Emergences des pathogènes chez les bivalves vers une meilleure compréhension des malades et vers un développement des méthodes de gestion

La conchyliculture est un secteur important des côtes françaises et est mis à rude épreuves depuis plusieurs années à causes de mortalités importantes et répétées, particulièrement sur les huitres et les moules. Des surmortalités de moules (Mytilus edulis) ont d’abord été observées en Charente à partir de 2014 puis se sont étendues au pays de la Loire, à la Bretagne et même en Normandie et en Hauts-de-France ces dernières années. La causalité de ces surmortalités n’est à ce jour pas établie mais une bactérie pour la première fois détectée en France (Francisella halioticida) semble être une piste intéressante. Cette bactérie a été identifiée comme responsable de mortalités chez l’ormeau, Haliotis gigantea  au Japon  et la coquille St Jacques japonaise, Pectinopecten yessoensis  au Japon et au Canada. D’autres bivalves ont également connu des épisodes de surmortalités en France comme la palourde (Ruditapes philippinarum) à l’automne 2016 et la coquille St-Jacques (Pecten Maximus) en 2018.

La gestion des maladies chez les mollusques est compliquée du fait de l’absence d’immunité acquise chez ces organismes et de leur contact direct avec le milieu environnant. En l’absence de prévention et de plan de gestion des maladies, l’avenir du secteur conchylicole en Normandie reste préoccupant. C’est pourquoi il est absolument nécessaire de comprendre, expliquer et tenter de lutter contre les épidémies en développant des outils de diagnostic fiables et adaptés, ainsi que des méthodes de gestion optimisées pour assurer la biosécurité chez les mollusques bivalves.

Pour répondre à ces besoins, cette thèse s’appuie sur deux grands axes :

• Approfondir les connaissances scientifiques sur les maladies des mollusques bivalves. Une priorité sera donnée à l’étude de la pathogénicité de F. halioticida sur les moules M. edulis grâce à une étude en milieu contrôlé. La relation hôte-pathogène sera étudiée (approche transcriptomique, protéomique et peptidomique) afin d’acquérir une compréhension plus approfondie du mécanisme d’infection et de la réaction immunitaire de l’hôte suivant l’infection. Une étude rétrospective des outils diagnostics utilisés lors d’épisodes de surmortalité sera également effectué afin de proposer un axe d’optimisation de ces méthodes. 
• Mettre en place un plan de prévention, de gestion, voire de lutte contre ces maladies. Pour cela, l’exploitation des connaissances obtenues lors des études du premier axe pourrait permettre de proposer des méthodes de diagnostics rapides et fiables. Mais aussi potentiellement de mettre en place un réseau de surveillance par rapport à ces maladies conchylicoles en Normandie.