Écologue microbien au Muséum national d’Histoire naturelle, au sein de l’unité BOREA (Biologie des Organismes et Écosystèmes Aquatiques). Je suis basé à la Station marine de Concarneau pour mes recherches.
Depuis plus de vingt ans, mes travaux de recherche portent sur la diversité, la structure et les fonctions des communautés microbiennes, en particulier dans des assemblages microbiens connus sous le nom de biofilms ou tapis microbiens. J’étudie comment ces communautés interagissent avec leur environnement (dans les milieux marins ou en eau douce), réagissent aux perturbations, et participent au fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Mon parcours scientifique a débuté par une thèse en 2006 consacrée aux interactions dans les biofilms marins, à leur participation aux grands cycles biogéochimiques et à leur sensibilité aux polluants. Entre 2012 et 2018, j’ai développé une approche intégrée combinant analyses biochimiques (pigments, lipides, exopolymères), écophysiologie, biogéochimie, écologie trophique, écotoxicologie, expérimentation en laboratoire, et observation in situ afin de parvenir à proposer une vision unificatrice des biofilms. Ces travaux ont abouti à mon Habilitation à Diriger des Recherches (HDR). Aujourd’hui, mes recherches s’orientent vers les enjeux environnementaux contemporains : pollution, changement climatique, résilience des habitats côtiers. Pour cela, je mobilise des outils tels que la métabolomique, l’analyse des signatures chimiques (« fingerprinting »), le métabarconding et les approches intégrées microbiome–métabolome.
À travers mes publications et mes collaborations, je m’efforce de mieux comprendre et valoriser le rôle fondamental des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Je m’intéresse également à la vulgarisation scientifique, à la biodiversité invisible (micro-organismes, micro-invertébrés : tel que le tardigrade), et à la mise en valeur des micro-organismes dans les dynamiques écosystémiques.
Références :
- Manuscrit de HDR : Biofilms, tapis et agrégats microbiens : vers une vision unificatrice
Enseignant principalement l'écologie marine et les statistiques (univariées et multivariées), je suis également responsable de deux modules du MNHN : TC3-ini - Initiation aux statistiques et aux probabilités (https://edu.mnhn.fr/course/view.php?id=57) et ES10 - Biodiversité en milieu marin côtier : du gène à l'organisme (https://edu.mnhn.fr/course/view.php?id=326).
Mon engagement ne se limite pas à la salle de classe. Je partage également les résultats de mes recherches sur les réseaux et explique les avancées importantes dans le domaine de l'écologie marine et des statistiques. Je suis convaincu que la diffusion des connaissances est essentielle pour sensibiliser le public à l'importance de la préservation de notre environnement marin.
En parlant de diffusion des connaissances, j'aime également réaliser des expériences pour illustrer les concepts clés de l'écologie marine. L'une de ces expériences a été documentée dans un poster, mettant en évidence les changements observés dans une colonne de Winogradsky. Ce poster est disponible en téléchargement au DOI suivant :
Je suis chargé des collections méiofaune (http://www.mnhn.fr/fr/collections/ensembles-collections/invertebres-marins/meiofaune) et siponcles. La collection méiofaune rassemble près de 800 espèces différentes (et autant de types) sur lames, correspondant à plus de 3000 préparations microscopiques dont le recensement est informatisé sous JACIM. Cet ensemble comprend 8 embranchements différents (Annelida, Gastrotricha, Kinorhyncha, Loricifera, Nematoda, Platyhelminthes, Rotifera, Tardigrada) et s’accompagne d’une bibliothèque importante sur divers groupes vivant dans le milieu interstitiel.
Je participe au groupe de travail Directive Cadre sur l'Eau (DCE) « mangrove » depuis 2016. Le groupe de travail à pour but de répondre aux demandes du ministère et de l’Office Français de la Biodiversité (OFB) quant à la définition d’indicateurs du bon état écologique des mangroves côtières.
- Responsable des UE :
- Biodiversité en milieu marin côtier : du gène à l'organisme (ES10)
- Initiation aux analyses statistiques uni- et bi-variées (TC3-ini)
- Responsable scientifique du service MEB-FEG de la Station Marine de Concarneau : un service du Plateau technique de Microscopie Electronique du MNHN (PtME)
- Responsable scientifique du service spectrométrie de masse de la Station Marine de Concarneau : un service du Plateau technique de Spectrométrie de Masse bio-organique du MNHN (PtSMB)
- Membre nommé du Comité de Direction de la Station Marine de Concarneau
