Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms. Mariac, C., Vigouroux, Y., Duponchelle, F., García-Dávila, C., Nunez, J., Desmarais, E. & Renno, J.F. (2018). PLoS ONE, 13, e0202976.
La capacité de déterminer la composition et les fréquences relatives des espèces de poissons dans les grands essaims d'ichtyoplancton pourrait avoir des applications écologiques extrêmement importantes. Cependant, cette tâche est actuellement entravée par des limites méthodologiques. Nous proposons une nouvelle méthode pour les espèces amazoniennes, basée sur la capture par hybridation de l'ADN du gène COI d'une espèce éloignée (Danio rerio), absente de notre zone d'étude (le bassin amazonien). La séquence COI de cette espèce est approximativement équidistante de tous les COI d'espèces amazoniennes disponibles. En utilisant cette séquence comme sonde, nous avons facilité l'identification simultanée de larves de poissons appartenant aux ordres des Siluriformes et Characiformes représentés dans nos échantillons d'ichtyoplancton. Les fréquences relatives des espèces, estimées par le nombre de reads, ont montré des corrélations presque parfaites avec les fréquences vraies estimées par barcoding individuel (Sanger), permettant de développer une approche quantitative. Nous proposons également une autre amélioration d'un protocole précédent, qui permet de réduire l'effort de séquençage de 40 fois.
Cette nouvelle méthodologie de métabarcoding par capture utilisant une seule sonde (MCSP) pourrait avoir des implications importantes pour l’écologie, la gestion des pêches et la conservation dans les hotspots de biodiversité en poissons du monde entier. Notre approche pourrait facilement être étendue à d'autres taxons végétaux et animaux.
Contacts BOREA :
Jean-François Renno : Jean-Francois.Renno@ird.fr
Fabrice Duponchelle : fabrice.duponchelle@ird.fr
