Impacts de l’ostréiculture à mesoéchelle sur le microphytobenthos et ses performances photosynthétiques, la macrofaune benthique et rôle de l’érosion estuarienne dans les mortalités de naissains d’huîtres Crassostrea gigas liées à OsHV-1 µVar

Depuis 2008, la mortalité des naissains d'huîtres Pacifique Crassostrea gigas est principalement liée au virus de l’ostreid herpesvirus 1 µvariant (OsHV-1 µVar). Les paramètres environnementaux favorisant la persistance et la diffusion du virus pourraient jouer sur sa dynamique de propagation. Les objectifs de cette thèse étaient d’étudier in situ les interactions entre les naissains d’huîtres et leur environnement benthique lors d’un épisode de surmortalité. La photobiologie du microphytobenthos sous les tables semblait en meilleur état comparé à celle observée dans les allées pouvant favoriser la résilience virale. Les tables à huîtres atténuaient la lumière, la température et la dessication évitant ainsi une thermo et photoinhibition du microphytobenthos. Les indices de la qualité environnementale de l’habitat benthique basés sur la communauté macrozoobenthique ont traduit une dégradation du milieu suite aux apports de matière organique induits par les mortalités de naissains d’huîtres puis des échouages des macroalgues. Une quantité importante d’OsHV-1 était retrouvée à la surface du biofilm avant les mortalités. Sa remise en suspension était préférentiellement associée aux particules microphytobenthiques avec de faibles courants.