Guillaume RIVIERE
Régulation épigénétique et épigénomique fonctionnelle du développement et de la reproduction.chez un invertébré marin : comprendre l'évolution des mécanismes épigénétiques.
Comment ont évolué la régulation épigénétique, ses mécanismes moléculaires et leur signification biologique?
Comment le développement d'organismes dans un environnement changeant, qui influence l'expression des gènes et la structure de la chromatine, est-il aussi reproductible ?
Quel est le rôle des modifications chimiques du nucléosome dans l'établissement transitoire de transcriptimes spécifiques et dans la différenciation cellulaire?
Quel est le rôle de la méthylation de l'ARN (m6A) dans la régulation épitranscriptomique du développement et la transmission de traits de vie ?
Pour participer à répondre à ces question, j'essaye de comprendre le rôle de la méthylation de l'ADN, la méthylation de l'ARN, et plus généralement des modifications chimiques du nucléosome et leurs régulateurs , au cours du développement et de la reproduction d'un modèle distant, l'huître Crassostrea gigas. Mes activités de recherche s’attachent à comprendre et décrire les mécanismes épigénétiques intervenant dans la régulation de l'expression des gènes/de la structure de la chromatine lors de la différenciation cellulaire. Pour cela je m'intéresse au développement de l'embryon, ainsi qu'à la reproduction (notamment chez les huîtres triploïdes), des processus qui mettent en oeuvre une forte différenciation cellulaire dans un contexte d'exposition/sensibilité différente aux paramètres environnementaux . Pour ces travaux, j’utilise principalement des approches moléculaires, cellulaires et biochimiques, dont des méthodologies à haut débit (MeDIP/MeRIP/BS-seq) et développe des études fonctionnelles (CRISPR/Cas).
Biologie animale, épigénétique, biologie cellulaire, biologie du développement, évolution.
Co-responsable Master Biologie-Santé parcours Cancer, Différenciation, Génétique et Biothérapies
Co-responsable Recherche master Aquacaen M2
Responsable UE Aqua 22 Master Aquacaen ‘Méthodologie- physiologie des organismes marins’ M1
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Mes publications
2024
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. 2024. « Structural And Functional Characterization Of An Egg-Laying Hormone Signaling System In A Lophotrochozoan – The Pacific Oyster (Crassostrea Gigas) ». General And Comparative Endocrinology 346: 114417. doi:10.1016/j.ygcen.2023.114417. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0016648023002228.
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. 2024. « Ancestors’ Gift: Parental Early Exposure To The Environmentally Realistic Pesticide Mixture Drives Offspring Phenotype In A Larger Extent Than Direct Exposure In The Pacific Oyster, Crassostrea Gigas ». Environmental Science & Technology. doi:10.1021/acs.est.3c0820110. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c08201.
2023
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. 2023. « M6A Profile Dynamics Indicates Regulation Of Oyster Development By M6A-Rna Epitranscriptomes ». Genomics, Proteomics & Bioinformatics 21 (4): 742 - 755. doi:10.1016/j.gpb.2022.12.002. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1672022922001516.
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. 2023. « Molecular And Phenotypic Effects Of Early Exposure To An Environmentally Relevant Pesticide Mixture In The Pacific Oyster, Crassostrea Gigas. ». Environmental Pollution 326: 121472. doi:10.1016/j.envpol.2023.121472. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0269749123004748.
2021
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. 2021. « Transcriptome Profiling Of The Pacific Oyster Crassostrea Gigas Visceral Ganglia Over A Reproduction Cycle Identifies Novel Regulatory Peptides ». Marine Drugs 19 (8): 452. doi:10.3390/md19080452. https://www.mdpi.com/1660-3397/19/8/452.
2020
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. 2020. « A Functional M6 A‐Rna Methylation Pathway In The Oyster Crassostrea Gigas Assumes Epitranscriptomic Regulation Of Lophotrochozoan Development ». The Febs Journal. doi:10.1111/febs.15500. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/febs.15500.
febs.15500.pdf (1.47 Mo)
2019
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. 2019. « Molecular Evolution And Functional Characterisation Of Insulin Related Peptides In Molluscs: Contributions Of Crassostrea Gigas Genomic And Transcriptomic-Wide Screening ». Journal Of Comparative Endocrinology 271: 15-29. Cherif_feildel 2019.pdf (4.32 Mo)
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. 2019. « Histone Methylation Participates In Gene Expression Control During The Early Development Of The Pacific Oyster Crassostrea Gigas ». Genes 10 (9): 695. doi:10.3390/genes10090695. https://www.mdpi.com/2073-4425/10/9/695.
2018
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. 2018. « Copper Induces Expression And Methylation Changes Of Early Development Genes In Crassostrea Gigas Embryos ». Aquat Toxicol 196: 70-78. doi:doi: 10.1016/j.aquatox.2018.01.001. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166445X18300018?via%3Dihub.
2017
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. 2017. « Dynamics Of Dna Methylomes Underlie Oyster Development ». Plos Genetics 13 (6): e1006807. https:// doi.org/10.13 71/journal.p gen.1006807. journal.pgen_.1006807.pdf (2.95 Mo)
2015
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. 2015. « Regulation Of Hox Orthologues In The Oyster Crassostrea Gigas Evidences A Functional Role For Promoter Dna Methylation In An Invertebrate. ». Febs Lett 589 (13): 1459-66. doi:10.1016/j.febslet.2015.04.043. StCarlier_Riviere_FEBS2015.pdf (1.51 Mo)
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. 2015. « Gigaton: An Extensive Publicly Searchable Database Providing A New Reference Transcriptome In The Pacific Oyster Crassostrea Gigas. ». Bmc Bioinformatics 16: 401. doi:10.1186/s12859-015-0833-4. GigaTON.pdf (3.09 Mo)
2014
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. 2014. « The Jumonji Gene Family In Crassostrea Gigas Suggests Evolutionary Conservation Of Jmj-C Histone Demethylases Orthologues In The Oyster Gametogenesis And Development. ». Gene 538 (1): 164-75. doi:10.1016/j.gene.2013.12.016.
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. 2014. « Temperature Influences Histone Methylation And Mrna Expression Of The Jmj-C Histone-Demethylase Orthologues During The Early Development Of The Oyster Crassostrea Gigas. ». Mar Genomics. doi:10.1016/j.margen.2014.09.002.
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. 2014. « Epigenetic Features In The Oyster Crassostrea Gigas Suggestive Of Functionally Relevant Promoter Dna Methylation In Invertebrates. ». Frontiers In Physiology 5. doi:10.3389/fphys.2014.00129. fphys-05-00129.pdf (1.18 Mo)