Cédric HUBAS
Biofilms, tapis et agrégats microbiens : vers une vision unificatrice
(manuscrit HDR)
Mes recherches sont axées sur la compréhension du fonctionnement des communautées microbiennes. J'aborde cette question en articulant mes travaux autour des deux thématiques suivantes :
1/ Diversité et fonctionnement des biofilms et tapis microbiens : principalement dans les écosystèmes aquatiques (eau douce et marins). Je m’intéresse principalement aux écosystèmes côtiers avec une nette préférence pour la zone de balancement des marées. J'étudie la diversité des micro-organismes de ces biofilms ainsi que leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes.
2/ Les interactions dans les ecosystèmes microbiens : entre les microorganismes (communication, ...) ou entre un hôte et un microorganisme (symbioses, ...)
J'enseigne principalement l'écologie marine et les statistiques (univariées et multivariées) et je fais partie du comité de pilotage TICE du muséum (Technologie de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement). J’interviens en tant que coadministrateur de la plateforme d'enseignement à distance du muséum (http://plateforme-depf.mnhn.fr). Je suis responsable du module optionnel TC3-ini : initiation aux statistiques et aux probabilités (http://plateforme-depf.mnhn.fr/course/view.php?id=57).
Je suis chargé des collections méiofaune (http://www.mnhn.fr/fr/collections/ensembles-collections/invertebres-marins/meiofaune) et siponcles. La collection méiofaune rassemble près de 800 espèces différentes (et autant de types) sur lames, correspondant à plus de 3000 préparations microscopiques dont le recensement est informatisé sous JACIM. Cet ensemble comprend 8 embranchements différents (Annelida, Gastrotricha, Kinorhyncha, Loricifera, Nematoda, Platyhelminthes, Rotifera, Tardigrada) et s’accompagne d’une bibliothèque importante sur divers groupes vivant dans le milieu interstitiel.
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Mes publications
2020
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. 2020. « Effect Of Light Intensity And Light Quality On Diatom Behavioral And Physiological Photoprotection ». Frontiers In Marine Science 7: 203. doi:10.3389/fmars.2020.00203. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmars.2020.00203.
fmars-07-00203.pdf (3.58 Mo) -
. 2020. « An Untargeted Metabolomic Approach For Microphytobenthic Biofilms In Intertidal Mudflats ». Frontiers In Marine Science 7: 250. doi:10.3389/fmars.2020.00250. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmars.2020.00250. fmars-07-00250.pdf (2.41 Mo)
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. 2020. « Functional Kleptoplasts Intermediate Incorporation Of Carbon And Nitrogen In Cells Of The Sacoglossa Sea Slug Elysia Viridis ». Scientific Reports 10 (1). doi:10.1038/s41598-020-66909-7. http://www.nature.com/articles/s41598-020-66909-7. s41598-020-66909-7.pdf (8.23 Mo)
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. 2020. « Relationship Between Bacterial Compartment And Particulate Organic Matter (Pom) In Coastal Systems: An Assessment Using Fatty Acids And Stable Isotopes ». Estuarine, Coastal And Shelf Science 239: 106720. doi:10.1016/j.ecss.2020.106720. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0272771419301593.
2019
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. 2019. « Bacterial–Fungal Interactions In The Kelp Endomicrobiota Drive Autoinducer-2 Quorum Sensing ». Frontiers In Microbiology 10: 1693. doi:10.3389/fmicb.2019.01693. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2019.01693. fmicb-10-01693.pdf (3.74 Mo)
2018
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. 2018. « Diel Rhythm Does Not Shape The Vertical Distribution Of Bacterial And Archaeal 16S Rrna Transcript Diversity In Intertidal Sediments: A Mesocosm Study ». Microbial Ecology 75 (2): 364-374. doi:10.1007/s00248-017-1048-1. https://doi.org/10.1007/s00248-017-1048-1. Lavergne et al 2017-Microbial Eoclogy-ONLINE-VERSION-2017-08-04.pdf (1.42 Mo)
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. 2018. « Strengths, Weaknesses, And Opportunities Of French Research In Trophic Ecology ». Comptes Rendus Biologies: -. doi:https://doi.org/10.1016/j.crvi.2018.05.001. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069118300830. 1-s2.0-S1631069118300830-main-2.pdf (2.34 Mo)
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. 2018. « Biofilm Monitoring As A Tool To Assess The Efficiency Of Artificial Reefs As Substrates: Toward 3D Printed Reefs ». Ecological Engineering 120: 230 - 237. doi:https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2018.06.005. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925857418302167. 2018.Riera et al.pdf (597.83 Ko)
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. 2018. « Microphytobenthic Biofilms: Composition And Interactions ». Dans Mudflat Ecology, 63–90. Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-319-99194-8_4. https://doi.org/10.1007/978-3-319-99194-8_4.
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. 2018. « Mudflat Ecosystem Engineers And Services ». Dans Mudflat Ecology, 243–269. Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-319-99194-8_10. https://doi.org/10.1007/978-3-319-99194-8_10.
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. 2018. « Chemically-Mediated Interactions Between Macroalgae, Their Fungal Endophytes, And Protistan Pathogens ». Frontiers In Microbiology 9: 3161. doi:10.3389/fmicb.2018.03161. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2018.03161. fmicb-09-03161.pdf (2.4 Mo)
2017
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. 2017. « Physiological Adjustments And Transcriptome Reprogramming Are Involved In The Acclimation To Salinity Gradients In Diatoms ». Environmental Microbiology 19 (3): 909-925. doi:10.1111/1462-2920.13398. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.13398.
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. 2017. « The Impact Of Suspended Oyster Farming On Nitrogen Cycling And Nitrous Oxide Production In A Sub-Tropical Australian Estuary ». Estuarine, Coastal And Shelf Science 192: 117 - 127. doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2017.05.007. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0272771417301592. 1-s2.0-S0272771417301592-main.pdf (1.18 Mo)
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. 2017. « A Nanoscale Study Of Carbon And Nitrogen Fluxes In Mats Of Purple Sulfur Bacteria: Implications For Carbon Cycling At The Surface Of Coastal Sediments ». Frontiers In Microbiology 8: 1995. doi:10.3389/fmicb.2017.01995. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.01995/abstract.
2016
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. 2016. « Geographic Variation In Stable Isotopic And Fatty Acid Composition Of Anguilliform Leptocephali And Particulate Organic Matter In The South Pacific ». Marine Ecology And Progress Series 544: 225-241.
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. 2016. « The Fate Of C4 And C3 Macrophyte Carbon In Central Amazon Floodplain Waters: Insights From A Batch Experiment ». Limnologica - Ecology And Management Of Inland Waters 59: 90-98. doi:doi:10.1016/j.limno.2016.03.008. Mortilaro_et_al_2016_limnologica.pdf (1.93 Mo)
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. 2016. « Meiofauna Distribution In A Mangrove Forest Exposed To Shrimp Farm Effluents (New Caledonia) ». Marine Environmental Research 119: 100 - 113. doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.marenvres.2016.05.028. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141113616300976. patrona2016.pdf (1.45 Mo)
2015
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. 2015. « Relationships Between Biodiversity And The Stability Of Marine Ecosystems: Comparisons At A European Scale Using Meta-Analysis ». Journal Of Sea Research 98: 5-14. doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.08.004. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385110114001609. 1-s2.0-S1385110114001609-main.pdf (694.37 Ko)
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. 2015. « Spatio-Temporal Variations In The Composition Of Organic Matter In Surface Sediments Of A Mangrove Receiving Shrimp Farm Effluents (New Caledonia) ». Science Of The Total Environment 512–513: 296 - 307. doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2014.12.082. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969714017938. Aschenbroich et al. 2015.pdf (1.96 Mo)
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. 2015. « Seasonal Variations Of The Composition Of Microbial Biofilms In Sandy Tidal Flats: Focus Of Fatty Acids, Pigments And Exopolymers ». Estuarine, Coastal And Shelf Science 153: 29 - 37. doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2014.11.013. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0272771414003412. 1-s2.0-S0272771414003412-main.pdf (627.45 Ko)
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