ddB-ADNe

Le projet ddB-ADNe vise à développer l’expertise de la technique d’ADN environnemental par digital droplet PCR (ddPCR) au sein du laboratoire BOREA. La ddPCR, étant une approche monospécifique, permet non seulement de détecter sans séquençage la présence d’une espèce dans le milieu, mais aussi, de quantifier la quantité de son ADN filtré. Nous avons choisi d’appliquer cette expertise sur une espèce endémique et menacée, le brochet aquitain Esox aquitanicus, pour suivre la reproduction de l’espèce d’un part, et d’autre part, de détecter trois espèces d’élasmobranches de Antilles, la raie léopard Aetobatus narinari, le requin nourrice Ginglymostoma cirratum et le requin citron Negaprion brevirostris, espèces d’intérêt écologique et de conservation important, qui sont peu ou mal détectées en metabarcoding. Les inventaires en ADNe sont en plein essor et la recherche de maitrise se justifie pleinement pour de nombreux chantiers du laboratoire afférents à différents groupes d’organismes et systèmes. Les politiques publiques favorisent actuellement davantage les techniques de metabarcoding (cf. consortium Vigielife), qui sont plus onéreuses. Or il a été démontré que la sensibilité de la technique par ddPCR est nettement plus élevée. Notre démarche, une fois développée, pourra être utilisée par tous les membres du laboratoire intéressés. En cela elle constitue une proposition de méthodologie transversale à intégrer dans l’axe « Biodiversité aquatique et conservation, ressources biologiques ».