Le micro-endémisme en Nouvelle-Calédonie : Caractérisation à partir du zooplancton dulçaquicole, recherche des facteurs explicatifs majeurs et proposition d’un modèle d’écologie fonctionnelle

Le contexte biologique, géologique et climatique de la Nouvelle-Calédonie est particulièrement remarquable de par l'association de facteurs et de conditions à caractères exceptionnels. Bien qu'elle aie une superficie assez réduite (approximativement la même que les Pyrénées), elle est un des hotspots de biodiversité majeurs dans le monde et possède la plus grande proportion d'espèces endémiques décrites sur tous les territoires français (56% selon le Livret INPN, 2021). Il a été longtemps pensé que cette biodiversité remarquable était due à sa dissociation de l'Australie il y a environ 80 Ma ayant entraîné des spéciation indépendantes en Nouvelle-Calédonie mais il a été démontré que l'île était immergée jusqu'à il y a 37 Ma et aurait donc connu une re-colonisation postérieure par le vivant. L'évènement tectonique qui a engendré l'émersion de la Nouvelle-Calédonie a également provoqué un charriage du manteau terrestre en surface qui ont formé, après altération, des massifs riches en métaux lourds connaissant aujourd'hui une forte pression d'exploitation par l'industrie minière.

Cette thèse comporte 3 volets majeurs, les deux premiers portent particulièrement sur la documentation et l'explication de l'endémisme et du micro-endémisme chez les communautés de zooplancton des mares de Nouvelle-Calédonie. En effet, les mares de Nouvelle-Calédonie restent des milieux méconnus et un travail préliminaire effectué à l'occasion de mon stage de Master 1, également au sein de l'équipe BIOPAC, suggère la présence de nombreuses espèces encore à découvrir et à décrire. La documentation de l'endémisme et du micro-endémisme au sein de ces communautés passera par la combinaison d'approches de génétique et de morphologie. A partir de cette documentation, un travail de modélisation (modèles de niche écologique, modèles de répartition prédictive, extrapolation en zones à fort potentiel) permettra de caractériser les facteurs explicatifs majeurs de ce phénomène chez les communautés de zooplancton dulçaquicole. 

Ces deux premiers axes permettront d'enrichir la connaissance et la compréhension du fonctionnement des écosystèmes néo-calédonien et constituerons la base de mise en place du troisième et dernier volet majeur de la thèse : la mise à disposition de méthodes et d'outils pour l'étude de l'endémisme et du micro-endémisme. Cette partie de la thèse est particulièrement rendue possible par la collaboration avec l'UMS Patrimoine Naturel à travers le Pôle National de Données de Biodiversité et elle est née de plusieurs constats faits en écologie et autour des sciences de la conservation de la biodiversité. De fait, de grandes avancées ont été accomplies depuis les premières alertes majeures sur la perte de biodiversité dans les années 1960 : nous avons une recherche et une expertise mondiale de grande qualité dans ces domaines, des concepts fonctionnels, des méthodes très variées, adaptables et pratiques. Or, tout ceci est grandement sous-exploité et gagnerait à être plus transparent, reproductible et accessible. L'idée à travers cet axe est donc de rendre les découvertes et connaissances produites par cette thèse directement actionnables pour la protection des écosystèmes.