Bienvenue aux nouveaux entrants

Réunions / Informations internes 14 sep 2020

Bienvenue aux nouveaux entrants

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

 

  • Laëtitia Aprile-Larand, technicienne, a intégré BOREA le 1e septembre, au MNHN Paris en tant que Responsable Administrative et Financière (RAF), sous l'autorité de Tarik Meziane.

«  Elle est chargée de coordonner et piloter la gestion administrative et financière du laboratoire, d'assurer l’interface entre le laboratoire, le Département et les Services administratifs centraux des différentes tutelles du laboratoire (MNHN, CNRS, IRD, SU, UniCaen, UA) et  de contribuer au respect de l’application des procédures en matière de gestion ».

Contact laetitia.aprile-larand@mnhn.fr  

 

  • Salomé Fabri-Ruiz, chercheure contractuelle, en tant qu'ATER, a rejoint l' équipe SOMAQUA  le 1e septembre 2020, elle travaille en collaboration avec Eric Goberville (SOMAQUA) et Boris Leroy (BIOPAC).

Titre du projet scientifique : « ADIVMAR - Disentangling the drivers of DIVersity patterns in MARtinique ».

« Les écosystèmes marins côtiers tropicaux protègent les communautés côtières contre les inondations et l'érosion des plages fournissant ainsi des biens et services importants. Alors que les îles tropicales comme la Martinique affichent une biodiversité et un endémisme élevés - mais rarement documentés -, elles sont affectées par de multiples facteurs de stress tels que l'urbanisation, l’agriculture ou le changement climatique. La manière dont les modèles de biodiversité sont contraints par des facteurs abiotiques est encore mal comprise alors qu’ils sont une condition préalable essentielle à la mise en œuvre de stratégies de suivi et de conservation. Le présent projet de recherche cherchera à 1) évaluer les schémas spatiaux de la biodiversité et des assemblages de Martinique et à 2) identifier des «hotspots» pour 3) aider à la mise en place d'un plan de conservation. La biodiversité sera explorée dans une approche dite à multiples facettes, et la sensibilité des assemblages aux variations l’environnement sera définie. L'originalité du projet réside dans l'utilisation de la base de données Madibenthos qui résulte d'une expédition menée en Martinique, incluant 1) des milliers de spécimens récoltés, 2) selon une stratégie d'échantillonnage spécifiquement conçue pour évaluer la biodiversité dans son ensemble, 3) et focalisant sur des taxons souvent négligés (algues, mollusques, crustacés) à la différence d’approches classiques utilisant des taxons «phares» (coraux ou poissons) habituellement considérés dans les stratégies de conservation. Le projet 1) contribuera à une compréhension globale des modèles de biodiversité dans un écosystème tropical, 2) remettra en question la pertinence des stratégies de conservation couramment utilisées - par exemple basé sur des espèces parapluie et emblématiques - dans ces écosystèmes et 3) aider à améliorer les futures enquêtes de suivi et les actions de conservation dans les régions tropicales. Des collaborations étroites seront entreprises avec les parties prenantes du parc marin de la Martinique : les résultats du projet devraient être d'une importance cruciale pour la protection des écosystèmes marins de la Martinique et des écosystèmes marins tropicaux en général, tout en assurant la durabilité des activités marines et économiques. L'analyse du projet pourrait ensuite être transposée à d'autres territoires ».

  • Marina Morini, chercheure contractuelle, a intégré l'équipe EVOREG  le 1e septembre 2020, sous la responsabilité de Sylvie Dufour, sur un post-doc international Espagne/France de deux ans.

Titre du projet scientifique : « APOSTD 2020 : Prolifération des spermatogonies chez l’anguille Européenne : mécanismes moléculaires impliqués et leur modulation par la température ».

« Le post-doctorat international de 2 ans du Dr Marina MORINI, se déroule entre la France (BOREA, MNHN, Paris) et l’Espagne (Grupo Acuicultura y Biodiversidad (GAB), Université Polytechnique de Valencia, UPV) sous la co-supervision de S. Dufour (France) et J. Asturiano (Espagne).

Le projet  APOSTD 2020 porte sur les mécanismes moléculaires et environnementaux de la régulation des étapes initiales de la spermatogenèse (prolifération des spermatogonies) chez l’anguille Européenne, Anguilla anguilla.  L’anguille Européenne est une espèce actuellement en danger, d’intérêt biologique et phylogenétique, d’importance aquacole, mais dont la reproduction n’est pas encore maitrisée. Les objectifs porteront sur l’identification des acteurs de régulation moléculaires et leur évolution phylogénétique. Les effets de la température et de la salinité de l’eau seront abordés pour l’étude du rôle des facteurs environnementaux dans le cycle biologique de l’anguille et de l’impact des changements climatiques et globaux ».

  • Alexandre Leduc, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe PHYPAQ  le 1e septembre 2020, en tant qu'ATER, dans le laboratoire BOREA de l'Université de Caen Normandie, sous la responsabilité de Céline Gaudin et Joël Henry.

Titre du projet scientifique : « Nutrition pour une pisciculture durable ».

« Thématique principale : Analyse structurale et fonctionnelle des sources de protéines alternatives aux farines de poisson destinées à l’alimentation des poissons d’élevage.

 Dans cette optique, il s’agit de valider (ou pas) par des approches combinant zootechnie, histologie et techniques « omiques » l’utilisation de sources alternatives de protéines aux farines de poisson pour l’alimentation des poissons d’élevage. Ces nouveaux ingrédients doivent répondre à une double exigence : i) s’inscrire dans une démarche d’accessibilité et de durabilité et ii) permettre d’atteindre les mêmes performances que des aliments riches en farine de poisson. La performance d’un aliment repose sur un lien étroit entre des propriétés nutritionnelles et un bénéfice « santé » que procurent les protéines et les peptides. La fraction protéique de l’aliment est indispensable au bon fonctionnement du métabolisme énergétique des poissons, gage de performance de croissance. Les bénéfices en termes de santé pour les animaux sont quant à eux assurés par des peptides bioactifs présents dans les farines animales. Ces composés actifs sont capables à la fois de compenser les facteurs anti-nutritifs contenus dans les farines végétales intégrées aux aliments mais également de promouvoir une immuno-stimulation et/ou une amélioration morphologique (et donc fonctionnelle) de l’épithélium intestinal. Le couplage des approches zootechniques, histologiques et « omiques » permet d’identifier des biomarqueurs associés à la nutrition (transporteurs de nutriments, morphogénèse de l’épithélium intestinal), aux voies métaboliques et aux voies de signalisation de l’immunité spécifiquement modulées par les sources alternatives de protéines lors de tests de conditionnement alimentaire et de challenge.

Thématique secondaire : Identification de peptides bioactifs.

L’identification de peptides bioactifs issus de matrices complexes (farines, hydrolysats) par la mise au point de tests fonctionnels couplés à des approches peptidomiques est un objectif majeur qui vise à permettre leur utilisation comme additifs fonctionnels en alimentation piscicole.

Mots-clés : aquaculture durable, transcriptomique, protéomique, peptidomique, alternatives aux farines de poisson, nutrition, poisson, peptides bioactifs ».

  • Fred Burner, technicien IRD au sein de l'équipe RECAP au Laboratoire de biologie marine de l'Université des Antilles en Guadeloupe le 1e juillet 2020, sous la responsabilité de Malika René-Trouillefou.

Titre du projet scientifique : « Suivi d’écosystèmes naturels et anthropisés, de leur dynamique d’évolution dans le cadre de programmes d’observations et de suivis à long terme développés en Guadeloupe par le laboratoire  BOREA ».

 «  Les travaux effectués permettront d’avoir une approche diachronique afin d’appréhender, le long de continuum terre-mer et villes-rivages l’acclimatation et l’adaptation des organismes à différentes échelles spatiales et temporelles. Liées à une meilleure connaissance du fonctionnement des écosystèmes tropicaux, ces études permettront d’évaluer la résilience des grandes fonctions écosystémiques en relation avec les pressions environnementales ».

Contact : fred.burner@ird.fr



 

  • Oumayma Chkili, doctorante au sein de l'équipe ECOFUNC depuis le  5 juin 2020 ; elle effectue sa thèse à l'Université de Caen Normandie, en co-tutelle avec l'Université de Carthage (faculté des sciences de Bizerte, Tunis), co-encadrée par Nathalie Niquil et Asma Sakka-Hlaili. Son doctorat se déroule entre la Tunisie et la France où elle sera présente à Caen du 28 septembre au 25 janvier 2021.

Titre du projet scientifique : « Étude de l’état de santé des écosystèmes côtiers sud méditerranéens anthropisés à partir du fonctionnement du réseau trophique planctonique : modélisation des indicateurs écologiques en situation de contamination chronique ou pulsée ».

 «  Le golfe de Gabès, sur lequel repose 60% de l’activité de pêche en Tunisie, a connu une sérieuse dégradation de son environnement physico-chimique et de sa biocénose. Dans le cadre de son mastère en 2019, la doctorante Oumayma Chkili a fourni une première évidence de l’influence combinée de la contamination et de l’hydrodynamisme sur la production primaire et de son transfert trophique. Toutefois, l’impact de ces forçages sur les propriétés fonctionnelles de l’écosystème reste à appréhender, ce qui sera possible par la modélisation des réseaux trophiques. Ce sera le premier objectif de la thèse en se basant sur la complémentarité des deux encadrantes, Asma Sakka-Hlaili, spécialiste de l’analyse des réseaux planctoniques, et Nathalie Niquil, spécialiste de leur modélisation. Il sera ainsi possible de caractériser l’état de santé du Golfe de Gabès en appliquant les indices « habitat pélagique » utilisés par l’OSPAR (convention des mers régionales Atlantique Nord Est) ainsi que les indices de l’analyse des réseaux (dont Nathalie Niquil est spécialiste) et sélectionner ceux les plus convenables dans l’évaluation de l’état de santé de Golfe.

Ensuite, les modèles seront appliqués aux données récoltées lors de la marée noire de 2018 dans le canal de la lagune de Bizerte. Ce pôle de conchyliculture en Tunisie supporte aussi une forte activité de pêche, tout en connaissant une anthropisation accrue conduisant à son eutrophisation et sa contamination chimique. Suite à la fuite de pétrole brute, la réponse de l’écosystème à ce choc contaminant n’est pas encore connue. Nous pourrons ainsi tester les indicateurs de santé du réseau trophique planctonique dans le cadre d’une contamination pulsée.

Le jeu de données récolté dans ces deux situations de pollution chronique et pulsée par le laboratoire de Phytoplanctonologie dirigé par Asma Sakka-Hlaili est très précieux pour l’objectif de recherche de Nathalie Niquil qui cherche à caractériser l’état de santé des écosystèmes par des indicateurs variés, basés sur l’organisation des réseaux d’interaction dans les écosystèmes côtiers ».

Contact : chkili.oumayma94@gmail.com

 

  • Yann  Fréjaville, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe RECAP au Laboratoire de biologie marine de l'Université des Antilles en Guadeloupe,  le 1juin 2020, sous la responsabilité de Malika René-Trouillefou.

Titre du projet scientifique : « CÁYOLI : Programme environnemental du Grand Port Maritime de la Guadeloupe & DIDILAC : DIversité et DIspersion des LArves de poissons de récif de la Caraïbe ».

« Je suis chercheur en écologie marine depuis 2007. Mon doctorat, obtenu à l'Université des Antilles, portait sur la colonisation ichtyologique des récifs coralliens. Je me suis ensuite rendu à l'étranger (Madagascar, Ghana...) pour m'orienter vers la recherche appliquée à la conservation (mise en évidence du rayonnement de "l'effet réserve", étude de l'impact des méthodes de pêche destructives et des activités anthropiques sur les biocénoses marines, étude des paramètres optimaux pour la création d'AMP...). De retour en Guadeloupe dans le cadre d'un post-doctorat, j'ai l'opportunité de perfectionner mon expérience dans ces deux aspects de ma carrière d'écologue à travers les deux programmes suivants :

CÁYOLI : Programme environnemental du Grand Port Maritime de la Guadeloupe (2020-2022) 

Le programme CÁYOLI (www.cayoli.fr) vise à développer et mettre en œuvre des solutions concrètes et adaptées à la restauration des écosystèmes insulaires côtiers.

En sus de contribuer à une meilleure connaissance des dynamiques des écosystèmes marins et littoraux sous la gestion du GPMG (mise en place de suivis écologiques rigoureux), le programme s'est doté de moyens de recherche et développement concernant notamment :

              - Les récifs coralliens (pépinières de coraux par bouturage et mise en culture),

              - Les poissons récifaux (capture-culture-réintroduction de post-larves),

              - Les herbiers à phanérogames marines (pépinière par ensemencement),

              - Les mangroves (pépinières par collecte et culture de propagules de palétuviers)...

 DIDILAC : DIversité et DIspersion des LArves de poissons de récif de la Caraïbe (2020-2021) 

Le projet DIDILAC (porté par Charlotte Dromard de l'équipe RECAP) est une approche pluridisciplinaire visant à étudier le recrutement des post-larves de poissons récifaux sur les récifs de la Caraïbe, avec trois objectifs principaux : 1) évaluer la composition et la diversité de la communauté larvaire par une approche métagénomique, 2) estimer la durée de vie pélagique des larves de deux espèces modèles par une approche sclérochronologique, 3) définir l’influence des courants marins sur le recrutement larvaire par une approche micro-courantologique ».

ContactYann.Frejaville@gmail.com