Bienvenue aux nouveaux entrants

Réunions / Informations internes 7 oct 2021

Bienvenue aux nouveaux entrants

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

 

  • Noémie Coulon  est doctorante au sein de l'équipe BIOPAC depuis  le 1er octobre 2021, au CRESCO à Dinard ; elle effectue sa thèse sous la responsabilité de Eric Feunteun et Alexandre Carpentier.

Titre du projet scientifique : « Caractérisation structurelle et fonctionnelle de la communauté d'élasmobranches de la Manche et de l'Atlantique Nord dans le contexte du changement global ».

« L’objectif de ma thèse est de tester les réponses structurelles et fonctionnelles de la communauté d’élasmobranches de la Manche et de l'Atlantique Nord au changement global au cours des 70 dernières années. Raies et requins sont des espèces particulièrement sensibles et nombre d’entre elles ont un statut de conservation dégradé. Le premier axe vise la caractérisation des fluctuations structurelles de la communauté qui seront confrontées aux variations de températures observées. Nous aurons recours aux données disponibles (Data Collection Framework (DCF), campagnes halieutiques, données climatiques). Les données récentes seront comparées à une analyse de l’ADNe des eaux sur le territoire d’étude. Sur cette base, un second axe s’attachera à tester les liens entre les fluctuations des abondances et les traits de vie des espèces (e.g. âge à la maturité, sex ratio, condition physique, niveau trophique) et de définir les niveaux d’interaction et la réelle sympatrie entre certaines de ces espèces (partition de niche). Enfin, le troisième axe visera l’analyse expérimentale des réponses fonctionnelles aux variations de température et de pH chez les juvéniles de 3 espèces sympatriques : la raie bouclée et la raie brunette dont la première est plus septentrionale que la seconde, et la roussette qui n’est pas en limite d’aire de répartition ».

Contact : noemie.coulon.2605@gmail.com

 

  • Ehsan Kayal, ATER, a rejoint l'équipe ECOFUNC, à l'Université de Caen Normandie, le 1e octobre 2021.

Titre du projet scientifique : « Phénologie et variabilité interannuelle de la diversité des diatomées toxiques Pseudo-nitzschia : Analyse de 10 années d’observation et approches innovantes ».

« Après l’exploration de différents domaines de la biologie (réseaux trophiques, écophysiologie, systématiques), c’est sur la génétique que j’ai porté mon attention avec une thèse à l’Iowa State University (Ames, IA, Etats-Unis d’Amériques) portant sur l’évolution de la mitochondrie linéaire chez les cnidaires et les éponges calcaires. Un contrat de technicien au Smithsonian Insitution National Museum of Natural History (Washington DC, Etats-Unis d’Amériques) m’a donné le temps d’obtenir une bourse postdoctorale pour l’exploration plus en profondeur des génomes mitochondriaux chez les cnidaires ainsi que leur expression. Par ailleurs, j’ai aussi participé au séquençage et assemblage de génomes de cnidaires, permettant de proposer la plus compréhensive phylogénie pour le groupe à ce jour. Un autre postdoc à la Station Biologique de Roscoff m’a initié aux microalgues du groupe des dinoflagellés, notamment en participant à l’annotation des génomes de deux syndiniales parasites de dinoflagellés (projet HAPAR). J’ai aussi mis en évidence la présence d’un génome mitochondrial chez ce groupe, contrairement à une étude récente qui clamait le contraire. Enfin, nous avons également mis en évidence la « zombification » de l’hôte dinophycé par ces syndiniales. Un poste d’ingénieur de recherche au sein du projet Phaeoexplorer qui vise à séquencer et annoter les génomes d’une cinquantaine de macroalgues brunes m’a permis d’explorer le métabolisme énergétique du phaeophycé Ectocarpus, mettant en évidence la présence de transferts horizontaux de gènes et de fusion de domaines.

J’ai intégré le laboratoire BOREA en tant qu’ATER pour l’enseignement en Master (Sciences de la Mer et Microbiologie) et en Licence (Sciences pour la Santé), mais aussi pour la participation au projet PHENOMEN, « Phénologie et variabilité interannuelle de la diversité des diatomées toxiques Pseudo-nitzschia : Analyse de 10 années d’observation et approches innovantes », en collaboration avec le laboratoire Détection, Capteurs et Mesures d’IFREMER-Brest. Mon rôle sera de mettre en place des méthodes moléculaires pour l’identification et la quantification des principales espèces de Pseudo-nitzschia ainsi que du transfert de ces technologies à l’Université de Caen ».

Contact : ehsan.kayal@sb-roscoff.fr

 

  • Coline Royaux, doctorante, a rejoint l'équipe BIOPAC à la station marine de Concarneau le 1e octobre 2021. Elle est co-encadrée par Nicolas Rabet (BOREA) et Yvan Le Bras (Patrinat - Concarneau).

​​Titre du projet scientifique : « Le micro-endémisme en Nouvelle-Calédonie : Caractérisation à partir du zooplancton dulçaquicole, recherche des facteurs explicatifs majeurs et proposition d’un modèle d’écologie fonctionnelle ».

 « Le contexte biologique, géologique et climatique de la Nouvelle-Calédonie est particulièrement remarquable de par l'association de facteurs et de conditions à caractères exceptionnels. Bien qu'elle aie une superficie assez réduite (approximativement la même que les Pyrénées), elle est un des hotspots de biodiversité majeurs dans le monde et possède la plus grande proportion d'espèces endémiques décrites sur tous les territoires français (56% selon le Livret INPN, 2021). Il a été longtemps pensé que cette biodiversité remarquable était due à sa dissociation de l'Australie il y a environ 80 Ma ayant entraîné des spéciation indépendantes en Nouvelle-Calédonie mais il a été démontré que l'île était immergée jusqu'à il y a 37 Ma et aurait donc connu une re-colonisation postérieure par le vivant. L'évènement tectonique qui a engendré l'émersion de la Nouvelle-Calédonie a également provoqué un charriage du manteau terrestre en surface qui ont formé, après altération, des massifs riches en métaux lourds connaissant aujourd'hui une forte pression d'exploitation par l'industrie minière.

Cette thèse comporte 3 volets majeurs, les deux premiers portent particulièrement sur la documentation et l'explication de l'endémisme et du micro-endémisme chez les communautés de zooplancton des mares de Nouvelle-Calédonie. En effet, les mares de Nouvelle-Calédonie restent des milieux méconnus et un travail préliminaire effectué à l'occasion de mon stage de Master 1, également au sein de l'équipe BIOPAC, suggère la présence de nombreuses espèces encore à découvrir et à décrire. La documentation de l'endémisme et du micro-endémisme au sein de ces communautés passera par la combinaison d'approches de génétique et de morphologie. A partir de cette documentation, un travail de modélisation (modèles de niche écologique, modèles de répartition prédictive, extrapolation en zones à fort potentiel) permettra de caractériser les facteurs explicatifs majeurs de ce phénomène chez les communautés de zooplancton dulçaquicole. 

Ces deux premiers axes permettront d'enrichir la connaissance et la compréhension du fonctionnement des écosystèmes néo-calédonien et constituerons la base de mise en place du troisième et dernier volet majeur de la thèse : la mise à disposition de méthodes et d'outils pour l'étude de l'endémisme et du micro-endémisme. Cette partie de la thèse est particulièrement rendue possible par la collaboration avec l'UMS Patrimoine Naturel à travers le Pôle National de Données de Biodiversité et elle est née de plusieurs constats faits en écologie et autour des sciences de la conservation de la biodiversité. De fait, de grandes avancées ont été accomplies depuis les premières alertes majeures sur la perte de biodiversité dans les années 1960 : nous avons une recherche et une expertise mondiale de grande qualité dans ces domaines, des concepts fonctionnels, des méthodes très variées, adaptables et pratiques. Or, tout ceci est grandement sous-exploité et gagnerait à être plus transparent, reproductible et accessible. L'idée à travers cet axe est donc de rendre les découvertes et connaissances produites par cette thèse directement actionnables pour la protection des écosystèmes ».

Contact coline.royaux@mnhn.fr

 

  • Aurélie Jeantet, est doctorante et a rejoint l'équipe BIOPAC le 1e octobre 2021. Elle est co-encadrée par Julien Gasparini (IIES - Paris) et Fabienne Audebert (BOREA).

Titre du projet scientifique : « Les endoparasites peuvent-ils contribuer à « détoxifier » leurs hôtes ? Effets des métaux traces chez les parasites du pigeon des villes ».

«  Ces dernières décennies, les activités anthropiques ont généré une forte pollution chimique. On observe par exemple une pollution aux éléments traces métalliques, qui sont des éléments présents naturellement en faible quantité dans l’environnement, mais dont la concentration peut être augmentée par certaines activités anthropiques. Les concentrations en éléments traces métalliques diffèrent donc selon le degré d’urbanisation du milieu que l’on considère. En milieu urbain, on trouve ces métaux en concentrations particulièrement élevées, qui impactent souvent négativement les organismes vivants dans ces milieux. Ces effets négatifs sur les organismes ont été beaucoup étudiés, mais on en sait peu sur l’effet de ces métaux sur les interactions écologiques, telles que le parasitisme. Néanmoins, il a été démontré que certains parasites sont capables d’accumuler les polluants dans leurs tissus, ce qui permettrait une « détoxification » de leurs hôtes. Ces parasites auraient alors un effet positif sur leurs hôtes en milieu pollué, en réduisant les taux de métaux traces dans leurs hôtes.

 Ce projet vise donc à comprendre si la présence des métaux traces dans l’environnement peut impacter une interaction hôte-parasite. Nous testerons cette hypothèse chez le pigeon biset (Columba livia), très présent en milieu urbain et chez qui on observe une grande diversité de parasites. Le premier axe visera à déterminer s’il est plus avantageux pour l’hôte, en terme de valeur sélective, d’être parasité lorsqu’il vit en milieu pollué. Le deuxième axe sera de tester si les parasites accumulent les polluants dans leurs tissus, ce qui permettrait une détoxification de leurs hôtes. Enfin, le troisième axe sera de vérifier s’il existe un effet négatif direct des polluants sur les parasites, qui seraient alors moins néfastes pour leurs hôtes ».

Contact : aureliejeantet92@gmail.com



 

  • Fabian Jeanne, est doctorant, au sein de l'équipe EVOREG, à l'Université de Caen Normandie depuis le 1e octobre. Il est encadré par Pascal Sourdaine.

Titre du projet scientifique : « Evolution des systèmes GnRH et de leurs neuropeptides régulateurs dans les contrôles endocrine et paracrine de la spermatogenèse chez la roussette, Scyliorhinus canicula ».

« L’objectif de ce projet est d’identifier des peptides impliqués dans la régulation de la spermatogenèse chez un requin, la petite roussette. Le programme envisagé est l’identification des séquences de précurseurs peptidiques régulateurs du système GnRH (GnRHs, GnIH, Kisspeptin/Neurokinin/Dynorphin) à partir de données génomiques disponibles et l’étude de leurs activités biologiques sur des cultures hypophysaires et testiculaires. L’étude de la fonction paracrine testiculaire de ces peptides constitue une thématique émergente sur la compréhension de l’influence des facteurs environnementaux sur les fonctions de reproduction. Ce projet, en ciblant un Chondrichtyen, permettra de replacer les résultats dans un schéma évolutif du système hypothalamo-hypophyso-gonadique des Gnathostomes et d’améliorer nos connaissances sur la reproduction des Elasmobranches, groupe à fort enjeu de conservation ».

Contact jeanne211@unicaen.fr



 

  • Bérénice Bichon, démarre une thèse de doctorat au 1e octobre 2021, financée par l'Institut de l'Océan de l'Alliance Sorbonne Université ; elle est co-encadrée par Hervé Tostivint (UMR PhyMA) et Pascal Sourdaine (BOREA).

Titre du projet scientifique : « Etude comparée des fonctions du système neurosécréteur caudal chez la roussette et le poisson-zèbre ».

« Le complexe hypothalamo-hypophysaire est le système neuroendocrinien le plus connu chez les vertébrés. Chez les poissons, un second système neuroendocrinien a été mis en évidence, appelé système neurosécréteur caudal, en raison de sa position à l’extrémité caudale de la moelle épinière. Comme le complexe hypothalamo-hypophysaire, le système neurosécréteur caudal se compose de deux éléments : une petite population de neurones sécréteurs appelés cellules de Dahlgren, ainsi qu’une expansion ventrale du tissu nerveux fortement vascularisée appelée l’urophyse (ce qui signifie littéralement « hypophyse caudale »), vers laquelle les cellules de Dahlgren projettent leurs axones et libèrent des hormones appelées urotensines. Bien que ces hormones soient connues pour exercer diverses actions, notamment dans le contrôle de l’équilibre hydrominéral et le stress, les fonctions du système neurosécréteur caudal restent encore très mal comprises, et son origine développementale inconnue. Initialement caractérisé chez les poissons téléostéens, le système neurosécréteur caudal est également présent chez l’ensemble des actinoptérygiens ainsi que des chondrichtyens, ce qui suggère qu’il est un attribut ancestral des gnathostomes. Par ailleurs, l’absence de ce système chez les tétrapodes suggère qu’il aurait été perdu au plus tard à la base de cette lignée. Mon projet de thèse vise à mieux comprendre les fonctions du système neurosécréteur caudal en utilisant la roussette Scyliorhinus canicula et le poisson-zèbre Danio rerio comme modèles ».

Contact berenice96b@gmail.com

 

  • Marion Vilain , doctorante, a rejoint l'équipe SOMAQUA au MNHN Paris depuis le 1e septembre 2021, co-encadrée  par Frédéric Olivier et  Eric Goberville.

Titre du projet scientifique : «  Dynamique spatio-temporelle et habitats des communautés zooplanctoniques : caractérisation de l’état écologique des écosystèmes pélagiques français »

« Le plancton est une composante essentielle du domaine pélagique. Il comprend l’ensemble des organismes végétaux (phytoplancton) et animaux (zooplancton) vivant dans la colonne d’eau qui présente une relative passivité vis-à-vis des mouvements des masses d’eau. Les organismes planctoniques sont ainsi particulièrement sensibles aux modifications des conditions environnementales (hydrodynamiques, hydrologiques, physico-chimiques, biologiques) qui peuvent impacter à la fois leur structure (e.g. composition, spectre de taille, diversité) et leur distribution (e.g. horizontale, verticale). Ces variations spatio-temporelles des communautés peuvent conditionner le fonctionnement du réseau trophique (e.g. chaine trophique phytoplancton-herbivore ; reminéralisation) et l’équilibre des cycles biogéochimiques. Le plancton constitue par conséquent une composante de choix pour étudier et surveiller l’évolution des écosystèmes marins. Dans ce contexte, le but de ma thèse est d’analyser les variations spatio-temporelles des communautés zooplanctoniques présentes dans les écosystèmes marins et côtiers des façades littorales françaises, de caractériser les facteurs de forçage influençant ces dynamiques à différentes échelles, et d’évaluer l’état écologique de ces habitats pélagiques. Ce travail de thèse s’inscrit à l’interface recherche et gestion puisqu’il s’agira de :  (1) Caractériser les assemblages zooplanctoniques le long des façades Manche, Atlantique et Méditerranée afin d’identifier des sites/ périodes à enjeux (e.g. hotspot d’abondance, de biomasse, de diversité) dans les écosystèmes étudiés ;  (2) Analyser les variations de ces assemblages en réponse aux forçages physiques, hydrologiques, hydrographiques et climatiques, à différentes échelles spatiales et temporelles tout en considérant différents niveaux d’intégration écologique (espèces, communautés, groupes fonctionnels, stocks) ;  (3) Développer et/ou adapter des indicateurs permettant de détecter des changements et de quantifier les variations observées dans les communautés zooplanctoniques (structure, types fonctionnels, diversité, etc.) en appui aux politiques publiques (en particulier dans le cadre de la Directive Cadre Stratégie Milieu Marin) ;  (4) Evaluer l’état écologique des habitats pélagiques des façades littorales françaises (Descripteur 1 – Biodiversité de la DCSMM) et envisager des mesures d’aide à la gestion dans le cas d’état dégradé ».

Contact marion.vilain@protonmail.com

 

  • Joséphine Broussin est doctorante au sein de l'équipe SOMAQUA, au MNHN Paris, depuis le 1e octobre 2021, co-encadrée par Eric Goberville et Tarik Meziane.

Titre du projet scientifique : « Changement CLIMAtique et RESsources marines exploitées (CLIMARES) ».

« Le changement climatique impacte les océans et sa faune et sa flore directement  (réchauffement, hausse de l’acidité) et indirectement (bouleversement trophique). Ce changement pourrait induire un déplacement biogéographique de nombreuses espèces endémiques (déplacement vers le Nord des espèces tempérées, déclin des espèces polaires) ainsi qu’une augmentation de l’aire de répartition et/ou du nombre d’espèces invasives. L’Atlantique Nord-Est, important au niveau écosystémique et économique, reste une zone où ces impacts sont mal connu.

 Ma thèse s’efforcera de déterminer l’impact écologique et socio-économique du changement climatique en Atlantique Nord-Est en réalisant 3 objectifs :

(1) Projeter la redistribution des principales ressources marines exploitées en Atlantique Nord-Est au cours du 21ème siècle par la modélisation de niche écologique et la méthode des filtres écologiques. Ces méthodes, prédictives, sont associées à de l’incertitude. La quantifier et l’intégrer sera une part importante du travail.

(2) Évaluer les conséquences économique de cette redistribution attendue en utilisant des métriques telles que les captures maximales potentielles (MCP, Maximum Catch Potential) et les revenus moyens potentiels (MRP, Mean Revenue Potential). L’évolution des revenus sera estimée à l’échelle nationale et locale (port de pêche).

(3) Estimer la résilience des stratégies de conservation existantes & Proposer des scénarios de planification spatiale en lien avec cette redistribution attendue et fournir des scénarios de gestion durable, du moins pertinent écologiquement au plus controversé politiquement. Ces scénarios seront produits avec deux outils d’aide à la décision, Marxan (atteinte d’objectifs déterminés à un coût minimal) et Zonation (maximiser les bénéfices pour un coût fixe) ».

Contactjosephine.broussin@gmail.com

 

  • Jean-Charles Leclerc, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe RECAP, à l'Université de Caen, dans le cadre du  projet MARINEFF, le 1e octobre 2021 et pour une durée de 4 mois.

« I am a marine ecologist, interested in examining the natural and human-mediated processes affecting the diversity, structure, functioning and evolution of marine communities (from multiple habitats). My expertise encompasses various fields, especially taxonomy, sampling design, data analyses and ecological theories. In recent years, my research has been focussed on the influence of anthropogenic activities (ocean sprawl) and biotic processes on species invasions and biodiversity loss at multiple spatial scales ».

Contact :  jean-charles.leclerc@unicaen.fr

 

  • Camille Détrée a rejoint l'équipe PHYPAQ à l'Université de Caen Normandie, en tant que maître de conférences le 1e septembre 2021.

Titre du projet scientifique : « Nutrition chez des espèces exploitées par la pêche et l’aquaculture ».

« Mes travaux de recherche ont été animés par une volonté de mieux comprendre et de décrire les mécanismes de régulations impliqués dans les ajustements physiologiques des organismes marins en réponse à des pressions biotiques et abiotiques. C’est ainsi que j’ai travaillé sur une diversité d’organismes au sein d’écosystèmes contrastée des profondeurs aux milieux côtiers et des milieux tempérés aux milieux polaires. Plus particulièrement, mes recherches peuvent se découper en 3 axes majeurs : Le 1er vise à étudier les mécanismes moléculaires en jeu dans les interactions hôte-symbiontes (incluant le parasitisme), le 2eme axe s’intéresse aux ajustements physiologiques mis en place par des organismes face aux variations de l’environnement. Enfin, le 3eme axe vise à étudier l’effet de la qualité et la quantité de la ressource sur la physiologie d’espèces aquacoles ou exploitées et le rôle de la nutrition dans l’atténuation du stress. C’est notamment sur ce troisième volet que se développeront mes futures recherches au sein de l’équipe PHYPAQ afin de participer au développement d’aliments alternatifs, fonctionnels et durable, d’en déterminer les mécanismes d’actions chez les poissons carnivores ainsi que leur rôle dans la résistance aux stress aquacoles et environnementaux ».

Contactcamille.detree@unicaen.fr

 

  • Mariem Zaidi, ATER, a rejoint  BOREA (équipes EMERGE et EVOREG),  le 1e septembre 2021, à l'Université de Caen Normandie.

Titre du projet scientifique : « Génomique et épigénomique environnementale chez l’huître ».

« Après ma formation d’ingénieure en Génie Halieutiques et Environnement j’ai fait une thèse en Biologie des organismes, des populations et d’écologie. J’ai travaillé sur des approches en biologie moléculaire et sur l’étude de la valorisation des gastéropodes marins en écotoxicologie. Ce travail m’aura amené à travailler sur la variabilité génétique (phylogéographie, diversité) de mes modèles, leurs réponses précoces (méthylation de l’ADN, génotoxicité, expression génique, réponses biochimiques) aux stress environnementaux (métaux, produits médicamenteux) infligés en conditions expérimentales, mais également aux dosages métalliques sur des échantillons de terrain.  Passionnée par le monde marin, la biologie de la conservation et la protection des espèces marines en danger, j’ai donc fait une formation d’expertise à Chypre (Cyprus Wildlife Society, Akamas, Chypre) financée par le Conseil de l’Europe et la Convention de Berne pour la contribution au suivi de la nidification des tortues marines et la communication au grand public autour de la vulnérabilité des populations de ces espèces marines protégées.

J’ai intégré le laboratoire BOREA en tant qu’ATER pour faire des enseignements mais aussi pour travailler au sein des deux équipes de recherche EVOREG et EMERGE sur des projets qui portent sur l’étude des modifications génomiques et réponses physiologiques en réponse aux fluctuations de paramètres environnementaux chez les mollusques dans le cadre des programmes de recherches ECUME et SCHEMAh ».

Contact mariem.zaidi@unicaen.fr

 

  • Maud Thermes, après avoir été Ingénieure au sein de l'équipe ECOFUNC à l'Université de Caen Normandie, commence une thèse de doctorat le 1e octobre 2021, co-encadrée par Nathalie Niquil (BOREA/Université de Caen Normandie) et Irène Abi-Zeid (Université Laval du Québec-Canada)

Titre du projet scientifique : « Projet MOPACO : Modélisation et simulation participative pour la cogestion des écosystèmes marins ».

Contact : maud.thermes@unicaen.fr

 

  • Damien Chevallier, ingénieur de recherche, a rejoint l'équipe RECAP le 1er juillet  2021 à l'Université des Antilles, Campus de Schoelcher, Martinique.

Titre du projet scientifique : « BEPHYTES Réponses comportementales et physiologiques des tortues marines au stress environnemental (BEhavioral and PHYsiological responses of marine Turtles to Environmental Stress) ».

en savoir plus : Vidéos  'Les tortues instrumentées'  et 'Les géantes de Yalimapo'

Contact damien.chevallier@iphc.cnrs.fr

 

  • Luis Molina Carrillo, a rejoint l'équipe EVOREG, en tant que chargé d'études scientifiques le 17 mai 2021, au MNHN Paris, dans le cadre du projet Upside, sous la responsabilité de Laure Bonnaud-Ponticelli.

Titre du projet scientifique : « UPSIDE : UV effects & pigments during Sepia officinalis development ».

« Le projet de recherche UPSIDE vise à determiner les effets des UV, particulièrement les UV-B sur le développement des embryons de la seiche Sepia officinalis avant et après éclosion. C'est pour cela que, nous testerons le rôle de la capsule dans la protection de l’embryon en exposant les œufs avec et sans capsule à différents pourcentages d’UV-B. Les conséquences des radiations d’UV-B sur la mortalité, les malformations et sur l’expression des gènes des récepteurs photosensibles, des gènes impliqués dans le stress oxydatif et dans la réparation d‘ADN seront étudiées ».

Contact : luis-miguel.molina-carrillo@mnhn.fr