Le Laboratoire BOREA est implanté sur plusieurs sites : à Paris sur le campus du Jardin des Plantes du MNHN et celui de Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université, à Pointe-à-Pitre, Guadeloupe sur le campus de l’Université des Antilles. Des chercheurs de BOREA sont aussi hébergés dans la Station marine du MNHN à Concarneau et dans la Station marine de Dinard. Par ailleurs, dans le cadre de la politique de coopération de l’IRD, des personnels sont aussi affectés dans certaines Universités et centres de recherche d’Amérique du Sud.