Offre poste CDD | Ingénieur informatique - calcul scientifique (F/H), UMR BOREA, MNHN, Paris

Ingénieur informatique - calcul scientifique (F/H)

Contexte et définition du poste

Le laboratoire BOREA recherche un(e) ingénieur(e) contractuel(le) pour de l’analyse de données issues du programme d’observation écosystémique des pêcheries australes.

Préambule

Le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) est mandaté par l’état français pour fournir des recommandations scientifiques relatives aux règles d’exploitation des pêcheries françaises dans les trois zones économiques exclusives des Terres Australes et Antarctiques Françaises (Crozet, Kerguelen et Saint-Paul et Amsterdam) et dans les eaux internationales du sud de l’océan indien (CCAMLR, APSOI). Ces règles d’exploitation (limites de captures, réduction des prises accidentelles, etc…) ont pour objet d'assurer la conservation à long terme et l'exploitation durable des ressources halieutiques dans le souci de préserver les écosystèmes marins dans lesquels ces ressources évoluent.

Cette mission d’expertise scientifique du MNHN est assurée par une dizaine de chercheurs, ingénieurs, doctorants, post-doctorants dans l’équipe de recherche (« Biodiversité, plasticité, adaptation et conservation », BIOPAC) du laboratoire BOREA (UMR 8067). Les recommandations scientifiques se basent sur des travaux de recherche menés par cette équipe mais aussi en collaboration avec d’autres organismes de recherche français (CEBC-CNRS) ou étrangers (Australian Antarctic Division).

Contexte

L’équipe souhaite renforcer ses capacités en analyse statistique et en modélisation pour soutenir les travaux de recherche en lien avec son activité d’expertise sur les pêcheries australes.

Les standards d’analyse de données évoluent avec l’amélioration de la résolution des données et l’accroissement des jeux de données collectés. De plus, les pêcheries australes opèrent dans la réserve nationale naturelle des Terres Australes Françaises, qui a été inscrite au Patrimoine mondial de l’Humanité en 2019 et bénéficient du label « MSC » (Marine Stewardship Council) en reconnaissance de leurs pratiques de pêche durables. Ce contexte n’a fait que renforcer le niveau d’exigence imposé aux pêcheries australes en termes de préservation de la biodiversité et des fonctionnalités des écosystèmes marins. Il est donc essentiel d’accentuer les recherches menées sur ces écosystèmes en renforçant les capacités en analyse de données sur des sujets tels que l’évaluation de stocks, la biogéographie ou l’atténuation des pressions environnementales liées aux activités de pêche (sélectivité, dispositif de mitigation).

Le ou la candidat.e retenu.e pourra s’appuyer sur un système d’information performant regroupant plusieurs bases de données : PECHEKER pour les données issues de l’observatoire des pêches, BasExp pour les données issues des expéditions scientifiques. Ces bases de données sont uniques à la fois de par leur contenu (>20 ans de données d’effort de pêche, de captures, de fréquence de taille, de marquage conventionnel ainsi que de nombreuses données de lectures d’âge par otolithométrie) que de par leur qualité (100% d’observateurs sur les bateaux de pêche, données validées et formatées au sein de l’équipe). Ces bases de données sont interrogeables via R, SQL ou d’autres logiciels et permettent ainsi de mettre en place des routines de traitement de données automatisées.

L’environnement de travail au MNHN offre l’opportunité d’interagir avec des scientifiques océanographes, ichtyologues ou benthologues ayant une connaissance approfondie du fonctionnement des écosystèmes de l’Océan Austral.

Missions principales

Nous cherchons un.e ingénieur.e statisticien.ne dans le domaine de l’écologie marine qui pourra prendre en main rapidement les modèles et routines de traitement de données existants mais aussi proposer de nouvelles méthodes et de nouvelles analyses, notamment dans le suivi des populations exploitées et de l’impact de la pêche.

Les missions principales seront :

• Soutien aux études relatives aux évaluations de stocks de ressources exploitées (légines, langoustes, autres poissons, …).
• Participation à l’élaboration des plans d’échantillonnage pour les campagnes scientifiques/halieutiques.
• Soutien aux études sur les écosystèmes marins vulnérables.
• Contribution aux études visant à limiter l’impact écosystémique des pêches (prises accessoires, sélectivités).

Activités principales

• Traiter les données à l'aide d’outils statistiques et de modélisation adaptés.
• Développer des routines d’analyse et de rapportage de données automatiques (R-markdown).
• Participer à la conception des plans d’échantillonnage des campagnes scientifiques/halieutiques (analyse de sensibilité, test de puissance statistique, etc…)
• Apporter à l’équipe des conseils sur les méthodes statistiques à employer et les outils pertinents disponibles.
• Effectuer des présentations et des formations pour assurer un transfert de compétences.
• Assurer une veille scientifique et technologique.

Profil recherché

Qualifications requises

• Méthodes informatiques de traitement de données.
• Statistique et modélisation : analyses multivariées, modèles linéaires et non linéaires, modèles mixtes, modèles de dynamique de populations, modèles spatiaux (SDM, VAST, INLA).
• Language de programmation (R, Python, Matlab, C++…), création de packages sur R.
• Outils avancés de reporting (Rmarkdown, Rshiny, LaTeX, …)
• Coordination et suivi de projet.
• Organisation, initiative et autonomie.
• Intérêt pour les environnements marins naturels (connaissance appréciée).
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).
• Communiquer et faire preuve de pédagogie.

Conditions administratives requises

Ingénieur(e) ou Master de niveau Bac + 5, avec une expérience en analyse et traitement de données et information.

Information(s) complémentaire(s)

Poste à temps plein (35h35), 44 jours de congés annuels.

CDD de droit public d'une durée de 20 mois, sur un poste de catégorie A

Date limite de candidature : 16 mars 2022