Biologie et génétique des populations du Pigeon à couronne blanche, Patagioenas leucocephala : applications à la gestion et la conservation de l'espèce

En raison de son histoire biogéographique, la région des Caraïbes figure parmi les foyers de biodiversité les plus importants au monde, caractérisé par un grand nombre d’espèces animales et végétales, dont beaucoup sont endémiques à la région. Toutefois, cette biodiversité exceptionnelle est exposée à la perte d’habitats, la surexploitation, les espèces envahissantes, la pollution et le changement climatique. Bien que les autorités locales et la population civile aient pris, dans la mesure du possible, certaines précautions pour prévenir l’érosion de la biodiversité ou pour améliorer le statut de conservation d’espèces menacées d’extinction, de nombreuses espèces sont encore en déclin et pour beaucoup d’entre elles, les données scientifiques manquent pour bien comprendre leur écologie et leur biologie par rapport aux menaces et aux risques d’extinction qui leur sont associés. Ceci est particulièrement vrai pour les espèces de pigeons et de tourterelles, qui font partie de l’une des familles d’oiseaux les moins étudiées dans le monde et dans la Caraïbe insulaire. Pour remédier à cela, nous avons réalisé une synthèse quantitative afin de fournir des lignes directrices qui aideraient à prioriser la recherche scientifique sur les espèces de columbidés en fonction de leur risque d’extinction, de leur écologie, de leur biologie et de leur environnement. A cette fin, nous avons utilisé des modèles de forêts aléatoires pour évaluer quantitativement dans quelle mesure divers facteurs écologiques, biologiques, environnementaux et sociopolitiques pouvaient influencer le risque d’extinction et les tendances démographiques des espèces de columbidés dans le monde. De la même manière, nous avons étudié la variation interspécifique des niveaux d’attention scientifique, via une étude bibliométrique. Les autres recherches développées dans le cadre de cette thèse de doctorat se sont concentrées sur deux espèces de pigeons endémiques des Caraïbes, le Pigeon à cou rouge (PCR - Patagioenas squamosa) et le Pigeon à couronne blanche (PCB - Patagioenas leucocephala), qui sont respectivement classées comme de préoccupation mineure et presque menacées dans la liste rouge de l’UICN. Cependant, ces mêmes espèces ont récemment été considérées comme menacées dans les Antilles françaises. De manière générale, comme les autres espèces de columbidés et la plupart des oiseaux des Caraïbes, les PCB et PCR sont exposées à la perte d’habitat, à une pression de chasse peu ou mal maîtrisée et aux mammifères prédateurs exotiques. En conséquence, la présente étude visait à apporter de nouvelles connaissances fondamentales sur l’écologie de ces deux espèces de pigeons afin de pouvoir, à la lumière des résultats obtenus, fournir des recommandations pour de futurs plans de gestion. Dans un premier temps, des études méthodologiques ont été réalisées afin de proposer des méthodes appropriées pour prélever des échantillons d’ADN et suivre les fluctuations démographiques des deux espèces. A cette fin, nous avons comparé l’efficacité de l’extraction d’ADN et du séquençage à partir de deux types de tissu biologique et démontré que la méthode la moins invasive, qui consistait à prélever des cellules buccales avec des écouvillons, était aussi efficace que celle consistant à récolter des échantillons de sang, méthode plus invasive et plus stressante pour les pigeons. Par ailleurs, nous avons comparé deux méthodes de détection sur le terrain afin de proposer une méthode fiable pour suivre les fluctuations des populations au cours du temps. Nous avons ainsi montré que l’utilisation de la repasse permettait d’obtenir une meilleure estimation sur la présence et l'abondance des espèces. Notre étude sur la génétique des populations de PCB et PCR a permis de documenter leur diversité génétique et la connectivité existante entre plusieurs populations insulaires. Ces analyses ont mis en évidence un flux de gènes élevé entre populations insulaires, suggérant d’importants mouvements inter-îles pour les deux espèces. En outre, les deux espèces de pigeons présentaient une diversité génétique relativement élevée, en particulier la PCB pour lequel les valeurs de diversité génétique estimées à l’aide de gènes mitochondriaux étaient les plus fortes jamais signalées chez une espèce de Columbidae. En ce qui concerne la connectivité élevée entre les populations constatée via les analyses génétiques, nous avons initié une étude de suivi par satellite pour étudier les mouvements régionaux et locaux du PCB. Cependant, certains problèmes techniques et environnementaux ont prématurément mis fin à l’acquisition de données de localisation GPS. Enfin, nous avons montré une forte prévalence et une diversité élevée d’hémosporidies dans cinq populations insulaires de PCB. Nous avons notamment découvert six nouvelles lignées appartenant à la famille des Haemoproteus, des Parahaemoproteus et des Plasmodium. La mise en évidence d'une forte diversité génétique chez les deux espèces est encourageante, et indique que le PCB et le PCR ne sont pas parmi les espèces de columbidés les plus en danger dans la Caraïbe insulaire. Cependant, étant donné leur exposition connue à plusieurs menaces importantes, la mise en place d’un plan de gestion à l’échelle régionale pour ces deux espèces est fortement recommandée. En outre, d’importantes lacunes dans les connaissances doivent encore être comblées pour améliorer la conservation et la gestion du PCB et du PCR, comme c’est le cas pour de nombreuses autres espèces d’oiseaux d’intérêt patrimonial de la Caraïbe insulaire.