Biodiversité cachée des récifs coralliens : études des dynamiques spatiale et temporelle du cryptobiome

Les récifs coralliens, qui abritent 30% de la biodiversité marine mondiale sur 0,02% de la surface des océans, sont particulièrement impactés par le changement global et les pressions anthropiques locales. Le cryptobiome, petits organismes vivant cachés dans les anfractuosités du récif, reste très peu étudié, alors qu’il représente la majorité de la diversité associée aux récifs coralliens et une composante essentielle de leur fonctionnement. Les taxons jouent un rôle majeur dans les réseaux trophiques et constituent une ressource fondamentale pour les poissons, les macro-invertébrés et plus largement la production halieutique. Chez les métazoaires, de très nombreux embranchements sont représentés, comme les arthropodes, annélides, mollusques, éponges, chordés (ascidies), bryozoaires, siponcles, échinodermes, etc.

Cette thèse s'attache à explorer la diversité du cryptobiome récifal et sa dynamique spatio-temporelle dans les Mascareignes (La Réunion et Rodrigues), les éventuels effets de perturbations anthropiques et de mesures de gestion (aires marines protégées). L'association d’un outil de collecte standardisé (mini-récif artificiel ou Autonomous Reef Monitoring Structure ARMS) à des approches de taxonomie moléculaire par métabarcoding permet d’accéder à ce compartiment de la biodiversité récifale. Aujourd’hui, très peu de séquences peuvent être assignées à l’espèce, soulignant la spécificité de la cryptofaune marine des Mascareignes et la nécessité de développer un référentiel régional barcode pour une meilleure interprétation des résultats du métabarcoding.