Roberto Carlos ARREDONDO-ESPINOZA

Ancien membre du laboratoire

Sujet de recherche: Structure de la CHromatine, Environnement et Méthylation des Acides nucléiques chez l'Huître (SCHEMAh).

Le projet SCHEMAh a été développé sous différentes questions basées sur la plasticité phénotypique de l'huître Crassostrea gigas. La plasticité phénotypique de cet organisme a été bien étudiée, mettant en évidence la réponse physiologique comme un ajustement résilient aux changements environnementaux. Pour cette raison, l'huître C. gigas est considérée comme un organisme modèle pour la recherche, y compris le profilage transcriptomique (modèles d'expression génétique), l'épigénétique et le comportement physiologique.

Dans la région Normandie, l'huître C. gigas est la ressource conchylicole la plus importante et son écologie la rend particulièrement exposée aux changements de l'environnement (marées, saisons, changement global), ce qui oblige les organismes à développer des réponses physiologiques par différents mécanismes médiés par l'expression génique. Actuellement, les études sur la structuration du matériel génétique ont suggéré son importance pour l'expression des gènes, et notamment le comportement de la structure de la chromatine sous l’influence de la  méthylation des acides nucléiques. En effet, ce mécanisme épigénétique prévalent favorise la condensation de la chromatine (méthylation de l'ADN 5mC) et permet le verrouillage des chromosomes supplémentaires (méthylation de l'ARN m6A) chez les mammifères. Néanmoins, même si l'ADN 5mC et l'ARN m6A sont présents chez C. gigas et même si les huîtres triploïdes sont robustes et peuvent être fertiles, l'influence des facteurs environnementaux sur la méthylation des acides nucléiques et la structure de la chromatine chez l'huître reste totalement inconnue à ce jour.

Dans ce contexte, le projet SCHEMAh  s’attache à répondre aux questions suivantes :

"Comment la modification de l'expression génétique de C. gigas permet-elle  une réponse physiologique appropriée aux changements environnementaux ?

"Comment" l'environnement contrôle la structure du matériel génétique via la méthylation de l'acide nucléique dans le modèle <huître» et ainsi l'expression des gènes permettant son adaptation ?

"Comment" la méthylation de l'ADN (5mC) et la structure de la chromatine sont-elles liées ?

"Comment" l'existence d'ARN non codants m6A-méthylés (m6A-carRNAs) chez les huîtres triploïdes pourraient participer à compenser leur dosage chromosomique aberrant ?

Mon post-doctorat s’inscrit dans le développement et l’exploitation d’approches moléculaires innovantes dans le cadre du projet SCHEMAh: (Chromatin Accessibility Assay, ATAC-seq, Nanopore sequencing) Je vais notamment réaliser des analyses bioinformatiques des données générées par les méthodologies de séquençage à haut débit entreprises dans le cadre du projet (RNA-seq, Methyl-seq, m6A-RNA-seq, ATAC-seq).

Les connaissances fondamentales pionnières apportées par ce projet constituent un atout fort pour comprendre l'adaptation de l'huître C. gigas, un modèle d'intérêt scientifique majeur et une composante clé de l'écosystème côtier normand, et plus généralement des espèces, face au changement global.

L'ensemble du poste de Post-Doc est couvert et soutenu par le Conseil Régional de Normandie (RIN Recherche Emergent 'SCHEMAh' - convention 00110890-21 E 05080 du 01/11/2021 au 30/04/2024).