Rentrée BOREA : bienvenue aux nouveaux entrants !

01 oct 2015 - 30 nov 2015

Ils/Elles ont rejoint l'UMR BOREA en septembre et octobre 2015 :  

               Bienvenue à tous et toutes !

Titre du projet scientifique : Structure et fonctionnement de la niche germinale chez un hermaphrodite alternatif,  l’huître creuse Crassostrea gigas

« Mes travaux de recherche portent sur la structure, le fonctionnement de la niche germinale et l’implication du signal insuline chez Crassostrea gigas (lophotrochozoaire, mollusque). L’originalité de ce modèle tient dans l’extrême plasticité de la niche germinale, capable de générer alternativement une lignée mâle ou femelle chez un même individu (hermaphrodisme alternatif). Lors de cette thèse, nous nous intéresserons aux cellules germinales souches (CGS), à leur microenvironnement (niche germinale) ainsi qu’aux acteurs du système insuline qui assurent, par une action paracrine, un contrôle sur le devenir des cellules souches. L’ensemble de ces acteurs sera identifié et leur expression caractérisée au sein de la niche. En outre le maintien de la pluripotence des CGS en lien avec une production locale d’insuline est retrouvé chez de nombreuses espèces. Si ce contrôle paracrine est confirmé chez les lophotrochozoaires, il apparaitrait comme fondamentalement conservé d’un point de vue évolutif ».

Contact maeva.cherif-feildel@unicaen.fr

  • Jérémy Pasquier, ATER, est arrivé le 1er septembre 2015 au sein de l’équipe 2 à Caen.

 "J'ai fait ma thèse dans l'UMR BOREA sur l' "Evolution du contrôle neuroendocrinien de la reproduction : origine et rôle du système kisspeptine", sous la direction de Sylvie Dufour. Au cours de ma thèse j'ai  pu montrer que la diversité des kisspeptines et de leurs récepteurs est issue des deux premières duplications globales des génomes survenues chez les premiers vertébrés.  J'ai également montré que le système kisspeptine peut avoir un rôle inhibiteur sur la fonction de reproduction chez les vertébrés et en particulier chez l'anguille Européenne (Anguilla anguilla). J'ai complété mes compétences dans le domaine de la physiologie comparée au LPGP de l'INRA de Rennes où j'ai pu me familiariser avec l'analyse transcriptomique à haut débit de banques provenant de vertébrés aquatiques afin de dégager un certain nombre de gènes conservés et impliqués dans la fonction de reproduction.C'est donc tout naturellement que j'ai candidaté à un poste ATER à Caen où je vais enseigner principalement la physiologie et l'anatomie comparée chez les animaux. Je vais également développer des recherches sur la pharmacologie inverse et la désorphanisation des récepteurs aux neuropeptides de l’huître creuse.  Ce travail s'effectuera dans le cadre de l'ANR NEMO."

Contact : jeremy.pasquier@unicaen.fr

  • Marine Robuchon, ATER, a rejoint l’équipe 7 à Paris le 1er septembre 2015 : 

« Mes travaux de recherche portent sur la dynamique de la biodiversité. Je m’intéresse en particulier aux patrons de biodiversité à différents niveaux d’organisation (diversité génétique et spécifique) et sous différentes facettes (diversité phylogénétique et fonctionnelle) pour comprendre comment les processus historiques et contemporains, y compris les pressions anthropiques, façonnent ces patrons de biodiversité. Je m’intéresse à ces questions en étudiant différents organismes aquatiques, les macroalgues marines et les poissons d’eau douce ».

Contact : robuchon@mnhn.fr

« Dans le cadre de mon travail de recherche, je m'intéresse à la systématique des crustacés amphidromes, et plus particulièrement aux crevettes du genre Caridina (Atyidae) du point de vue de la taxonomie comme de la phylogénie. Au sein de ce genre je m'occupe de deux complexes d'espèces, le complexe Caridina nilotica et le complexe Caridina weberi, groupes d'espèces taxonomiquement confus. Le but de mon travail est, d'une part, de résoudre les problèmes taxonomiques en proposant des délimitations nettes entre les espèces mises en évidence par la taxonomie intégrative (utilisation de caractères morphologiques, génétiques, écologiques, biologiques, phylogéographiques...) et d'autre part, de mettre au point une méthode de sclérochronologie appliquée à ces crevettes permettant de mieux connaître leurs traits de vie liés à la dispersion, dans un but d’aider les gestionnaires à mettre en place la conservation ou l'exploitation durable de ces espèces et de leurs milieux. Je suis donc amené, dans mon travail, à mettre en œuvre des techniques de pointe dans les domaines de la génétique ou de la sclérochronologie ». 

Contactvalentin.demazancourt@laposte.net

  • Ali Mcheik a rejoint l'équipe 1 le premier octobre 2015.

Titre du projet scientifique : Etude des propriétés optiques des cristaux photoniques naturels (diatomées) pour des applications photovoltaïques

« Les diatomées, des micro-algues unicellulaires (échelle µm à mm), développent des structures des coquilles fascinantes à base de dioxyde de silicium (SiO2). Ces structures appelées frustules, répondent à plusieurs besoins des diatomées principalement optique (photosynthèse) et mécanique (protection). Mes recherches portent sur l'étude des propriétés optiques de certaines diatomées à vision d'applications photovoltaïques potentielles.  Une modification des structures (Tailles des pores, dopage..) est nécessaire afin d'atteindre l'objectif ».

  • Aurora Campo, doctorante, a rejoint l’équipe 2 à Paris le 1er octobre 2015.

Titre du projet scientifique : Characterization of novel brain neuropeptides and their receptors in eel and potential applications in fish breeding programs

« Mon projet de thèse vise à découvrir de nouveaux neuropeptides et de nouveaux récepteurs chez l’anguille, de revoir leur classification et d’étudier leurs rôles, avec une attention particulière pour les gènes dupliqués conservés. Ces neuropeptides peuvent devenir de nouveaux outils pour lever le blocage prépubertaire de l’anguille et avoir des applications potentielles dans les programmes d’élevage/reproduction non seulement chez cette espèce mais aussi chez d’autres espèces de poissons.  Les objectifs de ce projet de thèse sont multiples : 1. Prédire in silico les séquences de nouveaux neuropeptides et de leurs récepteurs; les valider par clonage ; 2. Réaliser des analyses phylogénétiques et synténiques de ces familles de neuropeptides et de récepteurs ; 3. Identifier et valider ces nouvelles séquences par protéomique ; produire les peptides synthétiques ; 4. Caractériser fonctionnellement les couples peptide/ récepteur par des méthodes recombinantes ; 5. Développer des dosages qPCR pour étudier la régulation in vivo et in vitro de l’expression de ces gènes; 6. Rechercher les activités biologiques (in vivo et in vitro) dans le contrôle neuroendocrine de la reproduction de ces nouveaux neuropeptides ; les approches in vivo se feront en collaboration avec les partenaires du réseau européen ITN IMPRESS ».

Contact : ayla.bcn@gmail.com

  • Bérénice Piquet, doctorante, a rejoint l'équipe AMEX, équipe 3 de BOREA le 1er octobre 2015.

Titre du projet scientifique : FLEXSYBI : La FLEXibilité des SYmbioses entre BIvalves et bactéries chimiotrophes : mécanismes, régulation et résilience.

« Lors de ma thèse, je vais étudier des moules du genre Bathymodiolus (Bivalvia : Mytilidae) qui abritent dans leurs branchies des bactéries chimiotrophes. Cette symbiose permet aux moules de coloniser des milieux contraignants comme les sources hydrothermales et les suintements froids. En utilisant le méthane et/ou le sulfure comme source d’énergie, les symbiotes synthétisent des glucides qui sont la principale source d’alimentation de leurs hôtes. Cette symbiose étant flexible, mon but sera d’éclairer les mécanismes qui la régulent. Comment l’hôte régule-t-il la quantité de bactéries présentes dans ses branchies  (Apoptose, endo-exocytose, digestion des bactéries,…) ? Les bactéries sont-elles capables d’échapper à leur hôte ? Pour répondre à ces questions différentes méthodes vont être utilisées, en histologie (Immunohistologie, microscopie à transmission, FISH, TUNEL, BrdU,…) mais aussi  en transcriptomique afin d’identifier les voies responsables de ces régulations. Cette thèse se déroulera entre deux équipes : l’équipe ABICE de l’UMR 7144 à la Station Biologique de Roscoff et l’équipe AMEX de l’UMR 7208 BOREA sur le Campus de l’UPMC ».

Contact berenicepiquet@gmail.com

  • Julia Machon, doctorante, a rejoint également l'équipe 3 à Paris le 1er octobre.

Titre du projet scientifique : Adaptations sensorielles chez les crevettes hydrothermales profondes : comparaison des facultés sensorielles de la crevette hydrothermale Mirocaris fortunata et de la crevette côtière Palaemon elegans

« Mes travaux portent sur les facultés et éventuelles adaptations sensorielles de la crevette hydrothermale profonde Mirocaris fortunata (Alvinocarididae) de la dorsale Médio-Atlantique. Les capacités de perception de l’environnement des espèces hydrothermales ont globalement été peu étudiées, malgré leur importance pour la compréhension du cycle de vie de ces espèces et leur évolution à long-terme. Cette thèse a pour objectif de mettre en évidence les mécanismes qui permettent aux crevettes hydrothermales de se repérer dans leur milieu en absence de lumière, pour localiser leurs sources de nourriture, ainsi que les émissions de fluide hydrothermal dont les composés réduits sont la base trophique des écosystèmes hydrothermaux. Dans un contexte socio-économique où les sources hydrothermales sont la cible des industries minières, il est urgent de mieux comprendre ces mécanismes afin de pouvoir évaluer la vulnérabilité des espèces hydrothermales face aux possibles perturbations créées par cette exploitation minière. La crevette côtière apparentée Palaemon elegans sera utilisée comme comparatif et pour l’optimisation des méthodes. L’étude sera focalisée sur la chimio- et la thermo-réception, avec plusieurs approches complémentaires en morphologie, comportement, électrophysiologie et biologie moléculaire. Ce projet est mené en collaboration avec l’équipe iEES (UMR PISC 1272), et s’intègre dans le projet européen MIDAS (Managing Impacts of Deep-Sea Resource Exploitation) ».

Contactjulia.machon@live.fr

  • Laetitia Petit, Ingénieure, est arrivée elle dans l'équipe 5 le 1er octobre.

« D’octobre 2015 à mai 2016, j’occuperai un poste de « chargée de mission » pour le D4 de la DCSMM (Directive cadre stratégie pour le milieu marin) à l’UMR BOREA (Caen) avec un accent plus marqué sur les travaux internationaux apportant un appui au D4. Je co-animerai avec Nathalie Niquil le groupe d’experts européens sur les réseaux trophiques dont les travaux se focalisent actuellement sur le développement d’indicateurs de biodiversité qui soient communs aux différents états membres de l’UE ».

Contact laetitia.petit@unicaen.fr

  • Aurore Sauvey, doctorante,  est dans l'équipe 5 depuis le 1er octobre 2015 également.

Titre du projet scientifique : Variabilité inter-spécifique et intra-spécifique des réponses physiologiques chez les diatomées toxiques du genre Pseudo-nitzschia : influence du cycle de vie

« Ce projet de recherche propose de caractériser la diversité inter-spécifique et intra-spécifique chez les diatomées  du genre Pseudo-nitzschia. Les objectifs sont donc: 1) étudier la reproduction sexuée chez quatre espèces et obtenir des cultures à différents stades du cycle de vie et 2) caractériser différents indices physiologiques (taux de croissance, paramètres photosynthétiques, constantes d’absorption des éléments nutritifs, production d’acide domoïque) chez différentes souches pour chaque espèce, à différents stades du cycle de vie. Les indices physiologiques obtenus permettront une meilleure paramétrisation des modèles écophysiologiques de développement de Pseudo-nitzschia et de production de toxine en intégrant la diversité spécifique. Ce projet apportera de plus des connaissances sur les régulations physiologiques associées au cycle de vie chez les diatomées en général et la variabilité de ces réponses aux échelles intra et interspécifiques ».

Contact auroresauvey@gmail.com

  • Mitchell Fleming, doctorant est arrivé le 7 octobre 2015 pour des recherches dans l’équipe 2 à Paris.

Titre du projet scientifique : Environmental and neuroendocrine control of metamorphosis and swimming activity in long-river (Loire-Allier axis) Atlantic salmon; implication for conservation

« Mon projet de thèse vise à élucider les mécanismes environnementaux et neuroendocrines de la smoltification et de la migration de dévalaison et à évaluer l’impact des changements globaux.  Les objectifs sont: a) de caractériser le contrôle neuroendocrine de l’induction de la métamorphose secondaire du saumon (smoltification); b) d’étudier le contrôle cérébral du comportement de nage de dévalaison; et c) d’évaluer l’effet de la température sur la régulation neuroendocrine de la métamorphose et du comportement de nage. Les méthodes utilisées seront les suivantes : a) Biologie moléculaire : identification de gènes (neuropeptides et récepteurs), clonage, analyse d’expression de gènes par qPCR; b) Etude de la smoltification : paramètres anatomiques, physiologiques et neuroendocrines c) Etude de la migration : tests de comportement de nage; d) Expériences in vitro en cultures cellulaires (sur cultures primaires de cellules hypophysaires de saumon); e) Expériences in vivo (effet de la variation de température) ».

Contact : mitch.s.fleming@gmail.com

  • Julie Schwartz, doctorante, a rejoint l'équipe 2 sur le site de Caen depuis le 12 octobre 2015.

Titre du projet scientifique : Caractérisation fonctionnelles de voies neuroendocriniennes du contrôle de la physiologie de la reproduction chez l’huître par la caractérisation de couples récepteurs/neuropeptides

'L'objectif de ma thèse est de caractériser de manière fonctionnelle les RCPGs potentiellement impliqués dans la régulation de la reproduction ou des processus associés (principalement énergétiques) chez C. gigas par endocrinologie inverse. Mon travail se concentrera sur divers récepteurs comme le GnRH pour lesquels nous disposons d’indices sur une éventuelle implication dans la régulation de la reproduction ou de processus associés chez les mollusques ou d'autres espèces de bilatériens.'

Contact : julie.schwartz@unicaen.fr