Les nouvelles technologies de séquençage à haut débit permettent le séquençage, l'assemblage et l'annotation des transcriptomes et / ou des génomes indépendamment de l'organisme d'origine. Cependant, pour les modèles animaux "non conventionnels" et plus particulièrement les invertébrés, l'analyse in silico des données reste fastidieuse faute d'annotations fonctionnelles suffisantes et d'outils informatiques adaptés. L'outil logiciel PEPTRAQ a été développé par des biologistes et des informaticiens de l'Université Normande de Caen (France) pour améliorer ces analyses in silico.
PEPTRAQ a pour objectif de rechercher dans les bases de données des données spécifiques sur la base de critères multiples tels que transcription, précurseur de protéine, longueur de protéine ou de peptide, hydrophobie peptidique, apparition d'un peptide signal, sous-séquences conservées, motifs d'acides aminés, etc.
Le PEPTRAQ doit être considéré comme un outil dédié à l'étude des bases de données génomiques, transcriptomiques et protéomiques disponibles issues de modèles conventionnels et non conventionnels tels que les céphalopodes. Également conçu pour traduire et re-annoter des bases de données, PEPTRAQ est un outil logiciel polyvalent et convivial qui permet aux utilisateurs de créer des flux de travail personnalisés adaptés pour répondre à la plupart des questions dans le domaine de l'exploration de données.
Permettant l’enregistrement des données filtrées dans des fichiers fasta, cet outil puissant génère également des bases de données ciblées et réduites pour l'analyse de spectrométrie de masse dans des approches peptidomiques ou protéomiques.
L’objectif de ce projet est à terme de rendre accessible ce logiciel.
Partenaire :
GREYC Laboratoire de recherche en Sciences du numérique, Université de Caen-Normandie
Contact : Céline Zatylny-Gaudin, maître de conférences, Université de Caen, celine.gaudin@unicaen.fr