candidat recherché

L’étudiant.e sera recruté.e sur la base d’un profil pluridisciplinaire avec si possible des connaissances sur les milieux aquatiques (différents masters sont centrés sur la thématique "Biodiversité et écosystèmes aquatiques") et des compétences en écologie et/ou anthropologie. Après des premières études théoriques et conceptuelles qui seront réalisées sur le site du MNHN à Paris, l’étudiant.e réalisera une grande partie de ces travaux en Guadeloupe et en Martinique. Que la personne recrutée soit originaire de métropole ou des Antilles cela ne fera pas trop de différences sur le plan organisationnel car nous avons l’expérience d’envoyer des étudiants sur place et des possibilités d’hébergement existent. Les travaux d’enquêtes seront donc réalisé par l’étudiant.e qui fera aussi le lien entre participants et opérationnels. Les ateliers prévus au début et au cours du projet seront réalisés aux Antilles avec les co-encadrants. A terme le/la thésard.e obtiendra une double compétence en anthropologie sociale et en écologie microbienne.