Sophie BARY

- Postdoctorante, équipe RECAP, depuis le 1^e janvier 2019, sous la responsabilité de PJ Lopez.

Titre du projet scientifique : Vers un concept d’écologie portuaire : analyse sémantique de corpus bibliographiques selon le concept des phylomémies

Le fil conducteur de mes recherches depuis ma thèse est l’analyse épistémologique des sciences, c’est-à-dire l’analyse de la dynamique des connaissances scientifiques par une approche qui cherche à identifier les questionnements scientifiques et à interroger la manière dont les connaissances se construisent. Il s’agit de prendre en compte les influences des contextes scientifique, technique et sociétal sur la production des connaissances. La recherche d’outils méthodologiques pertinents pour y parvenir est central. Ainsi, durant ma thèse, nous avons développé des approches innovantes d’exploration et d’interprétation des réseaux multipartites.

Mon projet actuel de recherche est co-encadré par Pascal-Jean Lopez (biologiste, directeur de l’OHM Port-Caraïbe) et Eric Foulquier (géographe, directeur adjoint de l’OHM Port-Caraïbe) et soutenu par le Labex Dispositif de Recherche Interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux (DRIIHM). Je cherche à appréhender la dynamique des connaissances scientifiques autour de la notion d’écologie portuaire, c’est-à-dire en prenant en compte l’ensemble des travaux en sciences humaines et sociales et scientifiques qui traitent des notions d’environnement et de port. En effet, les ports sont des espaces à forte pression anthropique et des acteurs au cœur des échanges commerciaux et de la mobilité des personnes. Outre l’évolution des connaissances sur l’écologie des écosystèmes littoraux (ou anthropisés), nous faisons l’hypothèse que les contraintes économiques, l’évolution du trafic maritime à l’échelle mondial, mais aussi celle des cadres juridiques locaux sont des éléments qui influencent directement la dynamique des connaissances scientifiques.

Mon premier objectif consiste à définir et à caractériser la notion d’écologie portuaire en identifiant les thématiques scientifiques qui l’abordent tout en comparant les différences aux échelles locales et régionales. Dans un deuxième temps, en plus d’utiliser des méthodes d’analyse sémantique, je cherche à mettre en place une approche multipartite à partir des données et métadonnées issues des références bibliographiques abordant cette notion.

- Doctorante du 1^e octobre 2013 au 30 septembre 2017, dans l'équipe 3, sous la responsabilité de Bruce Shillito. 

Ecole doctorale : ED FDV (Frontières du vivant) - Financement : Labex BCDiv CNRS

Titre du projet scientifique :  Programme Tropical Deep-Sea Benthos : une approche scientifique et historique

Directrices de thèse : Sarah Samadi (UMR 7205), Anouk Barberousse (Paris 4)

Résumé : L'exploration de la diversité des êtres vivants dans les profondeurs marines est une histoire récente. C'est seulement à partir du XIXe siècle, sur un terrain vierge de toute connaissance, aussi bien géologique que biologique, que les scientifiques y révèlent progressivement la présence d'organismes, le plus souvent à l'occasion d'expédition à but économique. Par exemple, la pose de câbles télégraphiques a permis de découvrir fortuitement des organismes inattendus, ce qui a initié l'intérêt des naturalistes pour les grands fonds. Aujourd'hui, la connaissance de la diversité du vivant dans les profondeurs reste partielle. Les biologistes y font souvent face à la nouveauté et à l'imprévu, ce qui suscite un régime original de production des connaissances scientifiques reposant sur la description, elle-même fondée sur des hypothèses rarement explicitées, mal fondées sur un état de connaissance incomplet. D'autre part, ce sont souvent des intérêts économiques (tournés vers l'exploitation minière ou halieutique) qui orientent les explorations de la diversité des grands fonds vers certaines zones. Le présent travail doctoral développe une approche à la fois scientifique, historique et épistémologique liée des explorations marines et des données de biodiversité des profondeurs qui en résultent. Il s'agit de caractériser la transformation des représentations scientifiques du vivant et de sa diversité dans les profondeurs et d'identifier les facteurs et les éventuels biais méthodologiques qui déterminent l'acquisition et la structure de ces connaissances. Ce travail s'appuie sur un vaste corpus de documents rattachés au programme de campagnes océanographiques, initié en 1976 et mené conjointement par le MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle) et l'IRD (Institut de Recherche pour le Développement), appelé « Tropical Deep-Sea Benthos » (TDSB), anciennement « MUSORSTOM ». Ce programme informel d'exploration naturaliste cible depuis quarante ans la zone aphotique intertropicale principalement dans l'Indo-Ouest Pacifique. Une grande partie du travail a consisté en la structuration et la mise à disposition des données et des connaissances acquises pendant ce programme dans les bases de données du MNHN. Il a notamment permis de construire et d'alimenter la base de données des expéditions du MNHN (expeditions.mnhn.fr) dont le but est de fournir non seulement un référentiel géographique auquel les autres bases de données du MNHN peuvent se référer, mais aussi de documenter les métadonnées associées aux expéditions (rôle et spécialité des scientifiques participant aux campagnes, comptes-rendus de mission, photographies des spécimens et des récoltes). Parallèlement, un référentiel bibliographique a été conçu, qui permet de relier des publications aux différentes campagnes. Cette structuration des données au sens large permet de formuler des hypothèses sur la façon dont se construisent les représentations de la biodiversité et les explications qui s'y rapportent. L'analyse de ce corpus de publications a été menée en deux temps. Un premier moment descriptif a permis de dégager des tendances historiques et géographiques ainsi que des hypothèses sur les facteurs qui structurent le jeu de données obtenu. Une seconde approche a visé à étayer ces hypothèses en analysant finement le contenu des publications. Une grande partie de ces publications étant des travaux de taxonomie descriptive, cette analyse met en avant des constantes et des évolutions dans les pratiques de ce champ disciplinaire. En plus de l'analyse des documents associés au programme, un travail de contextualisation mené à partir de quinze entretiens de chercheurs permet de situer le programme TDSB dans l'histoire plus générale de l'exploration des grands fonds.

Mots-clés : Océanographie, Programme naturaliste, Fonds marins, Epistémologie des sciences, Base de données