Stage Master 2 | Définir les habitats préférentiels des Seiches en Manche via l’utilisation des données VMS, Caen

Proposition de stage Master 2 à BOREA (Caen) « Définir les habitats préférentiels des Seiches en Manche via l’utilisation des données VMS (Vessel Monitoring Service) »

Structure d'accueil : UMR BOREA, équipe ECOFUNC, Université de Caen Normandie, Caen

Encadrants : Jean-Paul Robin et Anna Marcout

Contexte

Le laboratoire BOREA de l'Université de Caen Normandie est pionnier en Europe dans l'application de modèles de dynamique de populations exploitées par la pêche aux stocks de Céphalopodes (seiches et calmars) et dans l'étude de l'écologie de ces ressources. Les résultats de cinq thèses soutenues ont apporté les premières descriptions de l'influence de facteurs environnementaux sur l'abondance (Robin & Denis, 1999) et sur la répartition spatiale (Wang et al., 2003) les premiers diagnostics concernant la pression de pêche subie par les seiches de Manche (Royer et al., 2006) et pour ce stock les relations stock-recrutement (Gras et al., 2014).  La seiche est un composant clé de nos écosystèmes et représente une importante ressource commerciale notamment pour les pêcheries normandes (6ème rang en valeur, Ifremer 2020). Cette espèce est caractérisée par une durée de vie courte (2 ans), une croissance très rapide, une vie semelpare et une forte sensibilité aux variations de l’environnement. La seiche effectue en Manche des migrations saisonnières globalement connues (Boucaud-Camou & Boismery, 1991) dont l'amplitude et la chronologie semblent sensibles aux variations de température, de la photopériode, de la salinité et la turbidité (Dunn, 1999). La connaissance des habitats essentiels à l'espèce aux différents stades de son cycle biologique est une des conditions de la préservation de cette ressource dans un "écosystème Manche" lieu de multiples pressions anthropiques. 

Voies d'étude et objectifs généraux

La mise en œuvre croissante des systèmes de surveillance des navires à bord (VMS) permet de localiser précisément opérations de pêche à partir des coordonnées satellitaires et de relier ces opérations aux données de capture du système d'information halieutique (Hintzen., 2012 and 2021). Ces données de captures et d'effort finement localisées peuvent être combinées aux cartes de variables environnementales pour définir (parmi les secteurs exploitables par la flottille commerciale) les habitats préférentiels. Des cartes à haute résolution des habitats des seiches pourront ainsi être produites pour chaque phase de leur cycle migratoire et des modèles développés pour expliquer le succès de chaque phase. Ces cartes pourront directement aider à la gestion des pêcheries et des activités anthropiques en Manche en soulignant l’importance de la localisation de cette ressource et des habitats spécifiques.  Pour décrire l'habitat optimal, nous prévoyons d’utiliser des modèles additifs généralisés (GAM) utilisant les variables environnementales appropriées pour prédire les sites préférentiels d’agrégations des seiches comme décrits dans ces récents articles (Aoufi et al., 2023 ; Standaert et al., 2023). 

Objectifs du stage

1. Collecter (mettre à jour) et filtrer les lieux de pêche (assurer la jointure entre localisation des opérations et captures)

2. Interroger les plateformes européennes (Copernicus, EMODnet) pour extraire (mettre à jour) et compiler des données sur l’habitat (variables hydroclimatiques, bathymétrie, substrats)

3. Analyser, pour chaque phase du cycle migratoire, les caractéristiques intangibles de l'habitat et les conséquences des variations interannuelles du milieu.

4. Modéliser la distribution de chaque phase à partir de modèles additifs généralisés (GAM) 5. Une présentation de l'étude aux représentants des professionnels et autres parties prenantes est envisagée. 

Déroulement du stage

Le sujet est prévu pour un stage de 6 mois démarrant en janvier 2024 et se déroulant au sein du site caennais du laboratoire BOREA, dans l'équipe ECOFUNC (sur le campus 1 de l'université de CaenNormandie). Parmi les contacts avec l'équipe "ressources halieutiques" de la station Ifremer de Porten-Bessin, Mathieu Brevet, post-doctorant, .travaille aussi à la définition d'habitats préférentiels

Profil recherché

• Deuxième année de master, ou fin de cycle ingénieur en sciences de la mer, écologie marine, halieutique, océanologie biologique, modélisation.

• Intérêt particulier pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins

• Goût prononcé pour l’écologie quantitative

• Maitrise du langage de programmation R, de Rmarkdown, de Github

Candidatures à adresser à : Jean-Paul Robin <jean-paul.robin@unicaen.fr>