Le laboratoire BOREA est implanté sur plusieurs sites : à Paris sur le campus du Jardin des Plantes du Muséum National d’Histoire Naturelle et celui de Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université, et à Pointe-à-Pitre, Guadeloupe sur le campus de l’Université des Antilles. Des chercheurs de BOREA sont aussi hébergés dans les Stations marines du MNHN à Concarneau et Dinard. Par ailleurs, dans le cadre de la politique de coopération de l’IRD, des personnels sont aussi affectés dans certaines Universités et centres de recherche d’Amérique du Sud.