Ancien membre du laboratoire
Thèmes de recherche
Etude de la relation hôte-pathogène entre la moule bleue Mytilus sp. et Francisella halioticida
Titre de la thèse (soutenance prévue le 6 novembre 2024) : Emergences des pathogènes chez les bivalves vers une meilleure compréhension des maladIes et vers un développement des méthodes de gestion
La conchyliculture est un secteur important des côtes françaises et est mis à rude épreuves depuis plusieurs années à causes de mortalités importantes et répétées, particulièrement sur les huitres et les moules. Des surmortalités de moules (Mytilus edulis) ont d’abord été observées en Charente à partir de 2014 puis se sont étendues au pays de la Loire, à la Bretagne et même en Normandie et en Hauts-de-France ces dernières années. La causalité de ces surmortalités n’est à ce jour pas établie mais une bactérie pour la première fois détectée en France (Francisella halioticida) semble être une piste intéressante. Cette bactérie a été identifiée comme responsable de mortalités chez l’ormeau, Haliotis gigantea au Japon et la coquille St Jacques japonaise, Pectinopecten yessoensis au Japon et au Canada. D’autres bivalves ont également connu des épisodes de surmortalités en France comme la palourde (Ruditapes philippinarum) à l’automne 2016 et la coquille St-Jacques (Pecten Maximus) en 2018.
La gestion des maladies chez les mollusques est compliquée du fait de l’absence d’immunité acquise chez ces organismes et de leur contact direct avec le milieu environnant. En l’absence de prévention et de plan de gestion des maladies, l’avenir du secteur conchylicole en Normandie reste préoccupant. C’est pourquoi il est absolument nécessaire de comprendre, expliquer et tenter de lutter contre les épidémies en développant des outils de diagnostic fiables et adaptés, ainsi que des méthodes de gestion optimisées pour assurer la biosécurité chez les mollusques bivalves.
Pour répondre à ces besoins, cette thèse s’appuie sur deux grands axes :
Financement de la thèse : Université de Caen – Fonds départementaux 50 et 14 - EPC
Depuis 2014, des mortalités massives de la moule marine Mytilus sp. sont observées en France. La bactérie Francisella halioticida a été proposée comme cause potentielle de ces mortalités, en raison de son effet létal sur les ormeaux et les pétoncles du Japon. Lors de mon projet doctoral, nous avons isolé et caractérisé, phénotypiquement et génétiquement, cinq souches de F. halioticida provenant de moules. La détermination de la virulence a permis de mettre en avant la présence d’une virulence variable entre les isolats dont deux étant très virulents, FR22c et FR22d. Dans le cadre de la compréhension du développement de la francisellose, la réponse immunitaire globale des moules a été étudiée en utilisant une souche à faible virulence, FR21, et une souche hautement virulente, FR22c. Dans cette première approche globale visant à étudier la réponse d'un invertébré à une espèce de Francisella pathogène, l’hémolymphe a été utilisée. L'utilisation de la transcriptomique et de la protéomique a permis de mieux comprendre la réponse des moules et de commencer à identifier certains facteurs potentiels pouvant influencer la résistance à la maladie. Une étude préliminaire d'identification in silico des peptides antimicrobiens a été réalisée sur deux peptides, les myticines et les myticusines, issus du transcriptome global. Cette étude a permis de détecter et d'identifier les premières myticusines en dehors de l'espèce M. coruscus.
Durant ce contrat, je vais approfondir les résultats acquis lors de mon projet doctoral en me concentrant notamment sur la partie de la relation hôte-pathogène (étude de la réponse dans les branchies, études des variations du microbiote de la moule lors de la mise en contact avec F. halioticida, gènes de virulences exprimés par F. halioticida, détection et identification des peptides antimicrobiens).
Contrat d' ATER : Attaché temporaire d'enseignement et de recherche
Durant ce contrat, je vais approfondir les résultats acquis lors de mon projet doctoral en me concentrant notamment sur la partie de la relation hôte-pathogène (étude de la réponse dans les branchies, études des variations du microbiote de la moule lors de la mise en contact avec F. halioticida, gènes de virulences exprimés par F. halioticida, détection et identification des peptides antimicrobiens).
Contrat d' ATER : Attaché temporaire d'enseignement et de recherche
Titre de la thèse (soutenance prévue le 6 novembre 2024) : Emergences des pathogènes chez les bivalves vers une meilleure compréhension des maladIes et vers un développement des méthodes de gestion
La conchyliculture est un secteur important des côtes françaises et est mis à rude épreuves depuis plusieurs années à causes de mortalités importantes et répétées, particulièrement sur les huitres et les moules. Des surmortalités de moules (Mytilus edulis) ont d’abord été observées en Charente à partir de 2014 puis se sont étendues au pays de la Loire, à la Bretagne et même en Normandie et en Hauts-de-France ces dernières années. La causalité de ces surmortalités n’est à ce jour pas établie mais une bactérie pour la première fois détectée en France (Francisella halioticida) semble être une piste intéressante. Cette bactérie a été identifiée comme responsable de mortalités chez l’ormeau, Haliotis gigantea au Japon et la coquille St Jacques japonaise, Pectinopecten yessoensis au Japon et au Canada. D’autres bivalves ont également connu des épisodes de surmortalités en France comme la palourde (Ruditapes philippinarum) à l’automne 2016 et la coquille St-Jacques (Pecten Maximus) en 2018.
La gestion des maladies chez les mollusques est compliquée du fait de l’absence d’immunité acquise chez ces organismes et de leur contact direct avec le milieu environnant. En l’absence de prévention et de plan de gestion des maladies, l’avenir du secteur conchylicole en Normandie reste préoccupant. C’est pourquoi il est absolument nécessaire de comprendre, expliquer et tenter de lutter contre les épidémies en développant des outils de diagnostic fiables et adaptés, ainsi que des méthodes de gestion optimisées pour assurer la biosécurité chez les mollusques bivalves.
Pour répondre à ces besoins, cette thèse s’appuie sur deux grands axes :
- Approfondir les connaissances scientifiques sur les maladies des mollusques bivalves. Une priorité sera donnée à l’étude de la pathogénicité de F. halioticida sur les moules M. edulis grâce à une étude en milieu contrôlé. La relation hôte-pathogène sera étudiée (approche transcriptomique, protéomique et peptidomique) afin d’acquérir une compréhension plus approfondie du mécanisme d’infection et de la réaction immunitaire de l’hôte suivant l’infection. Une étude rétrospective des outils diagnostics utilisés lors d’épisodes de surmortalité sera également effectué afin de proposer un axe d’optimisation de ces méthodes.
- Mettre en place un plan de prévention, de gestion, voire de lutte contre ces maladies. Pour cela, l’exploitation des connaissances obtenues lors des études du premier axe pourrait permettre de proposer des méthodes de diagnostics rapides et fiables. Mais aussi potentiellement de mettre en place un réseau de surveillance par rapport à ces maladies conchylicoles en Normandie.
Financement de la thèse : Université de Caen – Fonds départementaux 50 et 14 - EPC
