Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

• Valentin de Mazancourt, chercheur contractuel, en tant qu' ATER, a rejoint l'équipe BIOPAC, au MNHN Paris, le 1^e septembre 2022. 

Titre du projet scientifique :  « Taxonomie, Systématique et Évolution des crustacés décapodes d’eau douce des îles de l’Indo-Pacifique tropical ».

« Dans le cadre de mon travail de recherche, je m'intéresse à la systématique (taxonomie et phylogénie) des crustacés amphidromes de la zone Indo-Pacifique, et plus particulièrement aux crevettes appartenant aux familles des Atyidae et des Palaemonidae, ainsi qu’à certains groupes de crabes (Sesarmidae, Varunidae, Hymenosomatidae...).

Le but de mon travail est de résoudre les problèmes taxonomiques en proposant des délimitations nettes entre les espèces mises en évidence par la taxonomie intégrative (utilisation de caractères morphologiques, génétiques, écologiques, biologiques, phylogéographiques...) dans le but de permettre aux gestionnaires de mettre en place une conservation plus efficace et/ou une exploitation durable de ces espèces et de leurs milieux ».

Contact : valentin.demazancourt_ext@mnhn.fr

 

• Elena Manfrini, doctorante, a rejoint l'équipe BIOPAC, au MNHN, Paris, le 1^e septembre 2022, sous la responsabilité de Franck Courchamp (laboratoire ESE, Université Paris-Saclay) et Boris Leroy (BOREA).

Titre du projet scientifique :  « Risques d’invasions biologiques liés à l’élevage des arthropodes ».

« L’objectif principal de cette thèse est de fournir la première évaluation globale des risques d’invasions biologiques induits par l’élevage d’arthropodes pour la consommation humaine. Ce doctorat reposera sur l’application de modèles et analyses statistiques pour caractériser le profil écologique des envahisseurs et le potentiel envahissant des espèces élevées pour la consommation. La prédiction des zones géographiques actuelles et futures (en fonction du réchauffement climatique) susceptibles d’être envahies par les arthropodes sera également étudiée grâce à l’utilisation de la modélisation de distribution des espèces ».

Contact : elena.manfrini@universite-paris-saclay.fr

 

• Maël Deloor, a rejoint l'équipe RECAP, à la Station marine de Luc sur Mer, en tant que chercheur contractuel, le 1^e septembre 2022, encadré par Pascal Claquin.

Titre du projet scientifique :  « Rôle de la colonisation d'infrastructures marines sur la production des écosystèmes côtiers en manche ».

« L’espace France Manche Angleterre est soumis à des activités humaines croissantes, en particulier avec le développement des énergies marines renouvelables entrainant l’accroissement de zones portuaires et qui, associées à l’extraction des granulats, la pêche, l’aquaculture, le tourisme, le transport maritime, accentue le niveau des pressions déjà très élevées dans la Manche. Ce cumul d’activités exerce une pression de plus en plus grande sur l’écosystème marin de la Manche et engendre des modifications des habitats marins qui affectent la diversité biologique, la qualité écologique et sanitaire des habitats marins, ce qui peut potentiellement modifier les services rendus à la société par l’écosystème Manche en réduisant les ressources naturelles. En revanche, l’installation de nouvelles infrastructures, comme les champs d’éoliennes, peut offrir de nouveaux habitats marins et modifier la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes côtiers. Des effets récifs peuvent ainsi accroître la richesse en espèces et la biomasse des structures nouvellement implantées en mer.

Mon sujet d’étude s’intègre dans le cadre d’un projet européen (Interreg Va MARINEFF) proposant de permettre aux nouvelles infrastructures marines d’apporter des bénéfices en tant qu’habitats artificiels sur le fonctionnement de l’écosystème et la diversité biologique. Mon travail porte sur la colonisation des infrastructures marines dans le but de caractériser la mise en place des communautés et des grandes fonctions écologiques en particulier la fonction de production. Il s’agit d’appréhender la diversité fonctionnelle et l’évolution de celle-ci au cours de processus de colonisation. La fonctionnalité des espèces est évaluée par les analyses des traits d’histoire de vie. Ainsi, nous caractérisons les redondances et les complémentarités de fonctions et leurs dynamiques au cours du temps et testons différents indices de diversité fonctionnelle. Les travaux se déroulent en Manche sur différents types d’infrastructures constituées de différents matériaux, sur des récifs artificiels immergés depuis 5 ans et sur des habitats naturels. Le suivi est essentiellement réalisé en plongée avec une exploitation des suivis en laboratoire.

Nous nous intéressons aux communautés de producteurs primaires et à la fonction de production primaire de l’écosystème. Des mesures de photosynthèses mettant en œuvre différentes techniques (cloche benthique, PAM, ppCO2, etc.) permettront de réaliser des mesures éco-physiologiques indicatrices d’adaptations et d’acclimatations en fonction des niches et d’estimer des bilans de production primaire du système pour chiffrer les transferts trophiques. De plus, nous réaliserons des mesures de biodiversité, d’abondances et de biomasses des principaux groupes trophiques. Enfin, des analyses isotopiques permettront de préciser le niveau trophique des organismes, des producteurs primaires aux prédateurs supérieurs.

Cette étude permettra l’acquisition de nouvelles connaissances sur le fonctionnement des habitats de substrat dur et d’explorer notamment la relation « biodiversité / productivité » lors des processus de colonisation ; elle permettra également de mettre en place des approches innovantes pour caractériser le fonctionnement de ce type d’habitat dans le contexte du développement de nombreuses infrastructures marines présentes en Manche et en Europe. Enfin, elle amènera à la mise en place de protocoles et d’indicateurs qui sont demandés par les partenaires du projet impliqués dans la construction et la gestion de ces ouvrages, afin de juger des impacts négatifs ou positifs de tels aménagements en mer ».

Contact : mael.deloor@unicaen.fr

 

• Pierre-Louis Rault, a intégré l'équipe RECAP, au sein du laboratoire de Biologie Marine, à l'Université des Antilles, à Pointe à Pitre,  en tant que chercheur contractuel (volontaire au Service Civique IRD), le 1^e septembre 2022, pour une durée d'un an, sous la responsabilité de Etienne Bézault et Charlotte Dromard. 

Titre du projet scientifique :  « Chargé de mission en Biodiversité et Expérimentations Marines ».

« Je participe au développement de la plateforme d'expérimentation marine pluridisciplinaire, ainsi qu’aux différentes campagnes d'échantillonnage en mer et expérimentations en laboratoire ».

Contact : pierre-louis.rault@ird.fr

 

• Valentine André, chercheure contractuelle, a rejoint l'équipe RECAP, à l'Université des Antilles, le 1^e juillet 2022, sous la responsabilité de Damien Chevallier.

Titre du projet scientifique :  « Tortues et Pêche Accidentelle, vers des Solutions de réduction Efficientes (TOPASE) ».

« Aux Antilles françaises, la pêche est majoritairement artisanale. Elle se caractérise par des métiers dits côtiers, qui exploitent principalement les ressources démersales, et des métiers dit « du large » ciblant d’avantage des espèces pélagiques. La pêche côtière représente 62% des navires actifs de Martinique en 2019 et 65% en Guadeloupe en 2018. A eux seuls, les métiers associés aux filets maillants droits représentent 34% de la flottille guadeloupéenne en 2018 et 26% de la flottille martiniquaise en 2019 (source : données SIH). Certaines pêcheries côtières représentent localement une forte valeur commerciale de par les espèces ciblées. D’autres espèces sont également ciblées par les filets maillants de fond et destinées à la consommation locale, assurant une part de la sécurité alimentaire des territoires. Or, des travaux précédents ainsi que des témoignages de marins-pêcheurs font état de captures accessoires de tortues marines : tortues vertes (Chelonia mydas), tortues imbriquées (Eretmochelys imbricata) et tortues caouannes (Caretta caretta), dans certains de ces filets de fond et à certaines périodes de l’année. Pour les marins pêcheurs, ces captures représentent aussi bien un manque à gagner (diminution des captures d’espèces cibles), une perte de temps et économique (démaillage, réparation ou remplacement des engins détériorés) mais également un sentiment de gaspillage et génère une situation anxiogène. Or, les tortues marines sont menacées d’extinction au niveau mondial. A l’échelle nationale, elles bénéficient ainsi d’un plan d’actions, destinées à améliorer leur état de conservation. Plus localement, leur pêche est interdite depuis 1991 en Guadeloupe et 1993 en Martinique. 

Fort de ce constat, le projet TOPASE (Tortues et Pêche Accidentelle, vers des Solutions de réduction Efficientes) a émergé, en Martinique et en Guadeloupe. Financé par le FEAMP via sa mesure 39 « Innovation liée à la conservation des ressources biologiques de la mer », il s’articule autour de la co-construction, avec des marins pêcheurs volontaires, de dispositifs et pratiques innovantes, permettant de réduire ces interactions et ainsi engager le développement d’une pêche plus durable avec des engins sélectifs. 

Ce projet est porté par le CNRS, chef de file, en partenariat avec l’IFREMER et le Parc National de Guadeloupe, pour une durée de 2 ans et demi, jusqu’en mai 2023. Il comporte 4 objectifs spécifiques qui devront être développés en concertation avec la profession : La mise en place d’un partenariat durable avec les marins pêcheurs professionnels en vue de prendre en considération leurs perspectives ; La proposition de modifications innovantes aux engins de pêche actuels pour limiter l'impact de la pêche sur les tortues marines et leur habitat tout en maintenant les rendements économiques ; La proposition des pratiques et gestes de pêche innovants pour diminuer l'incidence des captures accidentelles de tortues marines ; Un engagement transversal et multi-acteurs de ces pratiques dans la durée, à l'échelle des deux territoires ».

Contact : valentine.andre@cnrs.fr

 

• Indranath Ghosal a rejoint l'équipe  EMERGE, en tant que post doctorant, le 7 juin 2022, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, sous la responsabilité de Aude Gautier.

Titre du projet scientifique :  « GenESiS, Gonadal development and Effect of temperature on Sex determination in the Small-spotted catshark ».

« Le déterminisme du sexe est peu étudié chez les Chondrichtyens, le plus vieux clade existant de vertébrés à mâchoires, occupant ainsi une position clé dans l’évolution pour mieux comprendre leurs origine et diversifications. L’étude du déterminisme du sexe dans ce groupe est limitée à des approches cytogénétiques cherchant des chromosomes sexuels différenciés sur des caryotypes de diverses espèces. A un niveau moléculaire, des polymorphismes nucléotidiques liés au sexe ont été identifiés chez une raie. En plus du déterminisme génétique du sexe, différents paramètres environnementaux tels que la température, les nutriments, le pH, la concentration en oxygène ou des facteurs sociaux peuvent également affecter le sexe. Le déterminisme environnemental du sexe n’a jamais été étudié chez les Chondrichtyens, ce qui ne nous permet pas d’anticiper les conséquences qu’aura le changement climatique sur ces animaux. Compte tenu de cela, le projet GenESiS vise à comprendre l’ontogenèse gonadique, le déterminisme et la différenciation sexuelle chez la petite roussette. Il est basé sur l’hypothèse que les profils d’ontogenèse gonadique et de déterminisme sexuel peuvent être similaires à ceux d’autres vertébrés et que le déterminisme sexuel peut être affecté par l’environnement, particulièrement par la température, en plus d’un déterminisme génétique. Pour ce faire, l’ontogenèse gonadique va être caractérisée par des approches histologiques et moléculaires pour la détection des cellules en apoptose et en prolifération. Ensuite, des facteurs moléculaires impliqués dans les processus de déterminisme sexuel et de différenciation vont être étudiés. Des candidats classiques seront considérés mais aussi une nouvelle séquence identifiée dans une étude préliminaire. L’expression spatio-temporelle de ces candidats va être analysée par immunohistochimie, hybridation in situ et RT-qPCR. Enfin, un conditionnement d’embryons à de plus hautes températures sera réalisé afin de détecter un potentiel déterminisme environnemental du sexe et pour contribuer à l’élaboration d’un modèle de niche écologique. Ce projet traite la question du déterminisme et de la différenciation sexuelle chez une espèce de chondrichtyen d’une façon innovante et originale, ce qui devrait bouleverser les connaissances actuelles dans ce domaine ».

Contact : indranath.ghosal@unicaen.fr

 

• Arnaud Lheureux  est post doctorant, au sein de l'équipe SOMAQUA, depuis le 15 avril 2022, au MNHN Paris, sous la responsabilité d'Eric Goberville.

Titre du projet scientifique :  « GELATINE, GELAtinous plankton INdicators for Ecological status assessment ».

« Mes problématiques de recherche s’articulent autour de l’évolution à long-terme des écosystèmes côtiers. J’étudie actuellement l’évolution des écosystèmes côtiers au travers de la dynamique spatiale et temporelles du zooplancton gélatineux. Afin de comprendre les causes de l’évolution des écosystèmes, j’utilise de nombreuses analyses de traitement de données qui permettent de mettre en relation des variables proxies de forçages environnementaux et anthropiques avec l’évolution de la diversité spécifique du zooplancton gélatineux. Au cours de ma thèse j’ai étudié les mêmes problématiques en me focalisant sur la l’évolution spatio-temporelles des concentrations en nutriments et de la diversité spécifique et fonctionnelle de la communauté phytoplanctonique ».

Contact : arnaud.lheureux@sorbonne-universite.fr

 

• Grégoire Maniel est chercheur contractuel, au sein de l'équipe SOMAQUA, au MNHN Paris, sous la responsabilité d'Eric Goberville.

Titre du projet scientifique :  « MOSCECO, Modélisation, Scénarisation et Connectivité de la biodiversité benthique de Guadeloupe et de Martinique ».

« Les expéditions du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) génèrent un volume conséquent de données d’occurrences de spécimens. Le travail taxonomique du MNHN permet par la suite d’attribuer une identité taxonomique à chaque spécimen. De part la magnitude de l’échantillonnage et la robustesse de la donnée taxonomique, la base de données d’occurrences d’espèces constituée par le Muséum constitue le standard doré en sciences de la biodiversité.

Les données provenant des collections naturalistes constituent le socle pour de nombreuses autres disciplines en écologie (biogéographie, écologie fonctionnelle, écologie de la conservation…). Mon travail consiste à mobiliser les données d’inventaire taxonomiques pour répondre à des questions en écologie, notamment à travers le projet 'Modélisation, Scénarisation et Connectivité de la biodiversité benthique de Guadeloupe et de Martinique (MOSCECO)'.

Ce contrat financé par l’OFB comprend trois axes reposant sur les occurrences de deux taxons marins benthiques (Muricidae et Majoidea) collectés lors des expéditions Karubenthos 2012 & 2014 et Madibenthos 2016 :

1. La modélisation de la distribution des espèces grâce à l’utilisation de modèles de distribution d’espèces conjointes (SDM) ;
2. La caractérisation de la connectivité des communautés benthiques par utilisation de réseaux de co-occurrences ;
3. L’évaluation des conséquences de l’altération de variables environnementales sur les distributions (axe 1) et la connectivité (axe 2) des espèces.

Aux données d’inventaires s’ajoutent des jeux de données existants (typologie des habitats de Martinique) et à mettre en place (activités et pression anthropiques côtières de Guadeloupe et de Martinique) ».

Contact : gregoire.maniel@mnhn.fr