GENEPI, Séquençage Novaseq du génome de la Seiche : complément au séquençage pilote MinION

La seiche Sepia officinalis (Mollusca, Cephalopoda) est une espèce d’intérêt écologique et économique dont les capacités cognitives et le comportement sont bien assez décrits. Toutefois, les processus évolutifs (et leur contrôle génétique) à l’origine de ces spécificités doivent encore être déterminés. Peu de génomes de Céphalopodes sont actuellement disponibles alors même qu’ils présentent des particularités en terme de longueur, de séquences répétées, de diversité de certaines familles de gènes qui permettraient d’accroitre les connaissances sur l’évolution génomique au sein des Mollusques et des Métazoaires en général. Les génomes d’espèces appartenant à deux groupes de Coleoides, les Octopodes et les Sepiolides ont été obtenus récemment. Aucun génome de seiche, appartenant au troisième groupe le plus important de Coléoides (Sepiides) n’est encore séquencé. Le génome de Sepia officinalis est l’un des plus gros génomes de céphalopode (estimé à environ 4.5 Gb). L’assemblage fiable des grands génomes est rendu possible grâce aux technologies de séquençage permettant l’obtention de longs fragments comme la technologie MinION nouvellement exploitée au MNHN. Les essais pilotes réalisés nous ont d’ores et déjà permis d’obtenir des sets de données utilisables. Cependant, le degré d’erreur du séquençage MinION est connu pour être assez élevé, et estimé à environ 15%. Ce projet a pour but d’obtenir un séquençage complémentaire en Illumina en NovaSeq. L’analyse hybride des données long reads et illumina nécessite l’utilisation de plusieurs méthodes, la grande quantité de données ne facilitant pas le traitement. Elle est prise en charge par les participant.e.s du projet, dont la Cellule de Soutien Bioinformatique CSB du département, avec des collaborations internationales en appui dans un second temps.

Durée : 2020/2021

Financeur :  MNHN/Département AViv

Coordinatrice du projet :  Laure BONNAUD-PONTICELLI, Professeure MNHN/BOREA, laure.bonnaud@mnhn.fr