Projet FINCyt au Pérou
Aplicación de marcadores moleculares (Barcoding y Metabarcoding) en la caracterización de peces ornamentales y de consumo de la Amazonía peruana y su aplicación en el monitoreo de la exportación, comercio y planes de manejo
Ce projet financé par le « Fondo para la Innovación Ciencia y Tecnología » est coordonné par Carmen Garcia Davila (IIAP) et Jean-François Renno (IRD- UMR BOREA, équipe 7). Il doit se dérouler de 2015 à 2017.
Ce projet a pour objectif d’une part d’identifier par l’utilisation de marqueur moléculaire (barcoding) les espèces de poissons dans les filières pour l’aquariophilie ou l’alimentation sur les marchés amazoniens afin de permettre leur préservation et d’autre part, d’identifier au niveau spécifique les larves de grands silures dans les nuages planctoniques (metabarcoding) à des fins de gestion durable de la pêche.
En effet, les grands silures d’Amazonie font l’objet d’une pression de pêche toujours croissante pour satisfaire la consommation humaine. Les tailles de capture et les effectifs des espèces les plus recherchées des genres Brachyplatystoma et Pseudoplatystomasont sont en diminution. La distribution entre les différents sous-bassins des aires de ponte des espèces de silures, qui sont de petits ou grands migrateurs, est totalement inconnue. En conséquence, la gestion durable de la pêche de ces espèces nécessite une meilleure compréhension de l’origine géographique de la production des larvaires et de la contribution de chaque sous-bassin au recrutement global : quelles espèces au sein d’un essaim de larves ? Comment se distribuent la diversité spécifique des larves dans l’espace (entre les différents sous-bassins) et dans le temps (selon les saisons) ?
Les critères morphologiques pour identifier les larves, restent limités à la famille, parfois au genre. L’approche génétique est une des solutions à ce problème. Cependant, traiter plusieurs milliers d’individus est prohibitif en termes de coût financier et inaccessible en terme de temps de travail. De nouvelles approches de séquençage haut débit (approche métabarcoding) devraient fournir des outils efficaces pour répondre aux questions soulevées ici. Une banque de données de séquences COI de références pour une quarantaine d’espèces a été préalablement établie à partir de spécimens adultes mis en collection. L’objectif de cette action de recherche est de tester et de valider des méthodes d’identification spécifique des larves de grands silures dans des essaims de plancton par l’utilisation des nouvelles méthodes de séquençages haut débit, puis de comparer la variation temporelle et spatiale de la composition spécifique des larves de silures en Amazonie.
L’approche barcoding est menée dans le cadre de collaborations entre des chercheurs des UMR DIADE, BOREA et les partenaires péruviens de l’IIAP (Instituto de Investigaciones de la Amazonia Péruviana).
Contact BOREA : Jean-François Renno
