Revoir « Every Shrimp Everywhere All at Once: Phylogenomics reveals the intricate history of the most diverse group inside Atyidae (Crustacea: Decapoda) » par Samuel Bernardes, jeudi 28 mars 2024

Séminaire scientifique BOREA « Every Shrimp Everywhere All at Once: Phylogenomics reveals the intricate history of the most diverse group inside Atyidae (Crustacea: Decapoda) » par Samuel Bernardes,  doctorant, Center for Integrative Biodiversity Discovery, Museum für Naturkunde, Berlin,  jeudi 28 mars 2024.

« The Atyidae is an old and speciose taxon that has suffered from taxonomic recklessness, particularly with respect to the genus Caridina, which presents over 300 species and another hundred of subspecies with very few papers concerning their relationships. Here we used an exon capture approach to achieve a phylogenomic framework of Caridina and related genera to (1) help us unveil the evolutionary history of this family and (2) serve as a starting point for future attempts to resolve the taxonomy. We proved once again that Caridina is not monophyletic and that at least 10 new genera should be erected to produce a pragmatic taxonomy. We show that heterotachy is prevalent along the tree, which might explain why new genera were continuously described based solely on morphology. Biogeographically, the studied fraction of the atyids seems to have diversified in the eastern hemisphere, especially in the Indo-Australian Archipelago. The age and the ancestral range of these clades are in line with palaeobasins in this region. We also found that the rate of speciation along the phylogeny is constant which might be resulting from high levels of extinction following the radiation bursts that we have observed recently ».

Résumé  :

« Les Atyidae sont un taxon ancien et diversifié qui a souffert de confusion taxonomique, en particulier en ce qui concerne le genre Caridina, qui présente plus de 300 espèces et une centaine d'autres sous-espèces avec très peu d'articles concernant leurs relations. Ici, nous avons utilisé une approche de capture d'exon pour obtenir un cadre phylogénomique de Caridina et des genres apparentés pour (1) nous aider à dévoiler l'histoire évolutive de cette famille et (2) servir de point de départ pour de futures tentatives de résolution de la taxonomie. Nous avons prouvé une fois de plus que Caridina n'est pas monophylétique et qu'au moins 10 nouveaux genres devraient être créés pour produire une taxonomie pragmatique. Nous montrons que l'hétérotachie est prévalente tout au long de l'arbre, ce qui pourrait expliquer pourquoi de nouveaux genres ont été continuellement décrits en se basant uniquement sur la morphologie. Sur le plan biogéographique, la fraction étudiée des atyidés semble s'être diversifiée dans l'hémisphère oriental, notamment dans l'archipel indo-australien. L'âge et l'aire de répartition ancestrale de ces clades correspondent aux paléobassins de cette région. Nous avons également constaté que le taux de spéciation le long de la phylogénie est constant, ce qui pourrait résulter des niveaux élevés d'extinction qui ont suivi les poussées de radiation que nous avons observées récemment ».