Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Réunions / Informations internes 7 juin 2022

Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

 

  • Fanjamalala Rajaonalison est ingénieure d'étude contractuelle au sein de l'équipe BIOPAC au MNHN Paris, depuis le 9 mai 2022, sous la responsabilité de Clara Péron.

Titre du projet scientifique :  « Analyse de données issues du programme d'observation écosystémique des pêcheries australes ».

« Biostatisticienne, je m'occupe de l'analyse des données issues du programme d’observation écosystémique des pêcheries australes (POEPA). Je contribue à diverses études (évaluations de stocks de ressources exploitées, écosystèmes marins vulnérables, limitation de l'impact écosystémique des pêches), en tant que support en statistique et en modélisation. Je participe également à l’élaboration des plans d’échantillonnage pour les campagnes scientifiques/halieutiques ».

Contact fanjamalala.ravelojaona@mnhn.fr

 

  • Pierre Le Moal, ingénieur d'étude contractuel, a rejoint l'équipe SOMAQUA, au MNHN Paris, le 2 mai 2022, sous la responsabilité de Tarik Meziane.

Titre du projet scientifique :  « Etude des sources et du devenir de la matière organique dans les milieux aquatiques ».

« L’équipe SOMAQUA possède une plateforme d’analyse d'acides gras, dont j’ai la charge. En tant qu’ingénieur d’étude, j’assure la maintenance et le bon fonctionnement des chromatographes et des spectromètres de masse. J’apporte mon soutien au développement des protocoles et à l’interprétation des résultats. Je participe également à la formation technique des étudiants et chercheurs et à les sensibiliser aux règles d’hygiène et de sécurité. Dans le cadre de ma mission, je suis également appelé à participer aux campagnes d’échantillonnages pour la logistique, le transport du matériel et le travail sur le terrain ».

Contact pierre.le-moal@mnhn.fr

 

  • Elisabeth Riera, chercheure contractuelle, a rejoint l'équipe SOMAQUA, à la station marine de Concarneau, au 1e mai, sous la responsabilité de Cédric Hubas.

Titre du projet scientifique :  « Eco-Béton de Sédiments Marins (EBSM) ».

« Mes travaux de recherche portent sur les récifs artificiels. J’utilise les principes de l’ingénierie écologique et des solutions basées sur la nature afin d’aider à produire des structures hybrides contribuant à améliorer la biodiversité et les services écosystémiques d’habitat côtiers dégradés. J’ai utilisé diverses méthodes du domaine de la biochimie, de la biologie moléculaire, de l’imagerie hyperspectrale ou encore de la modélisation 3D pour mettre au point des outils permettant d’évaluer leur efficacité dès les premières phases de conception jusqu’à leur colonisation du biofilm jusqu’aux espèces mobiles ».

Contact : Elisabeth.Riera@unice.fr

 

  • Roberto Carlos Arredondo-Espinoza, post-doctorant, a rejoint l'équipe EMERGE, le 4 avril 2022, à l'Université de Caen Normandie à Caen, encadré par Guillaume Rivière.

Titre du projet scientifique : « Structure de la CHromatine, Environnement et Méthylation des Acides nucléiques chez l'Huître (SCHEMAh) ».

« Mon post-doctorat s’inscrit dans le développement et l’exploitation d’approches moléculaires innovantes dans le cadre du projet SCHEMAh (Chromatin Accessibility Assay, ATAC-seq, Nanopore sequencing). Je vais notamment réaliser des analyses bioinformatiques des données générées par les méthodologies de séquençage à haut débit entreprises dans le cadre du projet (RNA-seq, Methyl-seq, m6A-RNA-seq, ATAC-seq).

Les connaissances fondamentales pionnières apportées par ce projet constituent un atout fort pour comprendre l'adaptation de l'huître C. gigas, un modèle d'intérêt scientifique majeur et une composante clé de l'écosystème côtier normand, et plus généralement des espèces, face au changement global ».

Contact : roberto-carlos.arredono-espinoza@unicaen.fr

 

  • Marion Vial, doctorante, a rejoint l'équipe RECAP, le 1e avril 2022, à l'Université de Caen Normandie, encadrée par Christelle Caplat (BOREA) et Olivier Basuyaux (SMEL).

Titre du projet scientifique : « Développement d’un consortium normalisé de biosalissures en milieu marin ».

« Dans un contexte d’expansion de la conquête des océans et de l’utilisation des ressources marines dans le cadre de l’économie bleue, les structures maritimes se font de plus en plus nombreuses. En contact avec le milieu marin, ces structures sont soumises au développement de biosalissures, une accumulation de micro et macro-organismes qui sont responsables de nombreux problèmes. Ces problèmes sont d’ordre financier et environnemental. En effet, l’accumulation de matière organique sur les structures va impacter la consommation énergétique de celles-ci (notamment des navires et sous-marins) et les opérations de maintenance, très couteuses, afin d’éviter la bio détérioration des structures. C’est un gouffre financier déjà remarqué par la marine aux Etats-Unis depuis le début du siècle. Le second problème est environnemental, en effet, les matériaux sont colonisés dans certains cas par des espèces invasives. Les navires, en voyageant, peuvent transporter dans différentes masses d’eau des espèces qui n’étaient pas présentes dans le milieu, et qui peuvent conduire à une catastrophe écologique, reproduisant les invasions bien connues liées aux eaux de ballastes (Cténophore Beroe en Méditerranée). L’autre aspect du problème environnemental du biofouling est lié à la pollution. De nombreuses méthodes existent afin de limiter la bio colonisation des matériaux, le plus souvent utilisant des revêtements antifouling à base de cuivre ou d’argent, mais aussi des biocides. Ces antifouling sont relâchés dans l’environnement et peuvent avoir un impact important sur le développement, la reproduction ou encore le cycle de vie complet d’espèces marines.

 C’est à la suite de ces études que le projet BIOSTEM a été pensé. Mon projet de thèse, qui s’inscrit dans ce projet mené par la société CORRODYS, a un but économique et industriel, mais aussi environnemental. L’objectif principal de ces travaux est de développer un consortium de biosalissures normalisé en milieu marin afin de pouvoir tester préalablement des matériaux antifouling afin de vérifier leur efficacité et à terme leur toxicité. Ce consortium sera pensé afin de présenter les espèces colonisatrices communes que l’on retrouve dans toutes les masses d’eau, afin que l’on puisse tester des matériaux en modélisant la réponse de l’environnement quel que soit l’endroit géographique de l’immersion. Ce projet sera divisé en trois axes : 1) Caractérisation des milieux et identification des espèces bio colonisatrices de revêtements utilisés dans le milieu naval dans différents ports de la Manche, 2) Isolation et culture d’organismes représentatifs des biosalissures pour recréer en laboratoire un consortium, 3) Sélection du consortium et test de matériaux. L’objectif final de la thèse sera de pouvoir proposer aux industriels souhaitant tester leurs revêtements antifouling grâce à un mésocosme fonctionnel présentant des espèces bio colonisatrices allant du micro au macro-organismes, qui puisse permettre de simuler l’impact de l’environnement marin sur le revêtement et vice et versa. 

Mots clés : consortium normalisé ; biosalissures marines ; revêtement anti-fouling ».

Contactmvial@corrodys.com

 

  • Nesrine Zitouni est post-doctorante, dans l'équipe RECAP, à l'Université de Caen Normandie, à Caen depuis le 21 mars 2022, sous la responsabilité de Christelle Caplat.

Titre du projet scientifique : « Projet ECOCAP.  Analyse écotoxicologique des protections cathodiques pour évaluer le risque chimique des éléments libérés par les anodes galvaniques et les protections à courant imposé sur le milieu marin et ses réseaux trophiques ».

« L'utilisation de protections anticorrosion, telles que les protections cathodiques à base d’anodes galvaniques (GACP) ou les protections cathodiques à courant imposé (ICCP), associée à une peinture anticorrosion, est une méthode efficace pour prévenir la corrosion des structures métalliques immergées. Ces protections sont utilisées dans tous les secteurs industriels en milieu marin, que ce soit dans les zones portuaires, sur les navires de transport ou sur les plates-formes d'extraction de pétrole et de gaz offshore. Cependant, L’oxydation des métaux qui composent les anodes, généralement à base majoritaire de magnésium, de zinc ou d'aluminium peut provoquer la diffusion d'éléments métalliques sous forme d'ions ou d'oxydes pour la GACP ou peut conduire à la production de substances chlorées et bromées pour l’ICCP dans le milieu marin. De plus, les peintures anticorrosion peuvent être couplées aux protections cathodiques pour augmenter la protection des structures immergées et donc l'occurrence du risque environnemental de ses substances chimiques qui les constituent. Dans ce contexte, l'objectif principal du projet ECOCAP est de produire une base de connaissances sur les impacts environnementaux potentiels des protections cathodiques et des revêtements anticorrosion sur le milieu marin et ses réseaux trophiques ».

Contactnesrine.zitouni@unicaen.fr

 

  • Grégoire Maniel, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe SOMAQUA, au MNHN Paris, le 4 janvier 2022, sous la responsabilité de Eric Goberville.

Titre du projet scientifique :  « MOSCECO :  Modélisation, Scénarisation et Connectivité de la biodiversité benthique de Guadeloupe et de Martinique ».

« Les expéditions du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) génère un volume conséquent de données d’occurrences de spécimens. Le travail taxonomique du MNHN permet par la suite d’attribuer une identité taxonomique à chaque spécimen. De part la magnitude de l’échantillonnage et la robustesse de la donnée taxonomique, la base de données d’occurrences d’espèces constituée par le Muséum constitue le standard dorée en sciences de la biodiversité.

Les données provenant des collections naturalistes constituent le socle pour de nombreuses autres disciplines en écologie (biogéographie, écologie fonctionnelle, écologie de la conservation…). Mon travail consiste à mobiliser les données d’inventaire taxonomiques pour répondre à des questions en écologie, notamment à travers le projet Modélisation, Scénarisation et Connectivité de la biodiversité benthique de Guadeloupe et de Martinique (MOSCECO).

Ce contrat financé par l’OFB comprend trois axes reposant sur les occurrences de deux taxons marins benthiques (Muricidae et Majoidea) collectés lors des expéditions Karubenthos 2012 & 2014 et Madibenthos 2016 :

La modélisation de la distribution des espèces grâce à l’utilisation de modèles de distribution d’espèces conjointes (SDM) ;

La caractérisation de la connectivité des communautés benthiques par utilisation de réseaux de co-occurrences ;

L’évaluation des conséquences de l’altération de variables environnementales sur les distributions (axe 1) et la connectivité (axe 2) des espèces.

Au données d’inventaires s’ajoutent des jeux de données existants (typologie des habitats de Martinique) et à mettre en place (activités et pression anthropiques côtières de Guadeloupe et de Martinique) ».

Contact : gregoire.maniel@mnhn.fr

 

  • Thomas Sol Dourdin a intégré l'équipe EMERGE de BOREA en tant que doctorant au 1e janvier 2022,  à  l'Université de Caen Normandie, à Caen, sous la direction de Guillaume Rivière.

Titre du projet scientifique : « Effets intergénérationnels d’ une exposition précoce à un cocktail de pesticides chez l’ huître creuse, Crassostrea gigas ».

« Les pesticides font partie des nombreuses substances chimiques d’origine anthropique retrouvées dans les eaux côtières. Présents en multitude et à des concentrations généralement faibles, ils participent de la contamination chronique des écosystèmes côtiers. Les organismes à fécondation externe, comme l’huître creuse (Crassostrea gigas), exposent leurs premiers stades de vie aux perturbations exogènes et il est aujourd’hui admis que les stades de développement précoces constituent des fenêtres de sensibilité élevée aux , postdoctstress environnementaux. Les altérations observées sont présentes depuis l’échelle moléculaire jusqu’à l’échelle de l’organisme, en passant par tous les niveaux d’intégration intermédiaires, et peuvent se répercuter sur l’ensemble du cycle de vie ainsi que dans la descendance. Des travaux récents ont ainsi mis en évidence le rôle potentiel des modifications épigénétiques environnementalement induites dans la transmission héréditaire de ces altérations. Cependant, l’écotoxicologie s’est, jusqu’à récemment, prioritairement intéressée aux effets de pesticides seuls et à des concentrations souvent élevées, limitant ainsi la pertinence environnementale des résultats obtenus.

Mes recherches ont donc pour but de comprendre les effets de la contamination environnementale par les pesticides sur les invertébrés marins, en prenant pour cas d’étude l’huître creuse dont les caractéristiques écologiques (filtreur, benthique, sessile, fécondation externe) en ont fait un modèle très utilisé en écotoxicologie. Deux questions principales structurent ce travail :

Quels sont les effets d'une exposition précoce à un mélange de polluants sur le cycle de vie d'un organisme (recrutement larvaire, croissance, reproduction, expression génique et épigénétique) ?

Ces effets persistent-ils dans la progéniture des animaux exposés ; peut-on observer une adaptation chez les descendants des organismes exposés s'ils sont à leur tour exposés au même stress ?

Nous utilisons, pour répondre à ces questions, une démarche expérimentale couvrant trois générations successives exposées à un cocktail de 18 pesticides pendant les 48 premières heures de leur développement. Ces générations sont suivies tout au long de leur cycle de vie par des approches moléculaires (RNAseq, methylseq) et phénotypiques (croissance, métamorphose, reproduction, …) ».

Contact thomas.sol.dourdin@ifremer.fr