Bienvenue aux nouveaux entrants de BOREA !

Bienvenue aux nouveaux arrivants dans BOREA !

• Victor Pierre, doctorant, a rejoint l'équipe PHYPAQ, le 3 janvier 2023, à l'Université de Caen Normandie, co-encadré par Joël Henry (BOREA) et Sandrine Skiba.

Titre du projet scientifique :  « Évaluation de la valeur nutritionnelle et du potentiel fonctionnel de plusieurs fractions de farines produites à partir de larves de mouches soldat noir (Hermetia illucens) dans l’alimentation des truites arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) ».

« Le secteur aquacole connaît un essor croissant depuis les années 1950 afin de répondre à la demande croissante du marché de la consommation. Le développement de cette filière entraîne également une forte demande de matière première afin de nourrir les élevages de poissons. Les farines de poissons sont actuellement massivement utilisées car elles présentent des caractéristiques adaptées aux besoins nutritionnels des poissons. Elles sont élaborées à partir des espèces fourrages de la pêche minotière ou des captures accessoires. C’est l’un des problèmes majeurs de cette filière qui à l’heure actuelle ne s’inscrit ni dans une logique qui n’est ni durable ni écologique. Il apparaît donc nécessaire de développer des sources alternatives de protéines animales pour remplacer les farines de poissons. Depuis juillet 2017, l’utilisation de sept espèces d’insectes dans l’alimentation aquacole est autorisée. C’est notamment le cas d’Hermetia illucens qui est une espèce capable de convertir efficacement une grande variété de matières organiques en biomasse et en particulier la matière organique végétale.

C’est dans ce contexte qu’est né ce projet de thèse CIFRE,  avec pour cadre une collaboration tripartite réunissant un partenaire industriel, la société Innovafeed créée en 2016 qui est l’un des leaders sur le marché de la production de farine d’insecte à partir de l’espèce Hermetia illucens, une UMR spécialisée dans la nutrition et le métabolisme des poissons d’élevage (UMR 1419 NuMéA, INRAE) et l’équipe PhyPAQ de l’UMR BOREA développant des approches « omiques » sur les poissons téléostéens et les céphalopodes.

L’objectif de cette thèse est d’évaluer, dans l’optique de disposer rapidement d’applications directes en pisciculture, la valeur nutritionnelle et le potentiel fonctionnel de plusieurs fractions de farines produites à partir de larves de mouches soldat noire (Hermetia illucens). L’espèce modèle de poisson choisie pour cette étude sera la truite arc en ciel (Oncorhynchus mykiss), qui, avec plus de 35 000 tonnes produites annuellement constitue la première espèce de poisson élevée en France.

Organisation des travaux de recherche :

Étape n°1 : caractériser la farine d’insecte par des approches omiques transcriptomique/protéomique/peptidomique, biochimiques

Étape n°2 : identifier des peptides bio actifs grâce au couplage de techniques de séparation (rpHPLC) avec des tests fonctionnels (bio-essais) in vitro myotropes et antibactériens.

Étape n°3 : évaluer la valeur nutritionnelle des fractions de farines : mesure de digestibilité, essai de croissance (composition corporelle, histologie des villosités intestinales, profil d’expression de certains gènes intestinaux (RNAseq), composition du microbiote intestinal (métabarcoding), détermination du potentiel myotrope des aliments, évaluation de l’appétence des aliments (approche comportementale, DanioVision et EthoVision XT Noldus) ».

Contact : victor.pierre@unicaen.fr 

 

• Sophie Dupont, chercheure contractuelle, a rejoint l'équipe RECAP, encadrée par Damien Chevallier, le 1^e novembre 2022 et est basée, en tant que chercheure invitée, au LIENSs de l'Université de La Rochelle.

Titre du projet scientifique :  « Impact des polluants sur la prévalence de la Fibropapillomatose chez la Tortue verte de Martinique ».

« Cette étude est financée par le fonds européen FEDER, porté par Damien Chevallier. Ce post-doctoral est co-supervisé par Damien Chevallier et Dr Mathieu Giraudeau. En collaboration avec le Dr Jérôme Fort, le Prof Paco Bustamante - experts en écotoxicologie, et le Dr Guillaume Le Loc'h - expert en virologie.

La Fibropapillomatose (FP) est une maladie épizootique qui touche les tortues vertes immatures dans le monde entier. Cette maladie transmissible - suspectée d'être due à une infection par un Chelonid Herpevirus (ChHV5) - est caractérisée par le développement de tumeurs externes (sur les yeux et les nageoires notamment) et internes qui provoquent une désorientation, des troubles de la flottabilité et dans les cas les plus graves, la mort de l'individu. Cette maladie étant plus fréquemment observée dans les habitats anthropisés, il a été émis l'hypothèse que la pollution serait l'une des principales causes de l'émergence de la FP. Cependant, seul un nombre limité d'études se sont concentrées à ce jour sur le rôle des contaminants comme déclencheur de cette maladie.

Mon projet post-doctoral a pour but de déterminer l'implication des polluants anthropiques (et d’identifier le.s.quel.s) dans la prévalence de la FP et l'activité virale du ChHV5. Pour ce faire, des approches écotoxicologiques, physiologiques, cliniques et virologiques vont être combinées afin d'étudier l'association entre la contamination des tortues vertes par diverses molécules et la FP (décrite via les caractéristiques des lésions et la présence du ChHV5 notamment). Grâce à la haute fidélité au site observée chez cette espèce et du programme de suivi à long terme mené depuis 2007 sur l'île de la Martinique, une étude longitudinale prometteuse sur l'effet des polluants à l'échelle de la tumeur et de la tortue va être menée ».

Contact : sophie.dupont93@gmail.com

 

• Natacha Clairet, doctorante, a rejoint  l'équipe EMERGE, à l'Université de Caen Normandie, le 14 octobre 2022, encadrée par Guillaume Rivière.

 Titre du projet scientifique :  « RIVAgE : Regulation Epitranscriptomique dans l'adaptation à des stress environnementaux chez l'huitre Crassostrea gigas ».

« Les modifications épitranscriptomiques (méthylation de l’ARN, N6-mA ou m6A) émergent comme un niveau supplémentaire de régulation de l’expression des gènes, notamment en réponse au stress chez de nombreux animaux. Chez l’huître, les conditions de l’environnement maternel sont reflétées par des signatures spécifiques dans les épitranscriptomes ovocytaires qui sont transmis à la génération suivante. Nous émettons l’hypothèse que la régulation épitranscriptomique participerait à l’adaptation de l’huître Crassostrea gigas d’une part à court terme en modulant la réponse adaptative de l’expression des gènes lors de stress environnementaux et d’autre part à plus long terme en conditionnant le développement de la génération suivante. Le projet de thèse RIVAgE a donc pour objectif de traiter les questions suivantes : Objectif 1 : La régulation épitranscriptomique participe-t-elle à la régulation de l’expression des gènes lors de stress environnementaux chez l’huître ? Si oui, un verrouillage chromatinien par méthylation d’ARN non codants (m6A-carRNA) est-il impliqué ? Objectif 2 : Les signatures épitranscriptomiques induites par l’environnement maternel dans les ovocytes affectent-elles le développement de la génération suivante ? Ces connaissances permettront de mieux comprendre l’adaptation de l’huître à l’échelle de l’individu mais également de la population, des enjeux cruciaux au niveau fondamental mais également dans le contexte d’une conchyliculture soumise à une pression environnementale croissante ».

Contact : natacha.clairet@etu.unicaen.fr

 

• Sandrine Soro, adjointe administrative, a pris ses fonctions au laboratoire BOREA, à l'Université de Caen Normandie, à Caen, le 3 octobre 2022, pour assurer les activités de secrétariat. Elle remplace Catherine Eudes.

• Luis Molina Carillo est doctorant depuis le 1^e octobre 2022, au sein de l'équipe EVOREG, au MNHN Paris, encadré par Laure Bonnaud Ponticelli. 

• Baptiste Frattini, doctorant, a rejoint l'équipe ECOFUNC, au MNHN Paris, le 1^e octobre 2022, encadré par Mireille Guillaume (BOREA),  Henrich Bruggemann (ENTROPIE) & Eric Goberville (BOREA).

• Gerardo Zardi, chercheur contractuel, a rejoint l'équipe ECOFUNC, à l'Université de Caen Normandie, le 1^e octobre 2022.

 Titre du projet scientifique :  « coolOYSTER : microbial symblotic thermal mitigation against heatwaves in oysters ».

« Les mortalités massives d'huîtres induites par les vagues de chaleur (heatwaves; HWs) illustrent les graves effets économiques et écologiques des épisodes de chaleur accablante. Les huîtres font partie des principaux produits de l'aquaculture et des ingénieurs écosystémiques dominants qui soutiennent la biodiversité et sous-tendent une myriade de fonctions et de services écosystémiques. Compte tenu des effets létaux généralisés des HW sur les populations d'huîtres, les répercussions économiques sont considérables. En France, la filière ostréicole a été particulièrement touchée par les mortalités massives estivales d'huîtres juvéniles et adultes. En effet, au cours des deux dernières décennies, de tels épisodes sont devenus de plus en plus graves et fréquents menaçant l'ensemble de la production commerciale d'huîtres. coolOYSTER s'inspire de mes travaux récents montrant comment l'impact à grande échelle des HW sur les moules intertidales peut être atténué par des symbiotes microbiens. De manière critique, mes recherches sur la symbiose généralisée entre les microbes endolithiques et les moules montrent que les microbes endolithiques peuvent abaisser la température corporelle des hôtes pendant les HW, augmentant considérablement la probabilité de survie jusqu'à 50 %. Cet effet remarquable et vital est causé par le blanchiment de la couche extérieure de la coquille induit par le forage endolithique de la coquille qui augmente la composante réfléchie de l'irradiance solaire, réduisant par la suite la quantité d'énergie solaire absorbée par la coquille et, par conséquent, l'ensemble de la température corporelle de l'organisme. Étant donné que les microbes endolithiques sont omniprésents dans les coquilles de bivalves, la résistance accrue au stress thermique intense qu'ils procurent aux moules est susceptible de s'étendre à une variété d'organismes intertidaux. Mes résultats préliminaires montrent des effets thermorégulateurs significatifs du blanchiment de la coquille induit par l'endolithe chez les huîtres. Cependant, nous ne savons toujours pas (i) si la protection thermique microbienne endolithique améliore la survie des huîtres et (ii) dans quelle mesure l'atténuation du stress thermique s'étend de l'huître individuelle à l'ensemble de l'écosystème. Grâce à coolOYSTER, je vais appliquer mes connaissances actuelles et acquérir de nouvelles compétences pour combler ce manque de connaissances fondamental. J'adopterai une approche interdisciplinaire géographiquement complète qui fusionne des enquêtes de terrain de grande envergure, une modélisation biophysique pionnière, des fonctions écosystémiques et une évaluation des services écosystémiques pour faire le premier pas vers le développement d'un cadre général qui capture le rôle central des interactions biologiques dans le contexte des HW ».

Contact : zardi73@yahoo.it

 

• Randy Latchy, ingénieur d'études contractuel IRD, a rejoint  l'équipe BIOPAC, le 1^e octobre 2022, encadrée par Nils Teichert ; il est affecté à  Sainte-Clothilde, à l'IRD La Réunion.

 Titre du projet scientifique :  « BichiCAM3 ».

«  Mon projet consiste en l’optimisation et la standardisation d’un outil de comptage compact, mobile et automatisé de post-larves d’espèces amphihalines recrutant au sein des embouchures des rivières de l’île de La Réunion : le BichiCAM. Ce dispositif non-intrusif a été initialement pensé en 2016 pour estimer l’abondance et la distribution de taille des espèces diadromes benthiques. Dès lors, il se révéla comme un outil de gestion et de surveillance prometteur sous réserve d’améliorations (Boussarie et al., 2016). Celui-ci fut ensuite remodelé et retravaillé en 2021 pour permettre un comptage correct des post-larves des deux espèces de bichiques (Sicyopterus lagocephalus & Cotylopus acutipinnis) et des données comparables aux captures de pêcheurs (Borie et al., 2021).

Dans le cadre de BichiCAM 3, j’apporterai plusieurs points d’améliorations et mettrai en place plusieurs plans expérimentaux dans le dessein d’aboutir à un outil efficient de gestion des stocks et estimant au mieux les flux entrants réels au sein des systèmes.

• Elargir le panel d’espèces détectées par le BichiCAM (ichtyofaune & carcinofaune) : civelle (Anguilla bicolor, A. marmorata, A. mossambica, A. bengalensis), autres gobidées (Awaous commersoni, Stenogobius polyzona, Glossogobius giuris), eleotridae (Eleotris fusca, E. klunzingerii, E. Pellegrini, E. acanthopomus, E. mauritinianus), kuhlidae (Kuhlia rupestris, K. sauvagii, K. caudavittata) et crustacés (Caridina typus, C. nilotica, C. serratirostris, Atyoida serrata, Palaemon concinnus, Macrobrachium australe, M. lar, M. hirtimanus, M. lepidactylus).
• Réaliser des tests et calibrages sur des rivières au conditions hydromorphologiques différentes (débits, profondeur largeur mouillée, pente, granulométrie, …) afin d’établir une bonne relation entre la part d’invidividus comptée et la part franchissant réellement dans la rivières (prise en compte des pêcheries) ».

Contact : randy.latchy@ird.fr

 

• Valentin de Mazancourt, chercheur contractuel, en tant qu' ATER Sorbonne Université, a rejoint l'équipe BIOPAC, au MNHN Paris, le 1^e septembre 2022. 

Titre du projet scientifique :  « Taxonomie, Systématique et Évolution des crustacés décapodes d’eau douce des îles de l’Indo-Pacifique tropical ».

« Dans le cadre de mon travail de recherche, je m'intéresse à la systématique (taxonomie et phylogénie) des crustacés amphidromes de la zone Indo-Pacifique, et plus particulièrement aux crevettes appartenant aux familles des Atyidae et des Palaemonidae, ainsi qu’à certains groupes de crabes (Sesarmidae, Varunidae, Hymenosomatidae...).

Le but de mon travail est de résoudre les problèmes taxonomiques en proposant des délimitations nettes entre les espèces mises en évidence par la taxonomie intégrative (utilisation de caractères morphologiques, génétiques, écologiques, biologiques, phylogéographiques...) dans le but de permettre aux gestionnaires de mettre en place une conservation plus efficace et/ou une exploitation durable de ces espèces et de leurs milieux ».

Contact : valentin.demazancourt_ext@mnhn.fr

 

• Elena Manfrini, doctorante, a rejoint l'équipe BIOPAC, au MNHN, Paris, le 1^e septembre 2022, sous la responsabilité de Franck Courchamp (laboratoire ESE, Université Paris-Saclay) et Boris Leroy (BOREA).

Titre du projet scientifique :  « Risques d’invasions biologiques liés à l’élevage des arthropodes ».

« L’objectif principal de cette thèse est de fournir la première évaluation globale des risques d’invasions biologiques induits par l’élevage d’arthropodes pour la consommation humaine. Ce doctorat reposera sur l’application de modèles et analyses statistiques pour caractériser le profil écologique des envahisseurs et le potentiel envahissant des espèces élevées pour la consommation. La prédiction des zones géographiques actuelles et futures (en fonction du réchauffement climatique) susceptibles d’être envahies par les arthropodes sera également étudiée grâce à l’utilisation de la modélisation de distribution des espèces ».

Contact : elena.manfrini@universite-paris-saclay.fr

 

• Maël Deloor, a rejoint l'équipe RECAP, à la Station marine de Luc sur Mer, en tant que chercheur contractuel, le 1^e septembre 2022, encadré par Pascal Claquin.

Titre du projet scientifique :  « Rôle de la colonisation d'infrastructures marines sur la production des écosystèmes côtiers en manche ».

« L’espace France Manche Angleterre est soumis à des activités humaines croissantes, en particulier avec le développement des énergies marines renouvelables entraînant l’accroissement de zones portuaires et qui, associées à l’extraction des granulats, la pêche, l’aquaculture, le tourisme, le transport maritime, accentue le niveau des pressions déjà très élevées dans la Manche. Ce cumul d’activités exerce une pression de plus en plus grande sur l’écosystème marin de la Manche et engendre des modifications des habitats marins qui affectent la diversité biologique, la qualité écologique et sanitaire des habitats marins, ce qui peut potentiellement modifier les services rendus à la société par l’écosystème Manche en réduisant les ressources naturelles. En revanche, l’installation de nouvelles infrastructures, comme les champs d’éoliennes, peut offrir de nouveaux habitats marins et modifier la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes côtiers. Des effets récifs peuvent ainsi accroître la richesse en espèces et la biomasse des structures nouvellement implantées en mer.

Mon sujet d’étude s’intègre dans le cadre d’un projet européen (Interreg Va MARINEFF) proposant de permettre aux nouvelles infrastructures marines d’apporter des bénéfices en tant qu’habitats artificiels sur le fonctionnement de l’écosystème et la diversité biologique. Mon travail porte sur la colonisation des infrastructures marines dans le but de caractériser la mise en place des communautés et des grandes fonctions écologiques en particulier la fonction de production. Il s’agit d’appréhender la diversité fonctionnelle et l’évolution de celle-ci au cours de processus de colonisation. La fonctionnalité des espèces est évaluée par les analyses des traits d’histoire de vie. Ainsi, nous caractérisons les redondances et les complémentarités de fonctions et leurs dynamiques au cours du temps et testons différents indices de diversité fonctionnelle. Les travaux se déroulent en Manche sur différents types d’infrastructures constituées de différents matériaux, sur des récifs artificiels immergés depuis 5 ans et sur des habitats naturels. Le suivi est essentiellement réalisé en plongée avec une exploitation des suivis en laboratoire.

Nous nous intéressons aux communautés de producteurs primaires et à la fonction de production primaire de l’écosystème. Des mesures de photosynthèses mettant en œuvre différentes techniques (cloche benthique, PAM, ppCO2, etc.) permettront de réaliser des mesures éco-physiologiques indicatrices d’adaptations et d’acclimatations en fonction des niches et d’estimer des bilans de production primaire du système pour chiffrer les transferts trophiques. De plus, nous réaliserons des mesures de biodiversité, d’abondances et de biomasses des principaux groupes trophiques. Enfin, des analyses isotopiques permettront de préciser le niveau trophique des organismes, des producteurs primaires aux prédateurs supérieurs.

Cette étude permettra l’acquisition de nouvelles connaissances sur le fonctionnement des habitats de substrat dur et d’explorer notamment la relation « biodiversité / productivité » lors des processus de colonisation ; elle permettra également de mettre en place des approches innovantes pour caractériser le fonctionnement de ce type d’habitat dans le contexte du développement de nombreuses infrastructures marines présentes en Manche et en Europe. Enfin, elle amènera à la mise en place de protocoles et d’indicateurs qui sont demandés par les partenaires du projet impliqués dans la construction et la gestion de ces ouvrages, afin de juger des impacts négatifs ou positifs de tels aménagements en mer ».

Contact : mael.deloor@unicaen.fr

 

• Pierre-Louis Rault, a intégré l'équipe RECAP, au sein du laboratoire de Biologie Marine, à l'Université des Antilles, à Pointe à Pitre,  en tant que chercheur contractuel (volontaire au Service Civique IRD), le 1^e septembre 2022, pour une durée d'un an, sous la responsabilité de Etienne Bézault et Charlotte Dromard. 

Titre du projet scientifique :  « Chargé de mission en Biodiversité et Expérimentations Marines ».

« Je participe au développement de la plateforme d'expérimentation marine pluridisciplinaire, ainsi qu’aux différentes campagnes d'échantillonnage en mer et expérimentations en laboratoire ».

Contact : pierre-louis.rault@ird.fr

 

• Ander Urrutia Garcia, est chercheur contractuel dans l'équipe RECAP, au sein du laboratoire de biologie marine, à l'Université des Antilles, à Pointe à Pitre, depuis le 1^e septembre 2022, encadré par Malika René Trouillefou.

Titre du projet scientifique :  « TRAçage des Contaminants MICrobiens d’origine humaine en provenance des stations d’assainissement en Guadeloupe et en Martinique (TRACMIC) »

« Dans le cadre du programme TRACMIC - "TRAçage des Contaminants MICrobiens d’origine humaine en provenance des stations d’assainissement dans les Antilles Françaises”, nous sommes en charge de : (a) rechercher de bactéries et d’autres indicateurs de pollution fécale dans les milieux naturels marins en Guadeloupe et en Martinique. (b) retracer leurs origines le long de gradients depuis les STEU ou exutoires anthropisés situées sur les bassins-versants, jusqu’aux structures récifales plus au large. Financé par les Offices de l’Eau de Guadeloupe et de Martinique, l’étude permettra également d’évaluer la prévalence des maladies affectant les organismes coralliens le long de ces gradients pour tenter de faire la part entre origines naturelles et anthropiques de l’état de dégradation des organismes récifaux. Pour atteindre ces objectifs, nos travaux seront principalement basés sur la biologie moléculaire (NGS, qPCR, ISH) et l'écologie, mais aussi comprenant d'analyse de microscopie et de réseaux également ».

Contact : aurrutia009@ikasle.ehu.eus

 

• Hélène Auger, a rejoint l'équipe EMERGE, à l'Université de Caen Normandie, en tant qu'ATER, depuis le 1^e septembre 2022.

Titre du projet scientifique :  « Influence de la méthylation de l'ADN sur la structure de la chromatine en réponse aux stress environnementaux chez l'huître Crassostrea gigas ».

Contact : helene.auger@unicaen.fr