Bienvenue aux nouveaux arrivants dans l'UMR BOREA !
- Frank Dolique, professeur à l'Université des Antilles, Martinique, a rejoint l'équipe 1 le 1e juillet 2018.
Titre du projet scientifique : « Dynamiques hydro-morpho-sédimentaires du triptyque lagonaire (récif / lagon-herbiers / plages-mangroves) sous influences des forcages météo-marins »
« Thème central de recherche : Géosciences marines et littorales ; Géomorphologie dynamique des milieux littoraux tropicaux ; sédimentologie des espaces lagonaires ; forçages météo-marins ; changement global et paroxysmes (impacts, résilience) ; articulations morphodynamiques et évolutions des biotopes ; télédétection appliquée aux dynamiques littorales.
Objets de recherche : Triptyque lagonaire (récif corallien – lagon/herbier – plages) ; Mangroves.
Espaces de recherche : Antilles – Caraïbes, Guyane-Brésil, Mayotte, Iles Eparses de l’Océan indien, Polynésie, Nouvelle-Calédonie, Togo, Vietnam-Mékong, Madagascar ».
Contact : franck.dolique@univ-antilles.fr
- Clara Peron a pris ses fonctions comme Post-doctorante à Paris au sein de l'équipe 4, depuis le 1e juin 2018, encadrée par Guy Duhamel.
Titre du projet scientifique : « Approche écosystémique des pêcheries australes »
« Mes travaux de recherche portent sur la dynamique spatiale des populations animales et ses implications en terme de gestion des populations protégées ou exploitées. Je cherche à comprendre quels sont les facteurs écologiques et physiques qui gouvernent la dynamique spatiale des espèces marines fortement mobiles telles que les prédateurs marins supérieurs afin de proposer des mesures de gestion adaptées et efficaces. J’utilise pour cela des données empiriques (comptages visuels, bio-télémétrie, images satellitaires, sorties de modèles climatiques et biogéochimiques) et des outils de modélisation permettant de prédire la distribution des espèces. Mes travaux de recherche se situent à l’interface de plusieurs disciplines: l’écologie du mouvement, l’océanographie, l’écologie trophique et la biologie de la conservation. Je cherche à comprendre les facteurs intrinsèques (physiologie, énergétiques, ontogénie) et extrinsèques (climat, proies) qui gouvernent les choix de déplacement et d’utilisation d’habitat des espèces à différentes échelles de temps. Ces informations sont cruciales pour mettre en place des protocoles de suivis de l’état des populations et/ou des mesures de conservation effectives. La plupart de mes travaux de recherche ont porté sur les prédateurs marins (oiseaux marins, mammifères marins et poissons), dans différents écosystèmes (océan austral, Méditerranée occidentale, courant du Benguela) et à l’échelle globale ».
Contact : clara.peron22@gmail.com, clara.peron@mnhn.fr
- Thomas Lahiguera a été recruté comme Ingénieur d'études contractuel dans l'équipe 5 à Caen, depuis le 1e juin 2018, encadré par Anne-Marie Rusig.
Titre du projet scientifique : « Projet Saum'Alg. Etude d'un système d'aquaculture Multi-Trophique Intégrée sur les aspects de la réglementation et mise en place d'un système de culture d'algues indigènes de la Rade de Cherbourg, à proximité de cages d'élevage de saumons »
« Le projet Saum’Alg est un programme de recherche appliquée sur le développement durable de l’aquaculture. Cette étude s’oriente sur la recherche d’algues endémiques de la Rade de Cherbourg possédant une valeur ajoutée, dans le but de mener des essais de culture à proximité de cages de saumons. L’intégration de l’algoculture à une activité piscicole propose une possible valorisation des effluents piscicoles tout en optimisant la zone de production. Ce projet nécessite des suivis sur les caractéristiques environnementales du site de la Rade de Cherbourg, ainsi que l’étude et la conception de structures permettant de cultiver cette ressource naturelle. L’installation de cette Aquaculture Multi-Trophique Intégrée (AMTI) vise à apporter des bénéfices entre les deux systèmes de production, en réduisant le risque d’impacts sur l’environnement d’élevage, tout en stimulant la biodiversité locale. En tant qu’ingénieur d’études, j’interviens sur l’ensemble du projet afin de rechercher, proposer et concevoir des systèmes innovants de culture en adéquation avec les attentes des partenaires, tout en apportant l’observation, le suivi et l’analyse scientifique sur l’écosystème marin de cette zone de production ».
Mots clés : Algoculture, salmoniculture en mer, Aquaculture Multi-trophique, Recherche développement durable
Contact : thomas.lahiguera@gmail.com
- Aurélien Japaud a été recruté comme chercheur contractuel au sein de l'équipe 1, à Pointe à Pitre, depuis le 1e mai 2018, encadré par Claude Bouchon.
Titre du projet scientifique : « Diversité génétique et connectivité de Porites astreoides dans les Petites Antilles. Recherche sur les clades de zooxanthelles des coraux des Antilles : implication dans leur physiologie et leur adaptation au changement climatique global »
Thèmes de recherche : « Écologie des communautés coralliennes caraïbes. Connectivité, microévolution et structuration spatiale des populations. Impact des perturbations sur la diversité génétique et l’écologie des populations et des communautés. Biologie de la conservation. Restauration et réhabilitation écologique »
Contact : aurelien.japaud@univ-ag.fr
- Christiane Rakotomalala effectue un post doctorat de 15 mois au sein de l'équipe 5, à Dinard, depuis le 3 avril 2018, supervisé par Pascal Claquin.
Titre du projet scientifique : « Modélisation des processus biogéochimiques et de la production primaire microphytobenthique sur les vasières intertidales de l'estuaire de la Seine (projet PHARESEE) »
Contact : christiane.rakotomalala@unicaen.fr
- Julie Orjuela, ingénieure d'étude, spécialisée en bioinformatique, a été recrutée à l'IRD pour travailler à cheval entre 3 UMRs (DIADE, IPME et BOREA) et est affectée à dans l'équipe 7 de BOREA, à l'IRD Montpellier, depuis le 1e avril 2018.
« Membre du plateau de bioinformatique plante-santé iTrop sur le centre IRD de Montpellier composé de 7 Ingénieurs appartenant à 5 unités (DIADE, IPME, MiVEGEC, TransVIHMI et maintenant BOREA). Membre de la plateforme South Green au sein de laquelle je participe notamment dans un groupe de développeurs (CIRAD, INRA-IRD), au développement de l’outil TOGGLe. TOGGLe (toolbox for generic NGS analyses) permet aux utilisateurs non bioinformaticiens de construire leur propre pipeline d’analyse de données NGS à la volée et d’analyser simultanément une grande quantité d’échantillons sous l'environnement Linux. La plateforme South Green est une des plateformes labellisées IFB (Institut Français de Bioinformatique).
Au sein de mes activités transversales je suis impliquée dans des projets de recherche identifiés comme projets clés, communs aux plusieurs équipes des trois unités. Ces projets nécessitent l’expertise bioinformatique pour des méthodologies d’assemblage, annotation fonctionnelle de transcriptomes, analyse d’expression différentielle, métagénomique, et intégration de données. J’assure la formation du personnel qui a besoin de traiter des données des projets similaires aux projets dans lesquels je suis impliqué à travers l’animation de groupes de travail. Je m'intéresse à l’exploration des outils et des nouvelles méthodologies pour pouvoir répondre aux besoins en termes d’analyse de données de type NGS ».
Contact : julie.orjuela@ird.fr
- Gwenaël Abril, directeur de recherche CNRS, est affecté dans l’équipe 6 à Paris depuis le 1e avril 2018.
Titre du projet scientifique : « Cycle du carbone et émissions de gaz à effet de serre dans les écosystèmes aquatiques tropicaux »
« Mes recherches portent sur les écosystèmes aquatiques situés aux interfaces entre terre et eau (plaines d'inondation, estuaires, mangroves...) dont j'étudie les bilans de carbone en relation avec leurs propriétés hydrologiques, biologiques et chimiques. Je suis spécialisé sur la physico-chimie du système carbonate et les échanges de gaz à effet de serre (CO2 et CH4) avec l'atmosphère tout en abordant les questions de l'origine et la dégradation de matières organiques ainsi que les activités biologiques qui conditionnent les transformations du carbone dans le milieu aquatique (eau et sédiment). La majorité de mes sites d'étude se situent en milieu tropical (Brésil) où ces écosystèmes sont fortement perturbés par l'usage des terres et de l'eau ainsi que les changements climatiques ».
Contact : gwenael.abril@mnhn.fr, gwenabril@gmail.com
- Christopher Cambrone, doctorant, est affecté dans l’équipe 1 à Pointe à Pitre, Guadeloupe depuis le 1e avril 2018. Il est encadré par Malika Trouillefou.
Titre du projet scientifique : « Biologie et génétique des populations du Pigeon à couronne blanche, Patagioenas leucocephala : applications à la gestion et la conservation de l'espèce »
Contact : christopher.cambrone@yahoo.com
- Jérôme Morelle effectue un post doctorat de 18 mois, au sein de l'équipe 5, à Caen, depuis le 1e janvier 2018, supervisé par Francis Orvain
Titre du projet scientifique : « Productivité microphytobenthique des HAbitats intertidaux en lien avec la dynamique sédimentaire, biogéochimique et les ingénieurs d'écosystème de la faune benthique: implication pour des enjeux de modélisation et de REhabilitation des vasières de la SEine Estuarienne (PHARESEE) »
« Mes travaux de recherche in situ se basent principalement sur l’estimation de la production primaire du phytoplancton et du microphytobenthos. En effet, la production primaire est fortement soutenue par ces deux compartiments. Cependant cette production est très variable en fonction des paramètres environnementaux à faible échelle spatiale et temporelle. Ainsi l’un des objectifs principaux de mes études est la mesure de production primaire à haute fréquence spatio-temporelle. Pour cela, j’utilise notamment le couplage des méthodes d’incorporation du carbone et de mesure des paramètres photosynthétiques basée sur la variation de la fluorescence en utilisant des fluorimètres de type PAM (Pulse Amplitute Modulated). Le couplage de ces deux méthodes permet de connaître la déterminer le nombre de moles d’électrons nécessaire à la fixation d’une mole de carbone et de transformer les données de fluorescence à haute fréquence en unités de carbone. Cependant ce paramètre est dépendant des paramètres physico-chimiques, physiologiques et biologiques. Mon travail se base également sur l’étude des excrétions de carbone sous forme d’exopolysaccharides dont l’estimation des stocks issus de la production primaire est importante lors de l’étude des flux de carbone au sein des réseaux trophiques. En effet, malgré l’importance des TEP et des EPS dans les processus physiques et biologiques, seules peu d’études se concentrent sur ces fractions biogéochimiques lors de l’appréhension de la production primaire. D’autant plus que ce stock de carbone peut être très important. Cependant ces stocks varient également de façon importante en fonction des paramètres biologiques et environnementaux à l’échelle spatiale et temporelle autant dans la colonne d’eau que sur les zones intertidales. Mes activités de recherche se penchent également sur la diversité du phytoplancton à partir d’analyses de détermination par microscopie optique sur différentes espèces de diatomées et de dinoflagellé. Mais également à partir de nouvelles méthode d’identification de la diversité par l’utilisation des techniques de cytométrie en flux et de biologie moléculaire dont les résultats permettent d’accéder à différents aspects de la diversité. La dynamique de succession de ces différentes espèces a ainsi pu être mise en relation avec les paramètres environnementaux et les dynamiques de la production de carbone via la photosynthèse et l’excrétion de polysaccharides. Parallèlement à mes travaux in situ, mes travaux in vitro m’ont permis de maitriser l’isolement de cellules à partir d’échantillons naturels et la mise en place de cultures monoclonales pour différentes espèces de diatomées et de dinoflagellés. Ceci m’ayant notamment permis d’étudier l’effet des variations du cycle nycthéméral de la lumière sur la productivité primaire mesurées à haute fréquence ou encore l’effet de la température sur la physiologie de la diatomée toxique pseudo-nitzschia australis ».
Contact : jerome.morelle@unicaen.fr
- Thomas Trancart a été recruté comme chercheur contractuel au sein de l'équipe 5, à Dinard, depuis le 1e septembre 2017, encadré par Eric Feunteun.
Titre du projet scientifique : « Biogéographie de la conservation des élasmobranches »
Contact : thomas.trancart@mnhn.fr
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