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Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Luc sur Mer

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

 

  • Stanislas Pilet, assistant ingénieur contractuel, a rejoint l'équipe EVOREG, le 1e septembre 2023, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, sous la direction de Pascal Sourdaine.

Titre du projet scientifique :  « Identification de marqueurs précoces de la spermatogenèse chez la roussette (Scyliorhinus canicula) ».

« Au sein de l'équipe EVOREG, mes recherches porteront sur les mécanismes de régulation et de contrôle des cycles biologiques d’espèces modèles non conventionnelles, en particulier les processus de reproduction des Élasmobranches. L’objectif sera d’étudier les peptides impliqués dans la régulation de la spermatogenèse chez ces espèces. Les travaux porteront sur des cultures cellulaires de lignées humaines et sur des cultures primaires de cellules testiculaires de petite roussette (Scyliorhinus canicula). Un ensemble de techniques de biologie moléculaire (PCR en temps réel, préparation de plasmides, transfections, etc.) et de biochimie (immunocytologie, extraction et analyse de protéines) sera abordé pour répondre à cette problématique et améliorer les connaissances sur ces thématiques émergentes ».

Contact : pilet.stanislas@gmail.com

 

  • Sonia Bouzid, technicienne IRD, a intégré le laboratoire BOREA et l'équipe administrative de gestion, le 1e septembre 2023, en tant que gestionnaire, au MNHN Paris.

Contact : sonia.bouzid@mnhn.fr

 

  • Sean Heighton, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe ECOFUNC le 1e septembre 2023, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, encadré par Nathalie Niquil.

Titre du projet scientifique :  « Assesment of the impacts of offshore wind farms on marine and coastal biodiversity and on socio-ecosystems ».

« Je suis un passionné de conservation et un chercheur qui s'efforce d'appliquer différentes techniques de recherche pour résoudre des problèmes mondiaux de conservation. Ma recherche a principalement porté sur l'utilisation de la génétique/génomique des espèces en danger pour identifier les unités de conservation, leur diversité génétique et comment celles-ci ont été façonnées afin qu'elles puissent être gérées pour la survie de l'espèce. J'ai consacré une grande partie de ma carrière de recherche (depuis mon doctorat et au-delà) à développer et à tester des outils d'ADN pour retracer le commerce illégal de pangolins (traçabilité géographique), mais aussi sur la génomique des oiseaux dans les îles Mascareignes. Une autre technique de recherche majeure que j'utilise est la revue systématique de l'information (recherche, commercialisation, vulgarisation, avis d'experts) sur une question de conservation (par exemple, le pastoralisme dans les conflits entre l'homme et la faune sauvage) ou sur des espèces en danger (par exemple, les pangolins) afin de mieux informer l'action de conservation ou les mesures d'atténuation. Cela, ainsi que mon rôle au sein du Groupe de spécialistes des pangolins de la Commission de la sauvegarde des espèces de l'UICN, m'a conduit à être impliqué dans des consultations ou à travailler avec des ONG de conservation et des gouvernements pour la planification d'actions en faveur des pangolins, ainsi que dans des examens d'experts sur des sujets plus larges.

Maintenant, au sein de BOREA, on m'a confié la tâche d'aider à concevoir et à mettre en œuvre une revue systématique et collective sur les effets des parcs éoliens offshore sur la biodiversité côtière et les systèmes sociaux-écologiques qui les entourent. Les conclusions de cette revue seront utilisées pour mieux informer divers ministères en France sur l'utilisation et la gestion des parcs éoliens offshore ».

Contact : sean.heighton@gmail.com

 

  • Nicolas Bekkouche est maître de conférences à Sorbonne Université, Paris, au sein de l'équipe AMEX, depuis le 1e septembre 2023.

Titre du projet scientifique : « Comment le ver Osedax (Annelida) interagit-il avec son environnement ? Biologie intégrative d’un ver se nourrissant d’os ».

« Nouvellement intégré dans l’équipe AMEX en 2023 mon projet scientifique porte sur la morphologie, la systématique, l’écologie et la physiologie des vers Osedax (Annelida, Siboglinidae). Ces vers découverts en 2004 se nourrissent d’os de vertébrés, et leur biologie est encore mal connue. Leur étude sera mise en oeuvre en déposant des os en environnements profonds lors de diverses campagnes, afin de susciter leur colonisation par les Osedax. Puis, grâce à l’expertise de l’équipe AMEX, les animaux seront étudiés avec diverses méthodes (microscopie confocale, microscopie électronique, hybridations in-situ, etc.), pour mieux comprendre la biologie d’Osedax, et comment il interagit avec son environnement.

Par ailleurs mon expertise porte aussi sur la morphologie et la phylogénie de la méïofaune (des animaux microscopiques) plus particulièrement les gastrotriches, les gnathotosmulides ou les Micrognathozoa, ainsi que divers groupes d’animaux peu étudiés. L’accès aux environnements profonds au sein de l’équipe AMEX sera une opportunité incroyable pour continuer à explorer les recoins méconnus de la biodiversité des métazoaires ».

Contact : nicolas.bekkouche@sorbonne-universite.fr

 

  • Laurie Michaud, chercheure contractuelle, est arrivée le  11 septembre 2023 au sein de l'équipe ECOFUNC, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, encadrée par Nathalie Niquil.

Titre du projet scientifique :  « Projet DRACCAR ».

« J’ai réalisé le stage de fin d’année de Master à BOREA au sein de l’équipe de ECOFUNC, il consistait à modéliser les impacts des éoliennes offshore sur le réseau trophique dans les eaux belges. L’objectif du CDD actuel est de développer des modèles LIM-MCMC suivant un gradient Mât de Fécamp / large avec 3 modèles en « zéro dimensions » : Mât de Fécamp, point intermédiaire, point plus au large. Ce travail doit préparer l’arrivée des données du projet DRACCAR qui seront ensuite intégrées au cadre de modélisation. Pour cela, je développerai une étude bibliographique sur les connaissances préalables sur la zone, et les espèces présentes, et sur les questions de traduction en biomasses et en flux des informations existantes, selon les moyens employés sur le terrain. Je travaillerai aussi sur le test des algorithmes développés par le LMNO dans le projet Nestore, en utilisant pour cela une comparaison entre les modèles issus des données de Fécamp et ceux issus des données sur les parcs éoliens de Belgique ».

Contact : laurie.michaud@unicaen.fr

 

  • Aïcha Hamdani, assistante-ingénieure MNHN, a rejoint le laboratoire BOREA, en tant que responsable administrative et financière (RAF) le 1e octobre au MNHN Paris.

Contact : aicha.hamdani@mnhn.fr

 

  • Alexandre Desparmet, doctorant, a rejoint l'équipe SOMAQUA, le 1e octobre 2023, à la Station marine de Concarneau, encadré par Cédric Hubas, Gabriel Markov & Thierry Dufour.

Titre du projet scientifique :  « Oxylipines du biofilm microphytobenthique induites par la lumière ».

« Les biofilms microphytobenthiques constituent le premier stade de colonisation des surfaces naturelles et des infrastructures humaines marines. Les microorganismes qui les constituent (microalgues, bactéries, champignons, etc.) sont agencés au sein d’une substance extracellulaire polymérique qu’ils synthétisent.

Ce projet de recherche fondamentale vise à étudier la réponse du métabolisme lipidique (origine et rôle fonctionnel des oxylipines) des biofilms microphytobenthiques marins à la suite d’un stress d’irradiance. Ici, l’irradiance représente la quantité d’énergie solaire qui atteint les microorganismes photosynthétiques du biofilm. En milieu côtier, cette quantité d’énergie est amenée à varier considérablement et rapidement au cours d’une même journée. 

Le sujet se situe à l’interface de nombreux domaines scientifiques (monde du microscopique, métabolisme lipidique, milieu marin, écologie benthique, physique des plasmas ou encore phylométabolomique) et s’organise autour des trois axes majeurs suivants : effet de l’irradiance sur le métabolome des biofilms ;  origine et rôle fonctionnel des oxylipines ; caractérisation des voies métaboliques impliquées ».

Contact : alexandredesparmet@gmail.com

 

  • Laura Jamet est doctorante au sein de l'équipe BIOPAC au MNHN Paris depuis le 1e octobre 2023, encadrée par Fabienne Audebert (BOREA), Philippe Béarez (AASPE) & Gaël Denys (Patrinat/BOREA).

Titre du projet scientifique : « Etude de l’histoire, de la biologie et de l’évolution du brochet aquitain Esox aquitanicus ».

« Le brochet aquitain, Esox aquitanicus, est une espèce récemment découverte (2014) endémique du sud-ouest de la France. En raison de sa récente identification, peu de détails sont connus concernant sa biologie et son écologie.

Tout comme le brochet commun Esox lucius, il figure sur la Liste rouge nationale de l’UICN en tant qu'espèce vulnérable. Cette espèce est menacée par la modification de l'habitat et la concurrence avec le brochet commun.

 Afin de préserver cette espèce, il est impératif de mener des études approfondies. Ces études serviront de base pour la mise en place de mesures de gestion et de protection adéquates visant à sauvegarder cette espèce vulnérable.

 L'objectif de mes recherches est d'explorer l'histoire, la biologie et l'écologie de cette espèce. À cet effet, nous examinerons la distribution historique d'Esox aquitanicus depuis le Paléolithique, en utilisant des restes osseux issus des collections du Muséum National d’Histoire Naturelle, ainsi que ceux provenant de différents sites archéologiques. Un autre volet de ce projet de recherche consistera à étudier la période cruciale de reproduction, en utilisant des techniques telles que l'ADN environnemental et l'otolithométrie. Cette période peut être influencée à la fois par les activités de pêche et par l'augmentation des températures pendant l'hiver. Enfin, nous analyserons les parasites du brochet aquitain afin de mieux comprendre sa parasitofaune et les potentielles menaces qui pèsent sur Esox aquitanicus.

Ces recherches permettront d'améliorer notre compréhension de cette espèce unique et de développer des stratégies de conservation efficaces pour la protéger ».

Contact : laura.jmtt@outlook.fr

 

  • Joëlle Robbe, doctorante, a rejoint l'équipe AMEX à Sorbonne Université Paris le 1e octobre 2023, encadrée par Magali Zbinden (BOREA) et Frank Lartaud (LECOB). 

Titre du projet scientifique :  « Effet des changements globaux sur la physiologie et le microbiome des coraux d’eau froide du Canyon de Lampaul ».

« Comme leurs analogues tropicaux, les coraux coloniaux d'eau froide sont des espèces ingénieures qui créent des habitats complexes, parmi les plus riches en biodiversité des grands fonds marins (Rogers. 1999). Bien que vivant dans des eaux plus profondes que les coraux tropicaux (de 5 m à plus de 3000 m de profondeur), les coraux d'eau froide sont déjà confrontés aux impacts du chalutage et de la pollution terrigène et devront également rapidement faire face aux menaces cumulées du réchauffement et de l'acidification des océans (Foley et al. 2010). De plus, en raison de la difficulté d'échantillonnage en eaux profondes, une connaissance détaillée de l’écologie et de la physiologie des coraux d'eau froide fait toujours défaut par rapport à leurs homologues tropicaux, notamment sur les associations hôtes-bactéries spécifiques récemment mises en évidence (Neulinger et al. 2008, Meistertzheim et al. 2016, Kellog et al. 2017). 

La thèse s’inscrit dans le cadre du projet ANR ARDECO (Assessing Resilience of DEep COrals). Elle a pour objectif d’étudier l’impact du réchauffement global et de l’acidification de l’océan sur le microbiome et son rôle dans la physiologie de 3 espèces de coraux d'eau froide présentes dans le canyon de Lampaul : Madrepora oculata, Desmophylum pertusum et Solenosmilia variabilis. 

Des aquariums pressurisés spécialement dédiés à la maintenance des coraux froids sur le long terme et conçus pour le projet ARDECO permettront d’étudier l’impact du réchauffement et de l’acidification sur les coraux froids à leur pression native, jusqu’alors toujours étudié à pression atmosphérique, malgré l’importance de ce facteur sur la physiologie corallienne.

Plusieurs aspects seront ainsi abordés sur des populations naturelles et après expérimentation en aquarium: (1) Caractériser le microbiome via l’identification, la localisation et la quantification des bactéries dans les différents tissus de l’hôte corallien par des approches de biologie moléculaire, d’hybridation in situ en fluorescence et de microscopie électronique (2) Déterminer le rôle fonctionnel du microbiome via la recherche des gènes fonctionnels bactériens et l’étude des interactions entre le polype et ses bactéries grâce à des approches de biologie moléculaire et des incubations avec des composés marqués (15N et 13C) et (3) Analyser l’évolution de la croissance du squelette par une technique de marquage chimique observé sous microscopie à épifluorescence ».

Contact : joelle.robbe@sorbonne-universite.fr

 

  • Frank David, ingénieur de recherche contractuel, a rejoint l'équipe SOMAQUA le 2 octobre à la Station marine de Concarneau.

Titre du projet scientifique :  « Programme LAMENTIN ».

« Les mangroves jouent un rôle essentiel dans la séquestration du carbone. En effet, elles sont considérées comme un puits de carbone dont l’efficacité de stockage est bien plus importante que toute autre type de forêt dans le monde (Donato et al., 2011). Cet écosystème participe ainsi à l’atténuation des effets du changement climatique induits par les gaz à effet de serre. Malgré une surface relativement modeste (environ 0,7 % du total des forêts intertropicales dans le monde d’après Giri et al., 2011), ces zones humides côtières et estuariennes sont caractérisées par une forte production primaire (à plus de 218 Tg C a-1 ; Bouillon et al., 2008) et un important réservoir de carbone estimé à 14% de la séquestration du carbone océanique globale (Alongi, 2014) . Ce carbone capturé par un écosystème marin est connu sous le terme de carbone bleu. Plus largement, les mangroves sont aussi des sources de carbone organique et inorganique pour les zones côtières intertropicale et participent significativement au maintien d'une importante production primaire et secondaire aquatiques.

Les mangroves subissent des pressions anthropiques de plus en plus fortes qui affectent les régimes hydrologiques et les fonctionnalités des côtes et des estuaires en zone intertropicale. Ainsi, le développement de fermes de crevetticulture ou encore l’augmentation de l’urbanisation sur le littoral induisent la pollution organique du milieu. Elle provoque son eutrophisation en accélérant la prolifération d’algues entrainant l’accumulation de matière organique (MO). Cet apport de MO labile augmenterait le taux de minéralisation de la MO réfractaire et éventuellement son enfouissement. Ce phénomène de sur-minéralisation de la MO du sol est nommé « priming effect ». Il contribue aux émissions de dioxyde de carbone (CO2), un gaz à effet de serre, et pourrait être intensifié en cas d’eutrophisation. Concernant l'autre gaz remarquable à effet de serre, le méthane (CH4), il persiste encore de nombreuses incertitudes sur son bilan au sein de cet écosystème (Chen et al., 2010). Cependant l’émission de ces gaz vers l’atmosphère est modifiée par l’activité des crabes, notamment par la présence de galeries (Kristensen et al., 2008). De même, ces décapodes, et plus particulièrement les crabes violonistes (Ocypodidae), ont un rôle dans la distribution de MO dans le sédiment de subsurface (Natálio et al., 2017). 

L'objectif principal du projet LAMENTIN est de mettre en évidence l'effet de l'eutrophisation sur la qualité de la MOP disponible, son stockage (carbone bleu) et son utilisation par les consommateurs (crabes principalement) sur le fonctionnement de l'écosystème, et plus largement sur la dynamique des gaz à effet de serre, au sein de la mangrove du Lamentin en Martinique ».

Contact : frank.david@live.fr

 

  • Valentin Djian a rejoint l'équipe SOMAQUA en tant que doctorant le 1e octobre au MNHN Paris et sera encadré par Frédéric Olivier (BOREA), Philippe Koubbi (LOCEAN) et Eric Goberville (BOREA).

Titre du projet scientifique :  « De l’écorégionalisation pélagique du subantarctiques aux Aires Marines Protégées en haute mer ».

« Le secteur indien Nord de l’Océan Austral et l’Océan Indien Sud sont des zones géographiques aux caractéristiques physiques et chimiques très contrastées sur une étendue latitudinale faible. Ce fort contraste océanographique couplé à l’action du Courant Circumpolaire Antarctique cause la formation de fronts océanographiques, séparant les différentes masses d’eau selon leur particularités environnementales. Ces caractéristiques régionales influencent grandement la biodiversité des îles subantarctiques et notamment la distribution spatiale des espèces zooplanctoniques et nectoniques qui représentent d’importantes ressources alimentaires pour les prédateurs supérieurs vivant sur les îles présentes dans la zone subantarctique. Néanmoins, les changements globaux risquent d’avoir d’importantes conséquences sur la biogéographie de ces organismes essentiels au fonctionnement des écosystèmes marins subantarctiques, notamment en entrainant un déplacement vers le Sud de l’aire de répartition de ces espèces.

Cette thèse a pour objectif de proposer une écorégionalisation pélagique du secteur océanique indien et d’étudier les conséquences des changements climatiques futurs sur ces écorégions afin de proposer de futures aires marines protégées en haute mer dans la région subantarctique. Pour cela, quatre objectifs ont été définis : 1) Compléter les atlas descriptifs des conditions abiotiques et biotiques de l’écosystème marin subantarctique pour identifier les espèces et communautés d’importance pour le subantarctique indien ; 2) Modéliser les distributions spatiales d’espèces ou communautés clés de l’écosystème marin subantarctique afin d’identifier des écorégions pélagiques ; 3) Estimer les conséquences des changements globaux sur la distribution future des écorégions pélagiques identifiées ; 4) Définir des zones prioritaires de conservation en vue de créer des AMPs en haute mer dans la zone CCAMLR en complément des AMPs existantes dans les ZEE subantarctiques ».

Contact : valentindjian@gmail.com

 

  • Maureen Pred'homme est doctorante au sein de l'équipe PHYPAQ depuis le 1e octobre 2023, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, sous la direction de Céline Zatylny-Gaudin & Joël Henry.

Titre du projet scientifique :  « Neurodégénérescence post-reproductive chez la seiche Sepia officinalis : identification des mécanismes moléculaires ».

« La seiche est un céphalopode à cycle de vie court (20-22 mois) qui présente une dégénérescence rapide du SNC qualifiée de dégénérescence post-reproductive, avec un vieillissement rapide dont la conséquence immédiate est l’interruption brutale de la ponte et la mort des femelles pourtant encore fécondes. Les différents effets observés lors de la phase critique seront étudiés au travers de 3 hypothèses de travail, non exclusives grâce à des approches combinant transcriptomique, protéomique, peptidomique et immunohistochimie :

Une première hypothèse en lien avec la perte de perception observée chez l’animal en fin de vie sera explorée. Ainsi, l’identification et le suivi d’expression de biomarqueurs du système nerveux central potentiellement impliqués dans les mécanismes de vieillissement neuronaux seront réalisés à 2 périodes clés du cycle de vie de la seiche : subadulte et individus en dégénérescence (fin de vie).

La seconde hypothèse concerne l’implication du système neuroendocrinien. Pour cet axe de recherche, l’expression de 38 familles de neuropeptides/neurohormones identifiées par l’équipe PHYPAQ sera suivie lors des deux périodes clés citées précédemment. Certaines familles probablement impliquées dans les comportements de « feeding » feront l’objet d’une attention particulière.

Enfin, certaines lésions observables chez les animaux en dégénérescence peuvent indiquer une défaillance du système immunitaire. Ainsi, une analyse comparative du corps blanc (organe hématopoïétique) grâce à un suivi d’expression en NGS permettra d’identifier d’éventuelles perturbations à ce niveau ».

Contact : maureen.predhomme@etu.unicaen.fr

 

  • Lise Delatte rejoindra l'équipe RECAP en tant que doctorante, le 1e novembre 2023, à l'Université de Caen Normandie, à la station marine de Luc-sur-Mer, encadrée par Pascal Claquin & Tania Hernandez (Ifremer - LERN).

Titre du projet scientifique :  « Eutrophisation et dystrophie en Baie de Seine: Impact sur la structure des communautés phytoplanctoniques et leur productivité ».

« L'eutrophisation côtière causée par les apports anthropiques de nutriments est l'une des plus grandes menaces pour la santé des écosystèmes estuariens et côtiers dans le monde. Cette problématique reflète un enjeu global qui génère de très nombreux travaux dans un contexte d’un réchauffement généralisé des eaux qui renforce les conséquences de l’eutrophisation. Cet enjeu à l’échelle globale relève de forçages et de pressions anthropiques locales qui sont à la fois dépendantes des caractéristiques des écosystèmes locaux (morphologie du trait de côte, courants, profondeur, turbidité, bassin versant, etc.) ainsi que de l’environnement socio-économique de la zone littorale et des bassins versants. En effet, à l’interface des provinces terrestres et marines, les écosystèmes côtiers et estuariens promeuvent une forte productivité biologique, et les services écologiques qui y sont associés. De par leur position d’interface, ces écosystèmes concentrent également les pressions liées aux activités humaines, qui mettent en danger leur fonctionnement et leur capacité à soutenir les services qu’ils offrent. Parmi les différentes perturbations d'origine anthropique qui affectent les écosystèmes côtiers, les activités agricoles et les rejets d’eaux usées entraînent des apports massifs d'éléments nutritifs comme l'azote (N) et le phosphore (P). L’apport excessif de ces derniers est à l’origine de l’eutrophisation et se traduit par une augmentation importante de la biomasse des producteurs primaires, comme les microalgues planctoniques, constituant l’un des effets les plus communément observés, en Manche et dans d'autres régions du globe. Ce projet vise à qualifier et quantifier l'impact de la dystrophie, selon une approche multi-échelle, dans un contexte de réchauffement significatif des eaux, sur la structure et la composition des communautés phytoplanctoniques (diversité spécifique, fonctionnelle, structure en taille, etc.) et les conséquences sur la production primaire pélagique et les flux de carbone associés. Une analyse rétrospective de séries d'observations in situ sera réalisée en association à une approche expérimentale qui couplera des travaux en microcosmes sur des communautés naturelles issues de trois sites de la baie de Seine, à des études sur des cultures monoclonales isolées en Manche appartenant aux principales lignées et aux différentes classes de taille des communautés de la Baie ».

Contact : delatte.llise@gmail.com



Et précédemment,

  • Solène Eustache, a rejoint l'équipe RECAP, le 26 juin 2023, en tant que ingénieure de recherche contractuelle, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, sous la direction de Christelle Caplat.

Titre du projet scientifique :  « Projet BIOSTEM : BIOsalissures Standardisées pour Test de Matériaux  ».

« J’interviens dans le cadre du projet BIOSTEM qui se déroule de 2022 à 2025. Les travaux de ce projet doivent permettre de développer des tests innovants de vieillissement et d’impact de matériaux actuels ou innovants pour le milieu marin, intégrant la problématique des biosalissures. Ils conduiront au développement, au préalable, d’un consortium de biosalissures (micro et macrosalissures) de référence stable en environnement contrôlé en déterminant les indicateurs précoces de la mise en place des communautés de producteurs primaires colonisant les revêtements immergés en milieu marin.

Un autre objectif du projet BIOSTEM sera d’identifier des biomarqueurs de biosalissures afin de développer dans le futur des analyses qui permettraient de diagnostiquer plus précocement les risques de colonisation des matériaux, avant l’étape visuelle des macrosalissures. La recherche d’outils (notamment par imagerie) devra permettre d’appréhender la diversité fonctionnelle et l’évolution de celle-ci au cours de processus de colonisation ».

Contact : solene.eustache@unicaen.fr

 

  • Amélia Charagnon, ingénieure d'étude contractuelle, a rejoint l'équipe RECAP, le 1er mai 2023, à l'Université des Antilles, sous la direction de Charlotte Dromard.

Titre du projet scientifique :  « ActifDROM : Biosurveillance Active pour les Départements et Régions d’Outre Mer »

« Le projet propose d’étudier la faisabilité de développer une approche de biosurveillance active pour le suivi de l’état chimique des milieux aquatiques dans les DROM, ceci en faisant appel à l’encagement d’espèces locales ».

Contact : amelia.chatagnon@gmail.com

 

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