Bienvenue aux nouveaux entrants

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

 

• Vincent Haÿ, doctorant, a rejoint l'équipe BIOPAC en octobre 2019 au MNHN/Paris, sous la responsabilité de Philippe Keith (Clara Lord co-encadrante).

Titre du projet scientifique : « Biodiversité, dispersion et histoire évolutive des Syngnathidae (Teleostei) insulaire de la région Indo-Pacifique ».

« La famille des Syngnathidea (Hippocampes, Syngnathes) est représentée par plus de 300 espèces reparties dans une cinquantaine de genre. La grande majorité est distribuée dans les eaux côtières marines, tant tropicales que tempérées. Cependant une trentaine d’entre elles, actuellement repartie dans 7 genres, sont dulçaquicoles et peuplent les rivières des îles tropicales. Ces espèces d’eau douce ont connu une histoire taxonomique et nomenclaturale complexe depuis leur description, l’appartenance des espèces aux différents genres et leur validité ayant changé de nombreuses fois au cours du temps. Leur taxonomie, basée uniquement sur des caractères morphologiques, est donc actuellement imprécise et freine toute recherche sur ces organismes.

Le but de mes recherches est donc de proposer une révision taxonomique de ce groupe selon une approche de taxonomie intégrative (utilisation de caractères morphologiques, génétiques, écologiques, phylogéographiques…). Une partie de ma thèse vise également à étudier le cycle de vie de ces espèces, puisqu’il n’existe aucune information à ce sujet. Cette étude se fera grâce à la microanalyse chimique des otolithes.

Ce travail permettra ainsi de fournir les outils aux gestionnaires pour mettre en place une meilleure conservation de ces espèces et de leurs milieux ».

Contact : vincent.hay1@etu.upmc.fr

 

• Mélanie Gerphagnon, ATER, a rejoint l'équipe SOMAQUA le 1^e novembre 2019 au MNHN/Paris, sous la responsabilité de Dominique Lamy.

Titre du projet scientifique : « Communauté fongique associée à la décomposition de matière organique en milieu aquatique ».

« Les Fungi (ou champignons) sont sans doute le plus énigmatique des règnes vivants, et sans nul doute le plus largement méconnu en milieu aquatique. Une meilleure connaissance de la communauté fongique est donc nécessaire afin d’identifier l’ensemble des voies de transfert et de dégradation de la matière organique en milieux aquatiques. Cela permettra également d’évaluer l’importance écologique des champignons dans la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Mon projet actuel a pour objectif d’identifier l’effet de la qualité de la matière organique sur les diversités spécifique et fonctionnelle des Fungi ».

Contact : melanie.gerphagnon@umpc.fr

 

• Valentin Le Ny, ingénieur d'études contractuel, a intégré l'équipe RECAP en novembre 2019 à l'Université de Caen, sous la responsabilité de Anne-Marie Rusig.

Titre du projet scientifique : « Projet TAONIA : CulTure de macroAlgues en NOrmaNdie : source de protéInes mArines - Etude expérimentale sur la mise en place de protocoles de culture de macroalgues d’intérêt : Saccharina latissima, Gracilaria gracilis et Palmaria palmata ».

« Le Projet TAONIA est un programme de recherche appliquée s’inscrivant dans le plan régional pour le développement des protéines végétales destinées à l’alimentation humaine. Face à la forte diversification des modes de consommation alimentaire et des cultures, les algues pourraient constituer des sources de protéines potentiellement intéressantes. C’est pourquoi, le développement de la culture de macroalgues sur le littoral normand peut présenter de nouveaux atouts et favoriser l’émergence de nouvelles productions aquacoles. Ainsi, deux objectifs seront menés dans ce projet :

• La faisabilité technique de la production d’algues offshore avec la culture de l’algue brune alimentaire Saccharina latissima.
• La mise au point de procédés de culture pour les deux algues rouges locales riches en protéines Palmaria palmata et Gracilaria gracilis.

En tant qu’ingénieur d’études, j’interviens sur l’ensemble du projet de manière à rechercher,  expérimenter et concevoir des procédés de culture viables et innovants, ainsi qu’à coordonner le transfert technologique de la maîtrise du cycle complet de S. latissima à un professionnel de la région ».

Contact : valentin.leny@unicaen.fr

 

• Elise Evrard est technicienne contractuelle dans RECAP, depuis le 1^e décembre 2019, à l'Université de Caen, sous la responsabilité de Anne-Marie Rusig.

Titre du projet scientifique : « Culture d'algues - Projet TAONIA ».

Contact : elise50310@gmail.com

 

• Patrick Mathews Delgado, chercheur contractuel, a intégré l'équipe BIOPAC en décembre 2019 au MNHN/Paris, sous la responsabilité de Fabienne Audebert.

Titre du projet scientifique : « Studies of the different interactions in the biology, morphology, larval morphogenesis, phylogeny, and coevolution of Sacculina carcini and their crustacean hosts ».

« Research topics:

• Biodiversity of parasites of aquatic organisms, particularly on fish parasites: Morphological, ultrastructural and molecular phylogenetics analysis.
• Host-parasite interaction: Histological, hematological and ultrastructural analysis.
• Production and development of micro and nano particles for application as drug delivery materials for the treatment of fish parasites using various techniques Isothermal titration calorimetry, small angle X-ray scattering, dynamic light scattering, scanning and transmission electron microscopy and confocal microscopy, histology, hematology, histochemical and immunofluorescence ».

Contact : patrickmathews83@gmail.com

 

• Alexandre Levallois, est doctorant, au sein de l'équipe RECAP, à l'Université de Caen, depuis le 1^e décembre 2019, sous la responsabilité d'Antoine Serpentini.

Titre du projet scientifique : « Projet ANODE. Evaluation des effets potentiels des anodes galvaniques en aluminium en milieu marin : répartition et transfert dans les différents compartiments (eau et biote) et évaluation des effets biologiques ».

« Les écosystèmes côtiers sont des espaces soumis à une pression importante du fait de leur anthropisation et sont devenus particulièrement vulnérables. Bien que la contamination du milieu marin aux contaminants soit relativement faible en comparaison à d’autres écosystèmes ; elle est cependant constante et les espèces y sont exposées de façon chronique. Dans ce contexte d’anthropisation des écosystèmes, la mise en place de projets offshores, l’accroissement de l’urbanisation côtière, les aménagements du littoral et l’exploitation des ressources naturelles correspondent à des pressions de plus en plus prégnantes sur les milieux littoraux. Parmi les anthropo-constructions affectant la biodiversité, le fonctionnement et la résilience des écosystèmes côtiers, les constructions offshores (e.g. les parcs éoliens) suscitent un intérêt particulier.

Le projet de thèse s’inscrit dans le cadre des projets d’aménagement côtier qui se développe notamment concernant les énergies marines renouvelables. Ce projet portera plus précisément sur l’impact du système de protection contre la corrosion utilisant des anodes (système GAPC) qui sera mis en place pour protéger les structures métalliques immergées en mer. Parmi ces anodes, les anodes à base d’alliage d’aluminium (93,2% minimum en Al) sont largement utilisées pour protéger les structures exposées à l’eau de mer. Le système GACP avec anodes en aluminium a notamment été retenu pour être appliqué sur les pieux des éoliennes offshores qui seront implantées au large de Courseulles-sur-Mer (75) et sur une grande partie[CC1]  des 6500 éoliennes qui vont être installées en mer du Nord d’ici 2020. L’oxydation de l’anode entraîne une diffusion dans le milieu des éléments métalliques constitutifs (Al, Zn, Cu, Cd, Mn, In) de l’alliage métallique. L’objectif de ces travaux est d’étudier les effets de la dissolution des anodes galvaniques en aluminium sur l’environnement marin (eau, sédiment et organismes marins de différents niveaux trophiques). Les travaux sont basés sur le suivi de la dégradation des anodes en conditions contrôlées dans les compartiments (sédiment et biote). Des tests d’exposition seront menés sur des producteurs et consommateurs primaires afin d’estimer la bioaccumulation et la toxicité potentielle des eaux contaminées.

L’évaluation des effets chez les producteurs primaires (microalgues et macroalgues) sera étudiée en suivant la croissance et l’activité photosynthétique, en réponse à différentes concentrations de contaminants, permettant ainsi de déterminer un seuil de toxicité. Concernant les mollusques (l’huitre Crassostrea gigas et l’ormeau Haliotis tuberculata), l’évaluation des effets sera centrée sur les mécanismes moléculaires et cellulaires associées à la défense des organismes (immunotoxicité) ainsi que sur les perturbations de fonctions physiologiques clés telles que la reproduction, le développement embryo-larvaire et la métamorphose. De plus, l’aspect générationnel sera abordé par l’exposition de géniteurs C. gigas et l’étude des effets sur la descendance.

L’objectif final est d’estimer un indice de risque lié aux métaux libérés pas les anodes galvaniques, notamment l’aluminium dans les compartiments biologiques. Ainsi, ce projet de thèse aborde une problématique importante concernant l’étude des contaminants métalliques dans le milieu marin et les effets potentiels sur les organismes qui y vivent, dans un contexte d’exploitation accrue du littoral normand face à de nouveaux enjeux ».

Contact : alexandre.levallois@unicaen.fr

 

• Stéphanie Lemesle est chercheure contractuelle, sur un contrat de 26 mois depuis le 15 décembre 2019, à l'Université de Caen, dans l'équipe RECAP, sous la responsabilité d'Anne-Marie Rusig.

Titre du projet scientifique : « RANTRANS Rapid reduction of Nutrients in Transitional waters ».

« Le projet RANTRANS s'inscrit dans une volonté d'améliorer la qualité des eaux et de proposer des moyens d'actions durables pour lutter contre les problèmes liés à l'euthrophisation générale des milieux côtiers. La prolifération de certaines espèces dites opportunistes, telles que les algues vertes dans les milieux eutrophes, peut présenter des problèmes écologiques, économiques ou même de santé humaine non négligeables. Au sein de l'espace transmanche et sur deux sites par pays (en France et en Angleterre), une nouvelle technique de ramassage des échouages d'algues sera testée au cours du projet RANTRANS. Ces algues extraites du milieu serviront d'aliment de base pour la culture des vers polychètes devenant ainsi une nouvelle ressource alimentaire dans l'aquaculture. Des méthodes de réduction des concentrations en nutriments des eaux côtières à travers le développement de culture d'algue et l'exploitation ostréicole de l'huître européenne seront également mises en oeuvre. Le projet RANTRANS permettra de générer non seulement des bénéfices sociétaux et économiques à travers la création d'emplois en développant le potentiel commercial des algues, des huîtres et des aliments de l'aquaculture au niveau régional et permettra notamment d'améliorer la qualité écologique des masses d'eaux côtières et de transitions ».

Contact : stephanie.lemesle@unicaen.fr

 

• Andrea Filippo, chargée d'études scientifiques contractuelle, a rejoint l'équipe BIOPAC le 02 janvier 2020 pour un contrat de 11 mois, au MNHN/Paris, sous la responsabilité de Patrice Pruvost.

Titre du projet scientifique : «  Etude des ressources biologiques et du milieu en considérant les impacts et les intéractions des pêcheries ».

« Ma principale mission est de participer à la gestion des données et des échantillons biologiques récoltés en mer par le programme d’observation des pêches et des campagnes halieutiques (POEPA) et les campagnes scientifiques de l’équipe. Plus précisément, mes principales tâches consistent à :

• Participer à la gestion des colis de matériel et spécimens en provenance des navires de pêche et au contrôle de la qualité des données collectées dans le cadre du programme POEPA ;
• Participer à la gestion courante des collections de référence (conservation, rangement, mise à disposition des spécimens pour les taxonomistes etc…) et à la mise en collection  des nouveaux spécimens d’organismes (macro-invertébrés et poissons) collectés lors du programme POEPA (tri, identification préliminaire, conditionnement, informatisation, étiquetage etc…) ;
• Participer à la saisie, au chargement et à la gestion des données dans les bases du MNHN ;
• Participer à l’organisation logistique de futures campagnes de collecte de données en mer (achat de matériel, suivis des commandes, etc…) et à la gestion du matériel ».

Contact : andrea.filippo1@mnhn.fr

 

• Céline Bonillo, Ingénieure d'étude, a rejoint l'équipe BIOPAC le 02 janvier 2020 au MNHN/Paris, sous la responsabilité de Philippe Keith et Fabienne Audebert.

« Pour cette nouvelle affectation, j’assurerais l'encadrement scientifique et technique pour tous les projets d’analyses ADN/ARN en lien avec des questionnements sur la biodiversité (Microsatellites, Radseq, ADN mitochondrial, Génome nucléaire, RNAseq utilisés dans problématiques de phylogénie, génétique de population, génomique comparative, métagénomique...) que ce soit par génotypage/séquençage Sanger ou les nouvelles technologies de séquençage à haut débit. Je poursuivrai également les projets déjà engagés avec les chercheurs d’une autre unité.

J’encadrerais une technicienne nouvellement recrutée sur le DNA barcoding et aurais en charge la partie biologie moléculaire du projet POEPA coordonné par un ingénieur de recherche.

J’aurais en charge la prospection afin de trouver les meilleurs prestataires pour les recherches futures de l’équipe BIOPAC et les besoins en biologie moléculaire des différents chercheurs et enseignants-chercheurs et coordonner les différents projets ainsi qu’encadrer le personnel technique et les différents utilisateurs (Etudiants, doctorants et postdocs) ».

Contact : celine.bonillo@mnhn.fr 

 

• Victor Simon est technicien contractuel, sur un contrat de 17 mois depuis le 06 janvier 2020, à l'Université de Caen, dans l'équipe RECAP, sous la responsabilité de Katherine Costil, Isabelle Mussio et Anne-Marie Rusig.

Titre du projet scientifique : « Dans le contexte du développement des énergies marines renouvelables, nous étudions les interactions biologiques entre producteurs primaires (macroalgues et phytoplancton) et consommateurs primaires (e.g. huître creuse) au sein des écosystèmes conchylicoles ».

Technicien au sein de l'équipe RECAP, je contribue à l'avancement de deux axes de recherche dans le cadre du projet RIN ECUME Etude intégrée à multi-échelle d'écosystèmes côtiers. Le premier axe scientifique vise à évaluer les interactions allélopathiques entre les producteurs primaires et, plus particulièrement, la manière dont les macroalgues influent sur l'abondance et la physiologie du phytoplancton, principale ressource trophique des bivalves. Le second axe a pour but d'étudier et de comparer les performances physiologiques de deux lots d’huîtres (Crassostrea gigas) placés dans deux environnements contrastés : une zone conchylicole côtière et une zone off-shore. Personnellement, je suis impliqué dans :

• les échantillonnages de terrain (prélèvements de matériel biologique, acquisition de données environnementales, …)
• la mise en place et l’entretien des cultures de phytoplancton, macoralgues et huîtres en laboratoire
• le développement de protocoles et de dispositifs expérimentaux
• la réalisation d’expérimentations en écophysiologie et écotoxicologie
• la pré-analyse et le traitement de données ».

Contact : victor.simon@unicaen.fr