Le Laboratoire BOREA est implanté sur plusieurs sites : à Paris sur le campus du Jardin des Plantes du MNHN et celui de Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université, à Pointe-à-Pitre, Guadeloupe sur le campus de l’Université des Antilles. Des chercheurs de BOREA sont aussi hébergés dans les Stations marines du MNHN à Concarneau et à Dinard. Par ailleurs, dans le cadre de la politique de coopération de l’IRD, des personnels sont aussi affectés dans certaines Universités et centres de recherche d’Amérique du Sud.