Disentangling the taxonomy of the subfamily Rasborinae (Cypriniformes, Danionidae) in Sundaland using DNA barcodes

Articles à la une 2 mar 2020

Disentangling the taxonomy of the subfamily Rasborinae (Cypriniformes, Danionidae) in Sundaland using DNA barcodes

Sholihah A, Delrieu-Trottin E, Sukmono T, Dahruddin H, Risdawati R, Elvira R, Wibowo A, Kusno K, Busson F, Sauri S, Nurhaman U, Zein MSA, Fitriana Y, Utama I, Muchlisin ZA, Agnèse JF, Hanner R, Wowor D, Steinke D, Keith P, Rüber L, Hubert N, 2020. Disentangling the taxonomy of the subfamily Rasborinae (Cypriniformes, Danionidae) in Sundaland through DNA barcodes. Scientific reports (2020) 10:2818 | https://doi.org/10.1038/s41598-020-59544-9

 

Le Sundaland constitue l'un des points chauds de la biodiversité les plus importants et les plus menacés ; cependant, notre compréhension de sa biodiversité est biaisée par des lacunes dans la connaissance de la taxonomie et des modèles de distribution des espèces. La sous-famille des Rasborinae est le groupe de poissons d'eau douce le plus diversifié du Sundaland. Des incertitudes dans la taxonomie de cette sous-famille ont limité son utilisation comme modèle dans les études évolutives. Nous avons donc créé une bibliothèque de référence de codes-barres ADN des Rasborinae dans le Sundaland pour examiner les limites d’espèces et leur distribution par des méthodes de délimitation basées sur l'ADN. Une liste de contrôle des Rasborinae du Sundaland a été compilée sur la base de catalogues en ligne et a servi à estimer la couverture taxonomique de la présente étude. Nous avons généré un total de 991 codes-barres ADN à partir de 189 échantillons. Avec les 106 séquences déjà publiées, nous avons ensuite assemblé une bibliothèque de référence de 1097 séquences qui couvre 65 taxons, dont 61 des 79 Rasborine connus du Sundaland. Notre bibliothèque indique que les espèces de Rasborinae sont définies par des lignées distinctes. Un chevauchement important entre les distances génétiques intraspécifiques et interspécifiques est observé, ce qui peut s'expliquer par la grande quantité de diversité cryptique, comme en témoignent les 166 OTU détectées. Les implications pour l'évolution de la dynamique de la diversification des espèces sont discutées.

Contact BOREA : Pr Philippe Keith

 

Portrait de Philippe KEITH
Philippe KEITH
MNHN Paris
Professeur
BIOPAC
Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)
Publié le 02 mar 2020
Mis à jour le 24 mar 2020

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