Offre de stage Master 2 | Signature moléculaire dans la matrice organique des coquilles de mollusques : croissance et réponse au changement climatique

Proposé conjointement par les  laboratoires MCAM et BOREA. Le stage vise à tester l’hypothèse d’un lien éventuel entre la nature des peptides incorporés et les changements observés dans la microstructure de la coquille d'ormeau exposée à des stress climatiques (acidification, réchauffement). Il se déroulera principalement sur la plateforme de spectrométrie de masse bio-organique (laboratoire MCAM) et comprendra des missions de courte durée  à la station marine de Concarneau pour la partie microstructure et imagerie de la coquille.

 

Le réchauffement et l’acidification des océans (AO) constituent des menaces sérieuses pour les organismes calcifiants [1, 2]. Chez l’ormeau européen Haliotis tuberculata, nos travaux ont montré qu’une acidification de ‐0,3 unité pH entrainait des effets négatifs sur la calcification, avec des coquilles plus fines et plus fragiles [3‐5]. Ces altérations de la microstructure et de la résistance de la coquille carbonatée pourraient être liées à des perturbations dans la structuration de la matrice organique [5, 6].  Si les effets de l’acidification à l’échelle cellulaire et moléculaire sont encore mal connus [7], les approches « omiques » sont des outils prometteurs pour caractériser les mécanismes moléculaires à l’origine de ces changements phénotypiques [8].  Dans ce contexte, le travail de master 2 consistera à établir les profils moléculaires des métabolites et des peptides incorporés dans les coquilles d’ormeau H. tuberculata exposées à deux scénarios climatiques (ambiant et futur). L’analyse bioinformatique des données permettra d’établir une cartographie moléculaire des coquilles dans les deux scénarios climatiques. Les nouvelles données concernant ces peptides/metabolites pourront être combinées aux données transcriptomiques disponibles.  Les résultats contribueront à la compréhension des bases moléculaires de la réponse au changement climatique chez une espèce calcifiante d’intérêt économique.  

Programme du stage

Le stage de M2 s’intègrera dans le cadre de deux projets en cours (ORMALG, ORMOCLIM) qui évaluent les effets combinés de l’acidification et du réchauffement sur l’ormeau H. tuberculata à travers une approche multidisciplinaire (morphologique, physiologique et comportementale). 

Le/la stagiaire développera un nouveau volet « peptidomique » afin de tester l’hypothèse d’un lien éventuel entre la nature des peptides incorporés dans la coquille et les changements observés dans la microstructure coquillière.  Le travail s’appuiera sur les coquilles juvéniles de H. tuberculata exposés durant 5 mois à deux scénarios climatiques ambiant et futur.  Les coquilles rincées et séchées seront réduites en fine poudre (200µm) pour l’extraction des composés organiques. Les métabolites et peptides seront extraits de la coquille après décalcification par l’acide acétique. Puis les extraits seront analysés en spectrométrie de masse couplée à la chromatographie en phase liquide sur la plateforme de spectrométrie de masse bio‐organique du MNHN. L’analyse bioinformatique et statistique permettra d’obtenir des informations sur les séquences peptidiques et leur modulation par les facteurs climatiques. En parallèle, le/la stagiaire se familiarisera avec les méthodes de morphométrie, de microscopie (MEB) et d’imagerie développées à la station marine de Concarneau.

Le stage de Master 2 permettra de valoriser les échantillons acquis durant le projet ATM ORMOCLIM (2024) qui étudie les réponses phénotypiques de la coquille d’ormeau au changement climatique. 

Les candidatures (CV 1 page et lettre de motivation ½ page max) sont à envoyer par mail à :  arul.marie@mnhn.fr et stéphanie.auzoux‐bordenave@mnhn.fr avant le 08.12.2024.