Bienvenue aux nouveaux entrants du laboratoire BOREA

Réunions / Informations internes 4 oct 2024

Bienvenue aux nouveaux entrants du laboratoire BOREA

MNHN

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

depuis  juin 2024

  • Clara Massinot, ingénieure contractuelle, a rejoint l'équipe RECAP, à l'Université de Caen Normandie, le 1e juin 2024, sous la responsabilité de Pascal Claquin. 

Titre du projet scientifique :  «  Projet DYSTRO-B  ».

« L'eutrophisation côtière causée par les apports anthropiques de nutriments est l'une des plus grandes menaces pour la santé des écosystèmes estuariens et côtiers dans le monde. Cette problématique reflète un enjeu global qui génère de très nombreux travaux dans un contexte de réchauffement généralisé des eaux, ce qui renforce les conséquences de l’eutrophisation. Cet enjeu à l’échelle globale relève de forçages et de pressions anthropiques locales, qui sont à la fois dépendantes des caractéristiques des écosystèmes locaux (morphologie du trait de côte, courants, profondeur, turbidité, bassin versant, etc.) ainsi que de l’environnement socioéconomique de la zone littorale et des bassins versants.

En effet, à l’interface des provinces terrestres et marines, les écosystèmes côtiers et estuariens promeuvent une forte productivité biologique et les services écologiques qui y sont associés. De par leur position d’interface, ces écosystèmes concentrent également les pressions liées aux activités humaines, qui mettent en danger leur fonctionnement et leur capacité à soutenir les services qu’ils offrent. Parmi les différentes perturbations d’origine anthropique qui affectent les écosystèmes côtiers, les activités agricoles et les rejets d’eaux usées entraînent des apports massifs d’éléments nutritifs comme l'azote (N) et le phosphore (P). L’apport excessif de ces derniers est à l’origine de l’eutrophisation, qui se traduit par une augmentation importante de la biomasse des producteurs primaires, comme les microalgues planctoniques, constituant l’un des effets les plus communément observés, en Manche et dans d'autres régions du globe.

Ce projet vise à qualifier et quantifier l'impact de la dystrophie, selon une approche multiéchelle, dans un contexte de réchauffement significatif des eaux, sur la structure et la composition des communautés phytoplanctoniques (diversité spécifique, fonctionnelle, structure en taille, etc.) et les conséquences sur la production primaire pélagique et les flux de carbone associés. Une analyse rétrospective de séries d'observations in situ sera réalisée en association à une approche expérimentale qui couplera des travaux en microcosmes sur des communautés naturelles issues de trois sites de la baie de Seine, à des études sur des cultures monoclonales isolées en Manche appartenant aux principales lignées et aux différentes classes de taille des communautés de la baie ».

Contactclara.massinot@unicaen.fr

 

  • Marina Morini, lauréate de l'appel à post-doctorat "Marie Sklodowska Curie Actions - Seal of Excellence" de Sorbonne Université, a rejoint l'équipe EVOREG, au MNHN Paris, au 1er Juin 2024, sous la responsabilité de Sylvie Dufour.

Titre du projet scientifique :  «  Evolution des familles de thermorécepteurs TRP chez les métazoaires » (EvoThermoRec), projet en collaboration avec l'Université Polytechnique de Valencia, Espagne, l'Université d'Uppsala, Suède et le Centre Scientifique de Monaco.

« Global warming is an increasing threat to wildlife and aquatic organisms are particularly vulnerable to temperature changes. As highlighted by the 2021 Nobel Prize, TRP channels constitute a superfamily of receptors involved in sensory functions, including thermosensing. This discovery focused mainly on mammals and very little data is yet available in other metazoans. The EvoThermoRec project will investigate the evolutionary scenarios of TRP families across metazoans and study the regulation of TRP expression in non-conventional aquatic model organisms within key-phylogenetic positions. It will implement interdisciplinary approaches ranging from molecular phylogeny and synteny, to gene expression and ecophysiology. It will include experimental investigation on specific non-bilaterian and bilaterian representative aquatic species of phylogenetical, biological, ecological and socioeconomic interest, such as cnidarian (corals), cephalopod (cuttlefish) and teleost (eel). The objectives are: retrace by phylogenetic and synteny analyses the evolutionary scenarios of TRP families in metazoans and provide in silico information on structure-function relationships; investigate in chosen models the tissue distribution of the expression of TRP paralogs, explore how temperature affects their expression in vivo, and correlate the variations in TRP expression under the effect of temperature with physiological parameters studied by the host team and its collaborators. This project will provide necessary information on TRP repertoires according to metazoan lineages and clarify the nomenclature of TRP genes across metazoans. It will open new avenues for basic and applied research on temperature sensing in metazoans ».

Contactmarina.morini@gmail.com

 

  • Amaël Dupaix, chercheur contractuel, a intégré l'équipe BIOPAC, au MNHN Paris, le 1e août 2024.

Titre du projet scientifique :  « Modélisation halieutique des pêcheries australes ».

« Mes travaux de recherche au sein du MNHN portent sur la dynamique des populations halieutiques australes dans la ZEE de Saint-Paul et Amsterdam ainsi que sur les implications en termes de gestion de cette ressource. Plus particulièrement, je cherche à évaluer l’impact de la pêche sur les populations de langouste de Saint-Paul (Jasus paulensis) en intégrant des données de pêches et de campagnes scientifiques. Une part importante de mon travail est le développement d’outils méthodologiques pour permettre une meilleure évaluation de ces stocks et la mise en place d’une gestion écosystémique des pêches ».

Contactamael.dupaix@mnhn.fr    

 

  • Roxane Ory, a rejoint l'équipe SOMAQUA, au MNHN Paris, en tant que chercheure contractuelle, le 1septembre 2024, sous la responsabilité de Gwenaël Abril.
Titre du projet scientifique :  « Projet Carbonium sur la compréhension et la quantification des stocks et des échanges de gaz à effet de serre dans les estuaires ».
« Je travaille au laboratoire BOREA pour le projet CARBONIUM sur la compréhension et la quantification des stocks et des échanges de gaz à effet de serre dans les estuaires. En tant qu’ingénieure d’étude, je suis chargée de la mise en place de systèmes de mesure de pression dans les estuaires : par un système d’équilibrateur à billes pour le CO2, et par chromatographie gazeuse pour le CH4 et le N2O. Ces techniques de mesures permettront l’enrichissement de bases de données et pourront être employées sur les rivières, les lacs ou autres eaux douces, contribuant ainsi à une meilleure connaissance globale du cycle du carbone dans le continuum terre-eau ».

Contact roxane.ory@mnhn.fr    

 

  • Leandro Teixieira, est doctorant dans l'équipe AMEX, co-encadré par Bruce Shillito et Nelia Mestre (Université d'Algarve), depuis le 1e septembre 2024.

Titre du projet scientifique :  « Effets écotoxicologiques des particules de cuivre et de sulfures minéraux chez les crevettes des sources hydrothermales de la dorsale médio-atlantique ».

« L'exploitation minière en eaux profondes pourrait devenir la prochaine grande industrie extractive, axée sur l'exploration des ressources métalliques. Au cours de l'exploitation minière en eaux profondes, les métaux sont libérés des panaches de sédiments et passent en solution, restant en suspension pendant des heures en raison de la taille fine des sédiments. Les organismes présentent des effets mixtes en présence de mélanges de métaux, ce qui rend très difficile de prédire comment les organismes peuvent réagir pendant les activités d’extraction. Rimicaris exoculata et Mirocaris fortunata sont des espèces de crevettes essentielles pour l'étude de la toxicité et de l'adaptation aux sources hydrothermales profondes, mais les connaissances restent lacunaires. Cette étude portera sur la toxicité des poussières de Cu et de sulfure provenant des sites hydrothermaux de la dorsale médio-atlantique (MAR) pour les crevettes d'eau profonde. La tolérance aux expositions sera évaluée par des techniques chimiques, biochimiques et d'expression génétique. L'équipe vise à produire des données pertinentes qui pourront être utilisées par les décideurs politiques pour élaborer les meilleures réglementations en matière d'exploration (et d'exploitation) des ressources minérales profondes ».

Contact ltmarinho@ualg.pt    

 

  • Hélène Bouras a été recrutée sur un poste d'ATER (Attachée temporaire d'enseignement et de recherche) à l'Université de Caen Normandie, à Caen, au sein de l'équipe PHYPAQ, depuis le 1e septembre 2024.

Titre du projet scientifique :  « Etude de la relation hôte-pathogène entre la moule bleue Mytilus sp. et Francisella halioticida ».

« Depuis 2014, des mortalités massives de la moule marine Mytilus sp. sont observées en France. La bactérie Francisella halioticida a été proposée comme cause potentielle de ces mortalités, en raison de son effet létal sur les ormeaux et les pétoncles du Japon. Lors de mon projet doctoral, nous avons isolé et caractérisé, phénotypiquement et génétiquement, cinq souches de F. halioticida provenant de moules. La détermination de la virulence a permis de mettre en avant la présence d’une virulence variable entre les isolats dont deux étant très virulents, FR22c et FR22d. Dans le cadre de la compréhension du développement de la francisellose, la réponse immunitaire globale des moules a été étudiée en utilisant une souche à faible virulence, FR21, et une souche hautement virulente, FR22c. Dans cette première approche globale visant à étudier la réponse d'un invertébré à une espèce de Francisella pathogène, l’hémolymphe a été utilisée. L'utilisation de la transcriptomique et de la protéomique a permis de mieux comprendre la réponse des moules et de commencer à identifier certains facteurs potentiels pouvant influencer la résistance à la maladie. Une étude préliminaire d'identification in silico des peptides antimicrobiens a été réalisée sur deux peptides, les myticines et les myticusines, issus du transcriptome global. Cette étude a permis de détecter et d'identifier les premières myticusines en dehors de l'espèce M. coruscus. Durant ce contrat, je vais approfondir les résultats acquis lors de mon projet doctoral en me concentrant notamment sur la partie de la relation hôte-pathogène (étude de la réponse dans les branchies, études des variations du microbiote de la moule lors de la mise en contact avec F. halioticida, gènes de virulences exprimés par F. halioticida, détection et identification des peptides antimicrobiens) ».

Contacthelene.bouras@unicaen.fr

 

  • Nathan Morandi est doctorant au sein de l'équipe ECOFUNC, à l'Université de Caen Normandie, encadré par Benoît Véron, depuis le 1e octobre 2024.

Titre du projet scientifique : « VIRPAV, Virus Infectants les Pavlovophycées, microalgues d’intérêt aquacole  ».

« Les virus infestant les algues phytoplanctoniques sont connus pour déclencher et/ou accélérer la fin des proliférations de ces algues en milieu naturel (Flynn et al. 2022). La connaissance de ces virus est très parcellaire et leur diversité́ semble être plus vaste qu’imaginée il y a encore quelques années. Outre la spécificité́ hôte-virus qui n’est pas avérée, les mécanismes d’infestation et les modes d’action des virus restent très peu documentés. Des observations récentes (Véron et al. 2023) mettent en évidence la présence de particules virales dans des cellules au sein d’un nouveau groupe d’algues, les Pavlovophycées, préalablement réputé non-infesté par des virus (Sandaa et al. 2022). Ces algues unicellulaires sont cultivées pour le nourrissage des jeunes stades larvaires de mollusques (Ponis et al. 2006a,b). Des cultures de production de biomasse également à des fins d’extraction de molécules d’intérêt, le maintien en phase stationnaire de croissance est rarement réalisable sur des périodes de plusieurs mois, imposant aux professionnels des rotations de cultures discontinues et in fine une production erratique entrainant des surcoûts et des incertitudes de production. Par ailleurs, commencent à se faire jour des corrélations entre les réchauffements des masses d’eau et l’infestation virale des cellules phytoplanctoniques. Ce dernier point restant à lier aux effets révélés du réchauffement climatique sur les virus marins (Danovaro et al. 2011, Demory et al. 2017).

Contact nathanmorandi@gmail.com    

 

  • Fernando Costa Tempera, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe SOMAQUA, le 1e  octobre 2024, au MNHN Paris.

Titre du projet scientifique : «​ Projet CARTHAB. Développement d'une méthode opérationnelle permettant de produire une cartographie multi source exhaustive des habitats benthiques couvrant l'ensemble de la ZEE française métropolitaine ».

« Fernando travaillera sur le développement d’une méthode opérationnelle permettant de produire une cartographie multi-source des habitats benthiques couvrant de façon exhaustive l’espace maritime métropolitain. L’outil devra structurer, harmoniser et automatiser le traitement de données de façon à pourvoir à la volée des cartographies actualisées et optimisées. Ceux-ci alimenteront, entre autres, les modèles de calcul spatialisé du risque d'effets cumulés découlant des multiples pressions anthropiques incidents sur les écosystèmes marins. Ce travail s'inscrit dans l’objectif de BOREA de pourvoir des éléments de connaissance et des outils concrètes de support à la décision dans le contexte des défis sociétaux actuels. Il bénéficie de la convention de subvention « CARTHAB » signée entre l’Office Français de la Biodiversité et Sorbonne Université. Fernando détient un doctorat en Géographie et Géosciences de l’Université de St. Andrews (Royaume-Uni) et un Masters en Biologie marine de l’Université de Lisbonne (Portugal). Ses recherches précédentes ont porté sur la cartographie des habitats benthiques marins, la modélisation statistique et le catalogage de la biodiversité marine, souvent en lien avec des enjeux de conservation environnemental.

Sa carrière scientifique lui a donné une perspective généraliste de la biodiversité de l’Atlantique nord-est, des milieux intertidaux aux grands fonds marins. Dans ce cadre, il a participé à de nombreuses campagnes scientifiques en mer qui ont abouti à la description de nouveaux habitats et à des plans de gestion pour divers sites Natura 2000 et des aires marines protégées OSPAR en Macaronésie. Fernando a été délégué à plusieurs groupes de travail CIEM et OSPAR relatifs à la cartographie des habitats marins, la biodiversité marines et les aires marines protégées. Dans le cadre d’un post-doc au Centre commun de Recherche de la Commission européenne (JRC), il s’est penché sur la cartographie des services écosystémiques marins à l’échelle des mers européennes en valorisant, entre autres, les cartes d’habitats issues du programme EMODNET Seabed Habitats. Depuis son installation en France en 2016, Fernando a travaillé à l’Ifremer sur des sujets d’écologie spatiale, y compris les modèles de distribution d’espèces benthiques invasives et d’intérêt commercial. Plus récemment, à Patrinat (OFB/MNHN/CNRS/IRD), il était chargé (i) de la production de cartes de risque de capture accidentelle pour l’ensemble des espèces marines protégées concernées par les activités de pêche dans les eaux marines métropolitaines et (ii) de la cartographie exhaustive de l’ensemble des habitats marins protégés par la DHFF  ».

Contact ftempera@hotmail.com

 

  • Fabian Jeanne a été recruté sur un poste d'ATER (Attaché temporaire d'enseignement et de recherche) à l'Université de Caen Normandie, à Caen, au sein de l'équipe EVOREG, depuis le 1e octobre 2024.

Titre du projet scientifique : «​ Évolution des systèmes GnRH et des hormones glycoprotéiques dans les contrôles endocrine et paracrine de la spermatogenèse chez la petite roussette, Scyliorhinus canicula  ».

« Jusqu’à aujourd’hui, l’objet principal de la thématique de recherche était d’explorer les régulations endocrine et paracrine exercées par les acteurs de l’axe hypothalamo-hypophyso-ganodique sur la spermatogenèse chez un modèle Élasmobranche, la petite roussette Scyliorhinus canicula. Pour la première fois chez un Vertébré cartilagineux, le protéome testiculaire a été caractérisé en fonction des stades de la spermatogenèse et les résultats obtenus s’inscrivent dans la continuité de la caractérisation et de l’étude de l’évolution moléculaire de la spermatogenèse chez les Vertébrés, comme précédemment étudié chez les Primates et les amniotes. Par ailleurs, l’axe HHG constitue le principal système régulateur de la reproduction chez les Vertébrés. Cependant, malgré les intérêts multiples d’étudier les Élasmobranches, leur axe HHG reste largement inexploré, ce qui souligne la méconnaissance de leur physiologie spécifique et met en évidence une lacune dans l’histoire évolutive de cet axe. Un autre objectif était donc de caractériser les hormones gonadotropes et leurs récepteurs chez les Élasmobranches. Ce travail a été étendu aux hormones glycoprotéiques GPA2 et GPB5 qui sont des hormones à actions paracrines et dont les rôles régulateurs de la reproduction restent à être caractérisés. Pour finir, et en dehors du rôle hypophysiotrope du GnRH, une fonction paracrine des GnRHs sur la spermatogenèse et la stéroïdogenèse testiculaire a été mise en évidence chez les Mammifères et les Téléostéens, ce qui soulève un questionnement d’intérêt général sur l’évolution d’une régulation paracrine versus une régulation endocrine de la fonction testiculaire mais aussi par rapport à un rôle direct du GnRH sur le testicule des Élasmobranches, compte tenu de la sécrétion systémique du GnRH chez ces espèces. L’objectif était par conséquent de mettre en évidence ce rôle direct du GnRH chez la roussette. Pris dans leur ensemble, les résultats obtenus ont permis de suggérer que la roussette présente une spermatogenèse modulée par un système complexe, multifactoriel et unique aux Élasmobranches qui implique des régulations endocrines, impliquant les axes HHG, HHT et les GnRHs circulants, et paracrine et/ou autocrine via GPA2 et GPB5. Du fait de la redondance fonctionnelle de certaines hormones, la potentielle action de compensation entre des voies de signalisation endocrine et paracrine, le maintien d’une spermatogenèse après une hypophysectomie partielle et le maintien d’une stéroïdogenèse active dans des cultures de cystes isolés, il a été suggéré que la spermatogenèse de la roussette pouvait être relativement indépendante, ce qui suggère sa potentielle résistance et résilience aux changements physiologiques et environnementaux ».

Contact fabian.jeanne@unicaen.fr

 

  • Randy Latchy est doctorant à BIOPAC depuis le 1e octobre 2024, co-encadré par Nils Teichert, Céline Ellien  et Sébastien Jaquemet (Université de la Réunion).

Titre du projet scientifique : « Implication de la variabilité du recrutement des espèces diadromes dans la stabilité et le fonctionnement des milieux aquatiques d’eau douce insulaire  ».

« La démographie des espèces est régulée par des processus écologiques soumis à des pressions de sélection contribuant à maximiser les performances des individus en fonction des contraintes environnementales. Parmi ces processus, la migration peut par exemple contribuer à optimiser l’exploitation successive de deux environnements contrastés en fonction des phases de l’histoire de vie. Chez les organismes aquatiques, la "diadromie" est un trait comportemental complexe décrivant des migrations entre les milieux d’eau douce et marin, intervenant à une étape spécifique du cycle de vie. Ainsi, ces espèces peuvent contribuer de manière substantielle au fonctionnement des deux écosystèmes, en supportant des flux démographiques et de matières impliqués dans les réseaux trophiques. Le présent projet vise à décrire les contributions des espèces diadromes au fonctionnement des milieux aquatiques d’eau douce dans un système tropical insulaire (La Réunion). Dans un premier temps, les facteurs (a)biotiques susceptibles d’influencer l’abondance au recrutement des différences espèces seront identifiés et hiérarchisés, sur la base d’analyse des séries chronologiques, afin de caractériser l’influence de la variabilité du recrutement sur la diversité fonctionnelle et la stabilité des communautés en rivière. Dans un second temps, la contribution des recrues au fonctionnement trophique des rivières sera analysée à l’aide des rapports isotopiques stables de l’azote et du carbone. Cette approche permettra de mettre en évidence la propagation des flux de matières d’origine marine au sein du réseau trophique d’eau douce. Enfin, l’implication de l’hétérogénéité des voies de dispersion marine sur l’abondance au recrutement sera étudiée afin de vérifier si un plus grand portefeuille larvaire est susceptible de favoriser les abondances et la stabilité du recrutement, i.e. effet portfolio, en analysant la composition chimique des otolithes ».

Contactrandy.latchy@etu.sorbonne-universite.fr

 
  • Perrine Salvi est doctorante au sein de l'équipe BIOPAC, au MNHN Paris, depuis le 1e octobre 2024, co-encadrée par Céline Ellien, Xavier Capet (LOCEAN), Stéphane Pous (LOCEAN) & Cédric Baumier (IJCLab).
Titre du projet scientifique : « Etude comparative des traits d'histoire de vie de quatre espèces de gobies (Teleostei: Gobiinae: Sicydiinae) amphidromes du bassin indo-pacifique par une approche pluridisciplinaire: une clé pour comprendre l'endémisme ».
« Dans les Océans Indien et Pacifique, la biodiversité des rivières repose essentiellement sur les espèces amphidromes, parmi lesquelles les gobies endémiques Cotylopus acutipinnis (archipel des Mascareignes, océan Indien), C. rubripinnis (archipel des Comores, océan Indien) et Sicyopterus pugnans (Polynésie, Océan Pacifique) vivent en sympatrie avec le gobie à large répartition Sicyopterus lagocephalus. Ces espèces amphidromes sont caractérisées par un cycle de vie au cours duquel les adultes se reproduisent en rivières ; des larves éclosent des oeufs et dévalent les rivières en quelques heures pour atteindre la mer où elles se dispersent pendant plusieurs mois, avant de revenir coloniser les rivières insulaires. Chez l’espèce cosmopolite, la durée de cette phase marine peut permettre une dispersion à l’échelle du sud-ouest du bassin océanique, comme l’attestent des études de génétiques montrant des flux possibles entre La Réunion et Mayotte par exemple. Néanmoins, les trajectoires de migration des larves en mer restent mystérieuses, de même que l’origine géographique des larves recrutant dans une rivière donnée. L’étude que nous proposons vise à étudier la variabilité inter-annuelle des traits d’histoire de vie, dont l’âge des post-larves des quatre espèces au moment de leur recrutement dans les rivières de trois îles (La Réunion, Mohéli (Comores) et Tahiti), en fonction des saisons. Il sera ainsi possible de vérifier si l’endémisme vs le cosmopolitisme des espèces peut être lié à des durées de dispersion larvaire, et à des schémas de migrations différents. Nous envisageons d’investiguer les trajectoires de migrations possibles des différentes espèces en fonction des saisons par une approche de modélisation hydrodynamique, couplée à l’analyse des éléments et traces inclus dans les otolithes par microscopie électronique à balayage ou transmission couplée à un détecteur EDX. Les éléments inclus dans l’otolithe devraient nous renseigner sur l’environnement traversé au cours de la dispersion, ce qui permettra d’identifier les trajectoires les plus probables, parmi celles proposées par le modèle hydrodynamique ».