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Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !
- Anne Mouget, doctorante, a rejoint l'équipe BIOPAC, au CRESCO/MNHN à Dinard le 1er mars 2021 ; elle effectuera sa thèse sous la supervision de Eric Feunteun (MNHN/BOREA), Anthony Acou (UMS PatriNat), Patrice Brehmer (IRD).
Titre du projet scientifique : « ECOPPIN : Evaluation des COmmunautés de Poissons Pélagiques et développement d’INdicateurs des écosystèmes marins côtiers »
« L’acoustique halieutique est aujourd’hui largement utilisé pour l’évaluation des stocks (Brehmer et al., 2006; Doray et al., 2010). Cependant les indicateurs utilisés ne permettent pas toujours de répondre à d’autres problématiques, comme le fonctionnement des écosystèmes, leur surveillance ou leurs liens avec les modifications de l’environnement. Notre étude a pour objectif de développer des indicateurs efficaces pour évaluer et suivre l’état de santé d’écosystèmes côtiers et ultra-côtiers variés. Notre travail s’articulera en trois volets : la mise en place des descripteurs ; la validation de leur efficacité avec le jeu de données du projet PREFACE (Enhancing Prediction of Tropical Atlantic Climate and its Impacts ; Commission européenne FP7); leur application dans le projet ACaPELA (Méthodologie de surveillance hydroacoustique des poissons et céphalopodes côtiers dans le cadre de la DCSMM, projet FEAMP).
Le premier volet du travail doctoral portera sur la mise en place et la validation de descripteurs efficaces pour l’évaluation, la compréhension et le suivi des écosystèmes. Ces descripteurs permettront d’appréhender des liens entre les écosystèmes et leur environnement, et notamment les impacts du changement climatique, de la surpêche et des différentes autres pressions anthropiques. La mise en place de ces descripteurs s’adossera au jeu de données de l’Océan l’Atlantique tropical qui offre un jeu de données unique pour l’Océan l’Atlantique tropicale, sur 3 écosystèmes contrastés et sur plusieurs années. Les descripteurs seront particulièrement focalisés sur les petits pélagiques ainsi que les SSLs (Sound Scattering Layer) (Béhagle, 2015; Diogoul et al., 2020, 2019).
Le second volet de thèse validera le choix de ces descripteurs en les appliquant au jeu de données de l’Océan l’Atlantique tropical afin d’améliorer la compréhension des différents écosystèmes étudiés. Ces données sont focalisées sur l’Atlantique tropical qui a connu des changements climatiques persistants au cours du siècle dernier, ainsi que des changements multi-décennaux prononcés (Demarcq et al., 2018). Les pays africains bordant l'Atlantique dépendent fortement de leur océan pour le développement de la société, la pêche et le tourisme (Lancker et al., 2019). Ils ont été fortement affectés par ces changements climatiques et devront faire face à d'importantes adaptations associées aux futurs changements mondiaux. Les trois LMEs (Large Marine Ecosystem) d’Afrique de l’Ouest sont prises en compte : le Canary Current LME, le Benguela Current LME et le Guinea Current LME avec des données enregistrées sur 15 ans. Les descripteurs seront efficaces pour discriminer les différents écosystèmes, comparer et étudier leur fonctionnement respectif et permettre un suivi dans le temps en lien avec des données physiques, environnementales et les gradients de pression anthropique.
Le dernier volet appliquera les descripteurs préalablement validés au projet ACaPELA qui, dans le cadre de la DCSMM (Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin), « vise l’atteinte et/ou le maintien du bon état écologique des différents écosystèmes marins ». Ce projet a pour objectif de venir compléter les campagnes halieutiques actuelles grâce à un protocole et un matériel adapté au travail en faibles profondeurs. Le matériel acoustique est composé d’un EK80 (Simrad, 2018) et d’un sonar multifaisceaux à haute fréquence (Mezotech Simrad M3, 500 kHz) (Kongsberg, 2019). Les données acoustiques sont complétées par des données de pêches, de plongée et de systèmes optique. Ce travail nécessite la mise au point d’un protocole d’acquisition des données et d’une méthodologie ad hoc pour leur traitement. L’utilisation en routine de ces méthodologies permettra de compléter les campagnes halieutiques déjà existantes sur des zones plus importantes du plateau et les descripteurs permettront une analyse plus globale et un suivi de l’état des écosystèmes en fonction de gradients d’environnement et de pression afin de répondre aux objectifs de la DCSMM.
Plus spécifiquement notre travail a aussi pour objectif l’établissement de descripteurs pour optimiser l’utilisation des données acoustiques afin d’évaluer et d’assurer un suivi de l’état des écosystèmes côtiers et ultra-côtiers dans deux systèmes différents : le talus continental en Afrique de l’Ouest et la frange ultra-côtière en Bretagne Nord ».
Contact : anne.mouget@mnhn.fr
- Caroline Doose, a rejoint l'équipe SOMAQUA, en tant que chercheure contractuelle le 1er février 2021, à la Station de biologie marine/MNHN de Concarneau, sous la responsabilité de Cédric Hubas.
« Les biofilms sont des communautés de microorganismes appartenant à divers taxons (bactéries, champignons, algue et microméiofaune…) qui sont entourés d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). Les difficultés rencontrées pour éradiquer le biofilm, notamment dans le contexte de l’industrie navale, sont souvent attribuées à la production de cette matrice d’EPS, jouant un véritable rôle de forteresse contre les agressions extérieures. La variété des stratégies d’adaptation des microorganismes, notamment aux antibiotiques, leur confère également une grande résistance.
Dans ce contexte il est donc important d’identifier des stratégies empêchant la formation du biofilm ou induisant sa dispersion et n’ayant pas d’effet néfastes sur l’environnement. Ainsi, notre projet s’intéresse plus particulièrement aux méthodes de dispersions passives apportées par les dernières avancées dans le domaine de la photonique, permettant la destruction du biofilm tout en assurant peu ou pas d’effet sur les écosystèmes marins.
Ainsi, les effets de plusieurs types de radiations (lumineuse, ionisante ou non) sur le biofilm, sa structure et son fonctionnement seront étudiés. Les changements induits, notamment au niveau de son métabolome et de sa photo-physiologie pourront être suivies grâce à diverses techniques analytiques telles que la GC et LC-MS. Les outils de biologie moléculaire tels que les NGS nous permettrons également de suivre les potentiels changements de structure taxonomique et d’expression du biofilm associés aux différentes radiations testées ».
Contact : caroline.doose@mnhn.fr
- Hélène Bouras, doctorante, est arrivée au sein de l'équipe PHYPAQ à l'Université de Caen Normandie le 1er février 2021, supervisée par Céline Zatylny-Gaudin (BOREA, Caen) et Maryline Houssin (Labéo, St-Contest ; BOREA, Caen).
Titre du projet scientifique : « Emergence de pathogènes chez les bivalves : vers une meilleure compréhension des maladies et vers un développement des méthodes de gestion »
« La conchyliculture est un secteur important des côtes françaises et est mis à rude épreuves depuis plusieurs années à causes de mortalités importantes et répétées, particulièrement sur les huitres et les moules. Des surmortalités de moules (Mytilus edulis) ont d’abord été observées en Charente à partir de 2014 puis se sont étendues au pays de la Loire, à la Bretagne et même en Normandie et en Hauts-de-France ces dernières années. La causalité de ces surmortalités n’est à ce jour pas établie mais une bactérie pour la première fois détectée en France (Francisella halioticida) semble être une piste intéressante. Cette bactérie a été identifiée comme responsable de mortalités chez l’ormeau, Haliotis gigantea au Japon et la coquille St Jacques japonaise, Pectinopecten yessoensis au Japon et au Canada. D’autres bivalves ont également connus des épisodes de surmortalités en France comme la palourde (Ruditapes philippinarum) à l’automne 2016 et la coquille St-Jacques (Pecten Maximus) en 2018.
La gestion des maladies chez les mollusques est compliquée du fait de l’absence d’immunité acquise chez ces organismes et de leur contact direct avec le milieu environnant. En l’absence de prévention et de plan de gestion des maladies, l’avenir du secteur conchylicole en Normandie reste préoccupant. C’est pourquoi il est absolument nécessaire de comprendre, expliquer et tenter de lutter contre les épidémies en développant des outils de diagnostic fiables et adaptés, ainsi que des méthodes de gestion optimisées pour assurer la biosécurité chez les mollusques bivalves.
Pour répondre à ces besoins, cette thèse s’appuie sur deux grands axes : 1/ Approfondir les connaissances scientifiques sur les maladies des mollusques bivalves. Une priorité sera donnée à l’étude de la pathogénicité de F. halioticida sur les moules M. edulis grâce à une étude en milieu contrôlé. La relation hôte-pathogène sera étudiée (approche transcriptomique, protéomique et peptidomique) afin d’acquérir une compréhension plus approfondie du mécanisme d’infection et de la réaction immunitaire de l’hôte suivant l’infection. Une étude rétrospective des outils diagnostics utilisés lors d’épisodes de surmortalité sera également effectué afin de proposer un axe d’optimisation de ces méthodes. 2/ Mettre en place un plan de prévention, de gestion, voire de lutte contre ces maladies. Pour cela, l’exploitation des connaissances obtenues lors des études du premier axe pourrait permettre de proposer des méthodes de diagnostics rapides et fiables. Mais aussi potentiellement de mettre en place un réseau de surveillance par rapport à ces maladies conchylicoles en Normandie ».
Contact : helene.bouras@unicaen.fr
- Léa Vignaud, doctorante, a rejoint l’équipe RECAP, le 1e janvier 2021. Elle effectue sa thèse à l'Université des Antilles, co-encadrée par David Leccini (EPHE, CRIOBE) et Charlotte Dromard.
Titre du projet scientifique : « Recruitment and metamorphosis of reef fish post-larvae facing coastal anthropization in the Caribbean »
« Larval recruitment is an ecological process that corresponds to the return of post-larvae to the reef, after having undergone a pelagic phase. Once installed on the reef, they will undergo numerous physiological and morphological changes, corresponding to their metamorphosis, which is a primordial stage for their survival at this initial stage of their life. The aim of this thesis project is to study the metamorphosis of post-larvae during recruitment, and more particularly in relation to their nutrition, on six study sites that are contrasted in terms of anthropogenic impacts.During the first part of the thesis, a spatio-temporal study of the recruitment of post-larvae will be carried out in order to identify recruitment peaks during the year. We will also try to determine their larval life span (sclerochronology) The second part of the thesis will focus on the study of the metamorphosis of post-larvae in relation to their nutrition through: morphology (jaw and digestive system), isotopic niches, microbiology (intestinal microbial communities) and the study of hormones (thyroid hormones and glucocorticoids). Finally, the last part of the thesis will concern an in situ "transplantation" experiment allowing to follow the nutritional metamorphosis during radical changes in environmental conditions.The expected results of this thesis, funded by the LabEx CORAIL, are to relate the influence of anthropogenic pressures on the life traits of young recruits, which are essential for the renewal of the stocks of adult populations ».
Contact : lea.vignaud2@gmail.com
- Alexandre Carpentier, maître de conférences à l'Université de Rennes, a rejoint l’équipe BIOPAC le 1e janvier 2021 au CRESCO MNHN Dinard.
Titre du projet scientifique : « Ecologie fonctionnelle des relations poissons-habitats sur le continuum terre-mer »
« Mes recherches portent sur la caractérisation du fonctionnement des habitats marins côtiers en général et leurs fonctions pour l’ichtyofaune en particulier, dans le contexte des changements globaux et de la biologie de la conservation. Les stratégies individuelles, les capacités de dispersion des espèces et la description des réseaux trophiques sont les principaux traits biologiques utilisés afin d’évaluer la qualité des habitats écologiques essentiels et leur degré de connectivité. Pour cela nous étudions différents traceurs biologiques comme les isotopes stables et la microchimie des otolithes ainsi que les traits fonctionnels ou encore la sclérochronologie. Les modèles sont les espèces amphihalines (anguilles, mulets, flet), les espèces côtières (lançons, bar) mais aussi les communautés d’élasmobranches et en particulier les rajidés. Les habitats spécifiques sont les marais salés, les vasières, les estuaires tempérés, tropicaux, les côtes rocheuses ».
Contact : alexandre.carpentier@univ-rennes1.fr