Etude du système immunitaire et du microbiome associé à la peau chez la seiche Sepia officinalis : un potentiel pour l'aquaculture et le domaine maritime

Les Céphalopodes, comme la seiche Sepia officinalis, sont présents dans les océans depuis des millions d’années. Chez ces animaux, seule l’immunité innée protège l’organisme des agressions via une réponse cellulaire et une réponse humorale. Peu de pathologies sont observées, suggérant la présence d’un système immunitaire efficace. Toutefois ce système reste encore peu étudié chez les Céphalopodes. Si les molécules de reconnaissance et les voies de signalisation ont été décrites, les effecteurs restent inconnus. La présence de molécules antibactériennes ou antioxydantes associées à l’encre, aux œufs, aux coproduits de la peau ou à certaines bactéries symbiotiques ont été révélées mais peu ont été identifiées. Ainsi, le premier objectif de la thèse est de caractériser le système immunitaire de la seiche et d’identifier les effecteurs humoraux en étudiant particulièrement le corps blanc, organe hématopoïétique ainsi que la peau, via des approches en transcriptomique, peptidomique et de protéomique. Chez les organismes aquatiques, la peau est recouverte d’un mucus abritant un microbiome, la protection de l’organisme est également assurée par ce biofilm.

Le second objectif est d’explorer la biodiversité du microbiome associé à la peau chez la seiche, de sa mise en place chez des stades précoces à sa dégénérescence chez des animaux en fin de vie via une approche métagénomique.

Enfin, l’objectif final de cette thèse est d’explorer le potentiel de ces nouveaux antimicrobiens d’origine animale ou d’origine bactérienne en aquaculture ainsi que sur des problématiques de biofouling et de biocorrosion.