Stage Master 2 | Biofilms de lavoirs : enregistreurs de la biodiversité des zones humides (BioLav), Laboratoire BOREA, MNHN, Station marine de Concarneau
Offres d'emploi / Thèse 29 oct 2024
Stage Master 2 | Biofilms de lavoirs : enregistreurs de la biodiversité des zones humides (BioLav), Laboratoire BOREA, MNHN, Station marine de Concarneau
Stage de Master 2
Biofilms de lavoirs : enregistreurs de la biodiversité des zones humides (BioLav)
Biofilms de lavoirs : enregistreurs de la biodiversité des zones humides (BioLav)
Laboratoire BOREA, Muséum national d’Histoire naturelle, Station marine de Concarneau
Mots clés : Biofilm, Lavoirs, Fonatines, métabarcoding, ADNe
Contexte scientifique
Le projet BioLav innove dans l'étude des biofilms, en s'appuyant sur deux principes clés : l'omniprésence des biofilms dans la nature et leur capacité à capter et préserver l’ADN environnemental (ADNe), faisant consensus dans la communauté scientifique. Un biofilm est une communauté de microorganismes qui se développe sur une surface solide immergée, formant une matrice qui protège l’ADNe de la dégradation, lui conférant un rôle unique dans l'enregistrement de la biodiversité (Rivera et al. 2022). L'ADNe et le métabarcoding ont révolutionné les études sur la biodiversité, notamment pour les amphibiens et invertébrés aquatiques. Cette approche est particulièrement utile pour détecter des espèces exotiques envahissantes et rares. Toutefois, le suivi à grande échelle est crucial pour la conservation. En France, plusieurs espèces de reptiles et d'amphibiens sont menacées, notamment en raison de la fragmentation des habitats et de l'assèchement des zones humides, mettant en péril des espèces comme la Grenouille des champs et le Pélobate brun, classées "En danger". Les lavoirs et fontaines occupent un rôle essentiel dans ce contexte, en raison de leur présence importante à la fois sur le territoire métropolitain, ainsi que dans la transmission des héritages culturels. Ces lieux publics regorgent en effet de légendes, de vœux à la fontaine ou des faits divers qui nourrissent l'imaginaire collectif et influencent le rapport que les humains entretiennent avec leur territoire. Le projet BioLav propose ainsi une hybridation fertile, en articulant les préoccupations relatives au déclin de la biodiversité avec la dimension patrimoniale des lavoirs et fontaines, ce qui aura pour conséquence de restaurer les liens entre les populations humaines et leurs cours d'eau, ainsi que leur biodiversité associée.
Objectif général et questions de recherche du projet
En mobilisant le grand public pour collecter des échantillons de biofilms dans des lavoirs et fontaines, cela permettra de mener une analyse à très large échelle spatiale (plus de 20 000 lavoirs répertorié et géolocalisés à l’échelle nationale et Européenne) de la distribution d’espèces d’intérêt des zones humides Françaises. L’échantillonnage de biofilms aquatiques est relativement simple. Il existe de nombreuses ressources sur internet ainsi que des protocoles détaillés et des vidéo (Rimet et al. 2024). Cependant, dans une logique de science participative et de transfert vers le grand public, il convient premièrement d’effectuer des tests visant à mettre en place une méthode simple, peu coûteuse et guidée, de prélèvement des biofilms, limitant l’usage de produits chimiques mais permettant in fine le séquençage de leur ADNe. L'objectif du stage de M2 sera donc de mettre au point une telle méthode.
Références
Rivera et al. 2022, https://doi.org/10.1111/1755-0998.13568.
Rimet et al. 2024, https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.e6nvw9mjdgmk/v2
Missions à la charge de l’étudiant.e
- Recherche et analyse des protocoles actuels de prélèvement de biofilms (Rimet et al., 2024), et adaptation de ces derniers pour une utilisation grand public.
- Développement et test de méthodes de prélèvement simples, en limitant l’usage de réactifs chimiques tout en garantissant la qualité de l’ADNe extrait pour le séquençage.
- Élaboration de guides pratiques (textes, vidéos, illustrations) pour le prélèvement de biofilms par des participants non scientifiques.
- Participation aux expérimentations de terrain pour valider la méthode dans différents types de lavoirs et fontaines.
Profil Recherché
- Étudiant(e) en Master 2 (M2) dans les domaines de l’écologie, de la biologie de la conservation, de la science participative, ou disciplines connexes.
- Compétences en techniques de prélèvement de biofilms et/ou d’ADN environnemental.
- Aptitude à travailler en équipe et en collaboration avec des publics variés, notamment dans le cadre de la science participative.
- Bonne capacité rédactionnelle
- Bonne maîtrise des outils statistiques multivariées.
- Attrait pour les manipulations en laboratoire
- Intérêt pour la biologie cellulaire.
Date de début du stage : janvier 2025
Lieu du stage : Laboratoire BOREA, Station Marine de Concarneau, Muséum National d’Histoire Naturelle, Concarneau 29900.
Encadrement assuré par :
Objectif général et questions de recherche du projet
En mobilisant le grand public pour collecter des échantillons de biofilms dans des lavoirs et fontaines, cela permettra de mener une analyse à très large échelle spatiale (plus de 20 000 lavoirs répertorié et géolocalisés à l’échelle nationale et Européenne) de la distribution d’espèces d’intérêt des zones humides Françaises. L’échantillonnage de biofilms aquatiques est relativement simple. Il existe de nombreuses ressources sur internet ainsi que des protocoles détaillés et des vidéo (Rimet et al. 2024). Cependant, dans une logique de science participative et de transfert vers le grand public, il convient premièrement d’effectuer des tests visant à mettre en place une méthode simple, peu coûteuse et guidée, de prélèvement des biofilms, limitant l’usage de produits chimiques mais permettant in fine le séquençage de leur ADNe. L'objectif du stage de M2 sera donc de mettre au point une telle méthode.
Références
Rivera et al. 2022, https://doi.org/10.1111/1755-0998.13568.
Rimet et al. 2024, https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.e6nvw9mjdgmk/v2
Missions à la charge de l’étudiant.e
- Recherche et analyse des protocoles actuels de prélèvement de biofilms (Rimet et al., 2024), et adaptation de ces derniers pour une utilisation grand public.
- Développement et test de méthodes de prélèvement simples, en limitant l’usage de réactifs chimiques tout en garantissant la qualité de l’ADNe extrait pour le séquençage.
- Élaboration de guides pratiques (textes, vidéos, illustrations) pour le prélèvement de biofilms par des participants non scientifiques.
- Participation aux expérimentations de terrain pour valider la méthode dans différents types de lavoirs et fontaines.
Profil Recherché
- Étudiant(e) en Master 2 (M2) dans les domaines de l’écologie, de la biologie de la conservation, de la science participative, ou disciplines connexes.
- Compétences en techniques de prélèvement de biofilms et/ou d’ADN environnemental.
- Aptitude à travailler en équipe et en collaboration avec des publics variés, notamment dans le cadre de la science participative.
- Bonne capacité rédactionnelle
- Bonne maîtrise des outils statistiques multivariées.
- Attrait pour les manipulations en laboratoire
- Intérêt pour la biologie cellulaire.
Date de début du stage : janvier 2025
Lieu du stage : Laboratoire BOREA, Station Marine de Concarneau, Muséum National d’Histoire Naturelle, Concarneau 29900.
Encadrement assuré par :
- Cédric HUBAS (BOREA SU-MNHN, Station Marine de Concarneau MNHN)
- Tony ROBINET (BOREA SU-MNHN, Station Marine de Concarneau MNHN)
Contact : cedric.hubas@mnhn.fr
Date limite de candidature : 15 décembre 2024